当前蛋白身份：Q9P2E7
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6VFQ Crystal structure of monomeric human protocadherin 10 EC1-EC4 提交 2020-01-06 | Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
18–455（438 aa）
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未记录 | CA CALCIUM ION × 9 MAN alpha-D-mannopyranose × 2 ACT ACETATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；296 K；14% PEG 400 (v/v), 0.1M sodium acetate pH 4.6, 0.1M CaCl2, with 30% ethylene glycol (v/v) added as cryoprotectant
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分辨率 2.30 Å R-free 0.237 |
| 6VFW Crystal structure of human delta protocadherin 10 EC1-EC4 提交 2020-01-06 | Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
18–455（438 aa）
链 C
18–455（438 aa）
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未记录 | CA CALCIUM ION × 18 MAN alpha-D-mannopyranose × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；296 K；12% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) ethylene glycol, 0.1M Tris-bicine buffer pH8.5, 10% 0.02 M D-glucose, 0.02 M D-mannose, 0.02 M D-galactose, 0.02 M L-fucose, 0.02 M D-xylose, 0.02 M N-acetyl-D-glucosamine with no further cryoprotection
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分辨率 3.60 Å R-free 0.295 |
| 6VFW Crystal structure of human delta protocadherin 10 EC1-EC4 提交 2020-01-06 | Assembly 2 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
18–455（438 aa）
链 D
18–455（438 aa）
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未记录 | CA CALCIUM ION × 18 MAN alpha-D-mannopyranose × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；296 K；12% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) ethylene glycol, 0.1M Tris-bicine buffer pH8.5, 10% 0.02 M D-glucose, 0.02 M D-mannose, 0.02 M D-galactose, 0.02 M L-fucose, 0.02 M D-xylose, 0.02 M N-acetyl-D-glucosamine with no further cryoprotection
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分辨率 3.60 Å R-free 0.295 |
| 6VFW Crystal structure of human delta protocadherin 10 EC1-EC4 提交 2020-01-06 | Assembly 3 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
18–455（438 aa）
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未记录 | CA CALCIUM ION × 18 MAN alpha-D-mannopyranose × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；296 K；12% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) ethylene glycol, 0.1M Tris-bicine buffer pH8.5, 10% 0.02 M D-glucose, 0.02 M D-mannose, 0.02 M D-galactose, 0.02 M L-fucose, 0.02 M D-xylose, 0.02 M N-acetyl-D-glucosamine with no further cryoprotection
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分辨率 3.60 Å R-free 0.295 |
| 6VG4 Human protocadherin 10 ectodomain 提交 2020-01-07 | Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
18–680（663 aa）
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未记录 | CA CALCIUM ION × 15 MAN alpha-D-mannopyranose × 3 TAM TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；296 K；0.22M CaCl2, 0.1M Na Acetate pH 5.0 with 30% (v/v) glycerol as cryoprotectant and glutaraldehyde (0.5% v/v) added to the reservoir after crystal formation to aid crystal stability by cross-linking
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分辨率 3.30 Å R-free 0.284 |
| 9DQV Structure of western equine encephalitis virus CBA87 VLP in complex with human PCDH10 EC1 提交 2024-09-24 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric（16） 与蛋白数一致 |
链 M
19–121（103 aa）
链 N
19–121（103 aa）
链 O
19–121（103 aa）
链 P
19–121（103 aa）
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未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.30 Å |
| 9E96 WEEV CBA87 VLP in complex with human PCDH10-EC1 提交 2024-11-07 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric（16） 与蛋白数一致 |
链 H
19–122（104 aa）
链 L
19–122（104 aa）
链 P
19–122（104 aa）
链 Q
19–122（104 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 4.05 Å |
| 9L1N Structure of Western equine encephalitis virus 71V1658 strain VLP in complex with human PCDH10 EC1 提交 2024-12-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：13-meric（13） 与蛋白数一致 |
链 M
19–113（95 aa）
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未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.30 Å |
| 9L41 Structure of WEEV strain 71V1658 virus-like particles (VLPs) in complex with human PCDH10 extracellular cadherin repeats 1-2 (EC1-EC2)(3-fold region) 提交 2024-12-19 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 R
19–114（96 aa）
链 S
19–114（96 aa）
链 T
19–114（96 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.99 Å |