当前蛋白身份：Q9JHF9
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2Z64 Crystal structure of mouse TLR4 and mouse MD-2 complex 提交 2007-07-22 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
21–155（135 aa）
片段：MD-2, UNP residues 21-160
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；296 K；0.1M Na-Cacodylate, 23% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 296K
|
分辨率 2.84 Å R-free 0.290 |
| 3VQ1 Crystal structure of mouse TLR4/MD-2/lipid IVa complex 提交 2012-03-17 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
17–160（144 aa）
链 D
17–160（144 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 LP4 2-deoxy-3-O-[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]-2-{[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]amino}-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose × 2 LP5 (R)-((2R,3S,4R,5R,6R)-3-HYDROXY-2-(HYDROXYMETHYL)-5-((R)-3-HYDROXYTETRADECANAMIDO)-6-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDRO-2H-PYRAN-4-YL) 3-HYDROXYTETRADECANOATE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；15% PEG4000, 0.2M Na acetate, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.277 |
| 3VQ2 Crystal structure of mouse TLR4/MD-2/LPS complex 提交 2012-03-17 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
17–160（144 aa）
链 D
17–160（144 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 LP4 2-deoxy-3-O-[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]-2-{[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]amino}-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose × 2 LP5 (R)-((2R,3S,4R,5R,6R)-3-HYDROXY-2-(HYDROXYMETHYL)-5-((R)-3-HYDROXYTETRADECANAMIDO)-6-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDRO-2H-PYRAN-4-YL) 3-HYDROXYTETRADECANOATE × 2 DAO LAURIC ACID × 2 MYR MYRISTIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；18% PEG3350, 0.2M sodium tartrate, 0.1M Bis-Tris propane, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.48 Å R-free 0.267 |
| 5IJB The ligand-free structure of the mouse TLR4/MD-2 complex 提交 2016-03-01 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
19–160（142 aa）
片段：UNP residues 19-160
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M Bicine, pH 7.5, 12% PEG10000
|
分辨率 2.91 Å R-free 0.308 |
| 5IJB The ligand-free structure of the mouse TLR4/MD-2 complex 提交 2016-03-01 | Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
19–160（142 aa）
片段：UNP residues 19-160
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M Bicine, pH 7.5, 12% PEG10000
|
分辨率 2.91 Å R-free 0.308 |
| 5IJC The crystal structure of mouse TLR4/MD-2/neoseptin-3 complex 提交 2016-03-01 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
19–160（142 aa）
片段：UNP residues 19-160
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 V2A neoseptin 3 × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 0.2 M lithium chloride, 12% PEG8000
|
分辨率 2.57 Å R-free 0.234 |
| 5IJC The crystal structure of mouse TLR4/MD-2/neoseptin-3 complex 提交 2016-03-01 | Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
19–160（142 aa）
片段：UNP residues 19-160
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 V2A neoseptin 3 × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 0.2 M lithium chloride, 12% PEG8000
|
分辨率 2.57 Å R-free 0.234 |
| 5IJD The crystal structure of mouse TLR4/MD-2/lipid A complex 提交 2016-03-01 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
19–160（142 aa）
片段：UNP residues 19-160
链 D
19–160（142 aa）
片段：UNP residues 19-160
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 LP4 2-deoxy-3-O-[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]-2-{[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]amino}-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose × 2 LP5 (R)-((2R,3S,4R,5R,6R)-3-HYDROXY-2-(HYDROXYMETHYL)-5-((R)-3-HYDROXYTETRADECANAMIDO)-6-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDRO-2H-PYRAN-4-YL) 3-HYDROXYTETRADECANOATE × 2 DAO LAURIC ACID × 2 MYR MYRISTIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 0.2 M lithium chloride, 14% PEG8000, 2.5% PEG400
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.285 |
| 5IJD The crystal structure of mouse TLR4/MD-2/lipid A complex 提交 2016-03-01 | Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
19–160（142 aa）
片段：UNP residues 19-160
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 LP4 2-deoxy-3-O-[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]-2-{[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]amino}-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose × 1 LP5 (R)-((2R,3S,4R,5R,6R)-3-HYDROXY-2-(HYDROXYMETHYL)-5-((R)-3-HYDROXYTETRADECANAMIDO)-6-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDRO-2H-PYRAN-4-YL) 3-HYDROXYTETRADECANOATE × 1 DAO LAURIC ACID × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 0.2 M lithium chloride, 14% PEG8000, 2.5% PEG400
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.285 |
| 5IJD The crystal structure of mouse TLR4/MD-2/lipid A complex 提交 2016-03-01 | Assembly 3 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
19–160（142 aa）
片段：UNP residues 19-160
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 LP4 2-deoxy-3-O-[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]-2-{[(3R)-3-hydroxytetradecanoyl]amino}-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose × 1 LP5 (R)-((2R,3S,4R,5R,6R)-3-HYDROXY-2-(HYDROXYMETHYL)-5-((R)-3-HYDROXYTETRADECANAMIDO)-6-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDRO-2H-PYRAN-4-YL) 3-HYDROXYTETRADECANOATE × 1 DAO LAURIC ACID × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 0.2 M lithium chloride, 14% PEG8000, 2.5% PEG400
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.285 |
| 7MLM Crystal structure of mouse TLR4/MD-2 in complex with sulfatides 提交 2021-04-28 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
19–160（142 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ZKM N-[(1S,2R,3E)-2-hydroxy-1-{[(3-O-sulfo-beta-D-galactopyranosyl)oxy]methyl}heptadec-3-en-1-yl]-hexadecanamide × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1 M Tris pH8.0, 0.8 M sodium formate, 8% PEG 8000, 8% PEG 1000
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.244 |
| 7MLM Crystal structure of mouse TLR4/MD-2 in complex with sulfatides 提交 2021-04-28 | Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
19–160（142 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ZKM N-[(1S,2R,3E)-2-hydroxy-1-{[(3-O-sulfo-beta-D-galactopyranosyl)oxy]methyl}heptadec-3-en-1-yl]-hexadecanamide × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1 M Tris pH8.0, 0.8 M sodium formate, 8% PEG 8000, 8% PEG 1000
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.244 |
| 8WQT Cryo-EM Structure of Mouse TLR4/MD-2/DLAM1 complex 提交 2023-10-12 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
19–160（142 aa）
链 D
19–160（142 aa）
|
未记录 | 2IL (3R)-3-(dodecanoyloxy)tetradecanoic acid × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 GP4 2-amino-2-deoxy-4-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 2 0IL (3R)-3-(tetradecanoyloxy)tetradecanoic acid × 2 X6Z [(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S})-5-methoxy-3,4,6-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 8WRY Cryo-EM Structure of Mouse TLR4/MD-2/DLAM3 Complex 提交 2023-10-16 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
19–160（142 aa）
链 D
19–160（142 aa）
|
未记录 | 2IL (3R)-3-(dodecanoyloxy)tetradecanoic acid × 4 0IL (3R)-3-(tetradecanoyloxy)tetradecanoic acid × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 GP4 2-amino-2-deoxy-4-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 2 XIQ 2-(hydroxymethyl)-5-methoxy-3,6-bis(oxidanyl)pyran-4-one × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 8WSA Cryo-EM Structure of Mouse TLR4/MD-2/DLAM5 Complex 提交 2023-10-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 C
19–160（142 aa）
链 D
19–160（142 aa）
|
未记录 | GP4 2-amino-2-deoxy-4-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 2 A1L01 (3~{S})-3-decanoyloxytetradecanoic acid × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14 2IL (3R)-3-(dodecanoyloxy)tetradecanoic acid × 2 0IL (3R)-3-(tetradecanoyloxy)tetradecanoic acid × 2 X6N [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{S})-2-(hydroxymethyl)-5-methoxy-4,6-bis(oxidanyl)oxan-3-yl] dihydrogen phosphate × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |