当前蛋白身份：Q9H1K1
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一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5KZ5 Architecture of the Human Mitochondrial Iron-Sulfur Cluster Assembly Machinery: the Complex Formed by the Iron Donor, the Sulfur Donor, and the Scaffold 提交 2016-07-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric（36） 与蛋白数一致 |
链 a
25–142（118 aa）
链 b
25–142（118 aa）
链 c
25–142（118 aa）
链 d
25–142（118 aa）
链 e
25–142（118 aa）
链 f
25–142（118 aa）
链 g
25–142（118 aa）
链 h
25–142（118 aa）
链 i
25–142（118 aa）
链 j
25–142（118 aa）
链 k
25–142（118 aa）
链 l
25–142（118 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
|
分辨率 14.30 Å |
| 5WKP Crystal Structure of the Human mitochondrial Cysteine Desulfurase in complex with ISD11 and Iron-Sulfur Cluster Scaffold Protein ISCU1, and E. coli ACP1 protein at 3.15A 提交 2017-07-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 D
1–142（142 aa）
链 H
1–142（142 aa）
|
未记录 | PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；285 K；0.1 M MES pH 7
15 % PEG 3350
|
分辨率 3.15 Å R-free 0.242 |
| 5WLW Crystal Structure of the Human Mitochondrial Cysteine Desulfurase with active Cysteine Loop within ISCU1 active site, coordinating Zn ion. Complexed with human ISD11 and E. coli ACP1 at 3.3A. 提交 2017-07-27 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 D
1–142（142 aa）
链 H
1–142（142 aa）
|
未记录 | PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2 ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；285 K；0.1 M MES pH 7.0
15 % PEG 3350
|
分辨率 3.32 Å R-free 0.255 |
| 6NZU Structure of the human frataxin-bound iron-sulfur cluster assembly complex 提交 2019-02-14 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 D
35–157（123 aa）
片段：UNP residues 35-157
链 H
35–157（123 aa）
片段：UNP residues 35-157
|
未记录 | PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 6UXE Structure of the human mitochondrial desulfurase complex Nfs1-ISCU2(M140I)-ISD11 with E.coli ACP1 at 1.57 A resolution showing flexibility of N terminal end of ISCU2 提交 2019-11-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 D
35–167（133 aa）
|
突变：M140I | PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 GOL GLYCEROL × 12 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 100 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 22 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 4 P15 2,5,8,11,14,17-HEXAOXANONADECAN-19-OL × 2 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 6 EDT {[-(BIS-CARBOXYMETHYL-AMINO)-ETHYL]-CARBOXYMETHYL-AMINO}-ACETIC ACID × 2 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；288 K；0.1 M MES pH 6.0-6.5, 22% PEG400
|
分辨率 1.57 Å R-free 0.180 |
| 6W1D Structure of human mitochondrial complex Nfs1-ISCU2 (WT)-ISD11 with E.coli ACP1 at 1.8 A resolution (NIAU)2 提交 2020-03-04 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 D
35–167（133 aa）
|
未记录 | PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 GOL GLYCEROL × 12 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 96 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 22 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 4 P15 2,5,8,11,14,17-HEXAOXANONADECAN-19-OL × 2 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 6 EDT {[-(BIS-CARBOXYMETHYL-AMINO)-ETHYL]-CARBOXYMETHYL-AMINO}-ACETIC ACID × 2 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；288 K；0.1 M MES pH 6.0-6.5
22 % PEG 400
|
分辨率 1.79 Å R-free 0.189 |
| 6WI2 Structure of human mitochondrial complex Nfs1-ISCU2-ISD11 with E.coli ACP1 at 1.95 A resolution (NIAU)2. N-terminal mutation of ISCU2 (L35) traps Nfs1 Cys loop in the active site of ISCU2 without metal present. 提交 2020-04-08 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 D
10–142（133 aa）
|
未记录 | PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 36 GOL GLYCEROL × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 10 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 ETE 2-{2-[2-2-(METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 EDT {[-(BIS-CARBOXYMETHYL-AMINO)-ETHYL]-CARBOXYMETHYL-AMINO}-ACETIC ACID × 1 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；288 K；0.1 M MES pH 5.5
22.5 % PEG 400
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.185 |
| 6WIH N-terminal mutation of ISCU2 (L35H36) traps Nfs1 Cys loop in the active site of ISCU2 without metal present. Structure of human mitochondrial complex Nfs1-ISCU2(L35H36)-ISD11 with E.coli ACP1 at 1.9 A resolution (NIAU)2. 提交 2020-04-09 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 D
10–142（133 aa）
|
突变：S11H | PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 9 GOL GLYCEROL × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 38 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 P15 2,5,8,11,14,17-HEXAOXANONADECAN-19-OL × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 3 EDT {[-(BIS-CARBOXYMETHYL-AMINO)-ETHYL]-CARBOXYMETHYL-AMINO}-ACETIC ACID × 1 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；288 K；0.1 M MES pH 5.5
22.5 % PEG 400
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.186 |
| 7RTK Structure of the (NIAU)2 complex with N-terminal mutation of ISCU2 Y35D at 2.5 A resolution 提交 2021-08-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8） 与蛋白数一致 |
链 D
35–167（133 aa）
|
突变：Y35D | PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 58 GOL GLYCEROL × 6 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 16 P15 2,5,8,11,14,17-HEXAOXANONADECAN-19-OL × 2 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 6 EDT {[-(BIS-CARBOXYMETHYL-AMINO)-ETHYL]-CARBOXYMETHYL-AMINO}-ACETIC ACID × 2 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；288 K；0.1 M MES pH 5.5
22.5 % PEG 400
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.214 |
| 8PK8 Structure of the human mitochondrial iron-sulfur cluster biosynthesis complex during persulfide transfer (persulfide on ISCU2) 提交 2023-06-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 D
35–167（133 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 1 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 1 FE2 FE (II) ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.49 Å |
| 8PK9 Structure of the human mitochondrial iron-sulfur cluster biosynthesis complex during persulfide transfer (persulfide on NFS1 and ISCU2) 提交 2023-06-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 D
35–167（133 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 1 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 1 FE2 FE (II) ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.58 Å |
| 8PKA Structure of the human mitochondrial iron-sulfur cluster biosynthesis complex during persulfide transfer (without frataxin) 提交 2023-06-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 D
35–167（133 aa）
|
未记录 | PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 1 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 1 FE2 FE (II) ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.75 Å |
| 8RMC Structure of the FDX2-bound core ISC complex (proximal conformation) 提交 2024-01-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 D
35–167（133 aa）
链 H
35–167（133 aa）
|
未记录 | FE2 FE (II) ION × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.26 Å |
| 8RMD Structure of the FDX2-bound core ISC complex (distal conformation) 提交 2024-01-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 D
35–167（133 aa）
链 H
35–167（133 aa）
|
未记录 | 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2 FE2 FE (II) ION × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.52 Å |
| 8RME Structure of the core ISC complex under turnover conditions (frataxin-bound) 提交 2024-01-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 D
35–167（133 aa）
链 H
35–167（133 aa）
|
未记录 | FE2 FE (II) ION × 2 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.49 Å |
| 8RMF Structure of the core ISC complex under turnover conditions (FDX2-bound in proximal conformation) 提交 2024-01-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 D
35–167（133 aa）
链 H
35–167（133 aa）
|
未记录 | 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2 FE2 FE (II) ION × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.33 Å |
| 8RMG Structure of the core ISC complex under turnover conditions (FDX2-bound in distal conformation) 提交 2024-01-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 D
35–167（133 aa）
链 H
35–167（133 aa）
|
未记录 | 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2 FE2 FE (II) ION × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.46 Å |
| 8TVT Structure of human Cysteine desulfurase Nfs1 with L-propargylglycine bound to active site PLP in complex with ISD11, Acp1 and ISCU2 提交 2023-08-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 D
35–167（133 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 30 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 1 LPH L-Propargylglycine × 1 GOL GLYCEROL × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 8 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 P15 2,5,8,11,14,17-HEXAOXANONADECAN-19-OL × 1 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 EDT {[-(BIS-CARBOXYMETHYL-AMINO)-ETHYL]-CARBOXYMETHYL-AMINO}-ACETIC ACID × 1 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；288 K；0.1 M MES pH 6.5
22.5 % PEG 400
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.186 |