当前蛋白身份：Q9UBC3
重新检索
差异标签只比较当前检索结果；所有PDB和assembly原始记录仍分别保留。
相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3FLG The PWWP domain of Human DNA (cytosine-5-)-methyltransferase 3 beta 提交 2008-12-18 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
206–355（150 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；Purified DNMT3B was crystallized using sitting drop vapor diffusion method at 20 C by mixing 1 ul of the protein solution with 1 ul of the reservoir solution containing 30% PEG 2,000 MME, 0.2 M KBr, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.244 |
| 5CIU Structural basis of the recognition of H3K36me3 by DNMT3B PWWP domain 提交 2015-07-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
206–355（150 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；1.6M SODIUM CITRATE TRIBASIC
|
分辨率 2.24 Å R-free 0.259 |
| 5CIU Structural basis of the recognition of H3K36me3 by DNMT3B PWWP domain 提交 2015-07-13 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
206–355（150 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；1.6M SODIUM CITRATE TRIBASIC
|
分辨率 2.24 Å R-free 0.259 |
| 5NR3 Human DNMT3B PWWP domain in complex with ethambutol 提交 2017-04-21 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
218–367（150 aa）
片段：UNP residues 218-367
|
未记录 | 95E Ethambutol × 1 SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M MES,0.2 M Li2SO4, 23-33% PEG 3350
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.238 |
| 5NR3 Human DNMT3B PWWP domain in complex with ethambutol 提交 2017-04-21 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
218–367（150 aa）
片段：UNP residues 218-367
|
未记录 | 95E Ethambutol × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M MES,0.2 M Li2SO4, 23-33% PEG 3350
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.238 |
| 5NRR Human DNMT3B PWWP domain in complex with 5-[(2-Hydroxyethyl)(propyl)amino]-1-pentanol 提交 2017-04-25 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
218–367（150 aa）
链 B
218–367（150 aa）
|
未记录 | 96E 5-[2-hydroxyethyl(propyl)amino]pentan-1-ol × 2 SO4 SULFATE ION × 5 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M HEPES sodium, 2% v/v Polyethylene glycol 400, 2.0 M Ammonium sulfate
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.213 |
| 5NRS Human DNMT3B PWWP domain in complex with N,N-bis(2-hydroxypropyl)ethanolamine 提交 2017-04-25 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
206–355（150 aa）
链 B
206–355（150 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 5 962 (2~{S})-1-[2-hydroxyethyl-[(2~{S})-2-oxidanylpropyl]amino]propan-2-ol × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M MES,0.2 M Li2SO4, 23-33% PEG 3350
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.248 |
| 5NRV Human DNMT3B PWWP domain in complex with 6-dipropylamino-1-hexanol 提交 2017-04-25 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
218–367（150 aa）
链 D
218–367（150 aa）
|
未记录 | 96K 6-dipropylamino-1-hexanol × 2 SO4 SULFATE ION × 10 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M MES,0.2 M Li2SO4, 23-33% PEG 3350
|
分辨率 2.08 Å R-free 0.243 |
| 5NV0 Human DNMT3B PWWP domain in complex with 4-(dipropylamino)butyronitrile 提交 2017-05-03 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
206–355（150 aa）
链 B
206–355（150 aa）
|
未记录 | 9AH 4-(dipropylamino)butanenitrile × 2 SO4 SULFATE ION × 9 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M MES,0.2 M Li2SO4, 23-33% PEG 3350
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.243 |
| 5NV2 Human DNMT3B PWWP domain in complex with N-isopropyl-1,5-dimethylhexylamine (Metron S) 提交 2017-05-03 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
206–355（150 aa）
链 B
206–355（150 aa）
|
未记录 | 9AE (2~{S})-6-methyl-~{N}-propan-2-yl-heptan-2-amine × 2 SO4 SULFATE ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M MES,0.2 M Li2SO4, 23-33% PEG 3350
|
分辨率 2.03 Å R-free 0.240 |
| 5NV7 Human DNMT3B PWWP domain in complex with N1-(2-hydroxyethyl)-2-methyl-1,2-propanediamine 提交 2017-05-03 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
206–355（150 aa）
|
未记录 | 9AK N1-(2-hydroxyethyl)-2-methyl-1,2-propanediamine × 1 SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M MES,0.2 M Li2SO4, 23-33% PEG 3350
|
分辨率 2.57 Å R-free 0.233 |
| 5NV7 Human DNMT3B PWWP domain in complex with N1-(2-hydroxyethyl)-2-methyl-1,2-propanediamine 提交 2017-05-03 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
206–355（150 aa）
|
未记录 | 9AK N1-(2-hydroxyethyl)-2-methyl-1,2-propanediamine × 1 SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M MES,0.2 M Li2SO4, 23-33% PEG 3350
|
分辨率 2.57 Å R-free 0.233 |
| 5NVO Human DNMT3B PWWP domain in complex with choline 提交 2017-05-04 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
218–367（150 aa）
|
未记录 | CHT CHOLINE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 6 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M MES,0.2 M Li2SO4, 23-33% PEG 3350
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.244 |
| 5NVO Human DNMT3B PWWP domain in complex with choline 提交 2017-05-04 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
218–367（150 aa）
|
未记录 | CHT CHOLINE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M MES,0.2 M Li2SO4, 23-33% PEG 3350
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.244 |
| 6KDA Crystal structure of human DNMT3B-DNMT3L in complex with DNA containing CpGpG site 提交 2019-07-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
571–853（283 aa）
链 D
571–853（283 aa）
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；0 mM MES (pH 5.7), 160 mM KCl, 10 mM MgSO4 and 14% PEG 400
|
分辨率 2.91 Å R-free 0.220 |
| 6KDB Crystal structure of human DNMT3B-DNMT3L in complex with DNA containing CpGpT site 提交 2019-07-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
571–853（283 aa）
链 D
571–853（283 aa）
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；50 mM MES (pH 5.6), 200 mM KCl, 10 mM MgSO4, 10% PEG 400
|
分辨率 2.86 Å R-free 0.202 |
| 6KDL Crystal structure of human DNMT3B-DNMT3L complex (I) 提交 2019-07-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
571–853（283 aa）
链 D
571–853（283 aa）
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；278 K；20 mM Tris-HCl (pH 7.4), 200 mM NaCl, 5% glycerol, and 0.5 mM TCEP
|
分辨率 3.27 Å R-free 0.212 |
| 6KDP Crystal structure of human DNMT3B-DNMT3L complex (II) 提交 2019-07-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
571–853（283 aa）
链 D
571–853（283 aa）
|
未记录 | FMT FORMIC ACID × 2 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；2.7 M Sodium formate
|
分辨率 2.93 Å R-free 0.244 |
| 6KDT Crystal structure of human DNMT3B (Q772R)-DNMT3L complex 提交 2019-07-02 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
571–853（283 aa）
链 D
571–853（283 aa）
|
突变：Q772R 突变：Q772R | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 FMT FORMIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；2.2 M sodium formate
|
分辨率 2.87 Å R-free 0.242 |
| 6KDT Crystal structure of human DNMT3B (Q772R)-DNMT3L complex 提交 2019-07-02 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
571–853（283 aa）
|
突变：Q772R | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 FMT FORMIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；2.2 M sodium formate
|
分辨率 2.87 Å R-free 0.242 |
| 6KDT Crystal structure of human DNMT3B (Q772R)-DNMT3L complex 提交 2019-07-02 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 D
571–853（283 aa）
|
突变：Q772R | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 FMT FORMIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；2.2 M sodium formate
|
分辨率 2.87 Å R-free 0.242 |
| 6PA7 The cryo-EM structure of the human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to nucleosome. 提交 2019-06-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物一致 |
链 N
1–770（770 aa）
链 S
1–770（770 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 3 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.94 Å |
| 6R3E Human DNMT3B PWWP domain in complex with triisopropanolamine 提交 2019-03-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
215–351（137 aa）
链 A
139–275（137 aa）
|
未记录 | 96H Triisopropanolamine × 1 SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M MES, 0.2 M Li2SO4, 23-33% PEG3350
|
分辨率 2.27 Å R-free 0.264 |
| 6R3E Human DNMT3B PWWP domain in complex with triisopropanolamine 提交 2019-03-20 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
215–351（137 aa）
链 B
139–275（137 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M MES, 0.2 M Li2SO4, 23-33% PEG3350
|
分辨率 2.27 Å R-free 0.264 |
| 6U8P Crystal structure of DNMT3B-DNMT3L in complex with CpGpA DNA 提交 2019-09-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
563–853（291 aa）
链 D
563–853（291 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289.15 K；0.1 M Tris-HCl (pH 8.0), 100 mM MgCl2, 7% PEG8000
|
分辨率 3.05 Å R-free 0.239 |
| 6U8V Crystal structure of DNMT3B-DNMT3L in complex with CpGpT DNA 提交 2019-09-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
563–853（291 aa）
链 D
563–853（291 aa）
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277.15 K；0.1 M Tris-HCl (pH 8.0), 200 mM MgCl2, 8% PEG 4000
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.249 |
| 6U8W Crystal structure of DNMT3B(K777A)-DNMT3L in complex with CpGpT DNA 提交 2019-09-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
563–853（291 aa）
链 D
563–853（291 aa）
|
突变：K777A 突变：K777A | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277.15 K；0.1 M Tris-HCl (pH 8.0), 200 mM MgCl2, 8% PEG 4000
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.236 |
| 6U8X Crystal structure of DNMT3B-DNMT3L in complex with CpApG DNA 提交 2019-09-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
563–853（291 aa）
链 D
563–853（291 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289.15 K；0.1 M Tris-HCl (pH 8.0), 100 mM MgCl2, 7% PEG8000
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.252 |
| 6U90 Crystal structure of DNMT3B(N779A)-DNMT3L in complex with CpGpT DNA 提交 2019-09-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
563–853（291 aa）
链 D
563–853（291 aa）
|
突变：N779A 突变：N779A | GOL GLYCEROL × 2 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277.15 K；0.1 M Tris-HCl (pH 8.0), 200 mM MgCl2, 8% PEG 4000
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.259 |
| 6U91 Crystal structure of DNMT3B(Q772R)-DNMT3L in complex with CpGpT DNA 提交 2019-09-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 A
563–853（291 aa）
链 D
563–853（291 aa）
|
突变：Q772R 突变：Q772R | MG MAGNESIUM ION × 3 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277.15 K；0.1 M Tris-HCl (pH 8.0), 200 mM MgCl2, 8% PEG 4000
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.259 |
| 7O45 Crystal structure of ADD domain of the human DNMT3B methyltransferase 提交 2021-04-05 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
404–546（143 aa）
链 B
404–546（143 aa）
链 C
404–546（143 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 BR BROMIDE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；288 K；0.2M NaBr; 0.1M bis-tris-propane pH 7.5; 20% PEG 3350
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.228 |
| 7O45 Crystal structure of ADD domain of the human DNMT3B methyltransferase 提交 2021-04-05 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
404–546（143 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；288 K；0.2M NaBr; 0.1M bis-tris-propane pH 7.5; 20% PEG 3350
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.228 |
| 7V0E Crystal structure of the macro-oligomeric form of DNMT3B methyltransferase domain. 提交 2022-05-10 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
569–853（285 aa）
链 D
569–853（285 aa）
链 E
569–853（285 aa）
链 F
569–853（285 aa）
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.1 M MES pH6.5, 1.4 M Ammonium sulfate, 0.2 mM AdoHcy and 8% v/v 1,4-Dioxane
|
分辨率 3.27 Å R-free 0.235 |
| 7V0E Crystal structure of the macro-oligomeric form of DNMT3B methyltransferase domain. 提交 2022-05-10 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
569–853（285 aa）
链 C
569–853（285 aa）
链 G
569–853（285 aa）
链 H
569–853（285 aa）
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.1 M MES pH6.5, 1.4 M Ammonium sulfate, 0.2 mM AdoHcy and 8% v/v 1,4-Dioxane
|
分辨率 3.27 Å R-free 0.235 |
| 7X9D DNMT3B in complex with harmine 提交 2022-03-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
571–853（283 aa）
链 D
571–853（283 aa）
|
未记录 | HRM 7-METHOXY-1-METHYL-9H-BETA-CARBOLINE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；bis-tris propane pH 7.0, sodium formate
|
分辨率 3.08 Å R-free 0.245 |
| 8EIH Cryo-EM structure of human DNMT3B homo-tetramer (form I) 提交 2022-09-15 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
206–853（648 aa）
链 B
206–853（648 aa）
链 C
206–853（648 aa）
链 D
206–853（648 aa）
链 E
206–853（648 aa）
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 ZN ZINC ION × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.04 Å |
| 8EII Cryo-EM structure of human DNMT3B homo-tetramer (form II) 提交 2022-09-15 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
206–853（648 aa）
链 B
206–853（648 aa）
链 C
206–853（648 aa）
链 D
206–853（648 aa）
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 ZN ZINC ION × 9 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.12 Å |
| 8EIJ Cryo-EM structure of human DNMT3B homo-trimer 提交 2022-09-15 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
206–853（648 aa）
链 B
206–853（648 aa）
链 D
206–853（648 aa）
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.34 Å |
| 8EIK Cryo-EM structure of human DNMT3B homo-hexamer 提交 2022-09-15 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
206–853（648 aa）
链 B
206–853（648 aa）
链 C
206–853（648 aa）
链 D
206–853（648 aa）
链 E
206–853（648 aa）
链 F
206–853（648 aa）
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 3 ZN ZINC ION × 12 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.19 Å |
| 8XEE Human DNMT3B mutant-R823G 提交 2023-12-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
571–853（283 aa）
链 D
571–853（283 aa）
|
突变：R823G 突变：R823G | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；HEPES (pH 7.5), MgCl2, 2-methyl-2,4-pentanediol, spermine
|
分辨率 3.03 Å R-free 0.236 |
| 8ZLK PWWP domain from human DNMT3B 提交 2024-05-20 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
206–355（150 aa）
片段：PWWP domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；283 K；Lithium sulfate monohydrate, CAPS, Ammonium sulfate
|
分辨率 2.74 Å R-free 0.267 |
| 8ZLK PWWP domain from human DNMT3B 提交 2024-05-20 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
206–355（150 aa）
片段：PWWP domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；283 K；Lithium sulfate monohydrate, CAPS, Ammonium sulfate
|
分辨率 2.74 Å R-free 0.267 |
| 9E00 Cryo-EM structure of human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to di-nucleosome 提交 2024-10-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric（26） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–770（770 aa）
链 V
1–770（770 aa）
链 X
1–770（770 aa）
链 Z
1–770（770 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.75 Å |
| 9E05 The consensus model of the cryo-EM structure of human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to di-nucleosome 提交 2024-10-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric（26） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–770（770 aa）
链 V
1–770（770 aa）
链 X
1–770（770 aa）
链 Z
1–770（770 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 18 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 8.00 Å |
| 9E09 Cryo-EM structure a single nucleosome (2) focus of human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to di-nucleosome 提交 2024-10-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric（12） 与全部聚合物一致 |
链 V
819–829（11 aa）
链 X
819–830（12 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.72 Å |
| 9E0F A focus of DNMT tetramer (1) of the cryo-EM structure of human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to di-nucleosome 提交 2024-10-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 V
1–770（770 aa）
链 Z
1–770（770 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.46 Å |
| 9E0G A focus of tetramer (2) of the cryo-EM structure of human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to di-nucleosome 提交 2024-10-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 L
1–770（770 aa）
链 X
1–770（770 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.72 Å |
| 9E0R Cryo-EM structure of a single nucleosome (1) focus of human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to di-nucleosome 提交 2024-10-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric（12） 与全部聚合物一致 |
链 K
819–829（11 aa）
链 L
819–829（11 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 9E2D Cryo-EM structure of human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to a di-nucleosome with a five base pair linker 提交 2024-10-22 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric（26） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–770（770 aa）
链 V
1–770（770 aa）
链 X
1–770（770 aa）
链 Z
1–770（770 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 18 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.08 Å |
| 9E2Q Cryo-EM structure of DNMT 3A2/3B3 tetramer in complex with a di-nucleosome with a six base pair linker 提交 2024-10-22 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric（26） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–770（770 aa）
链 V
1–770（770 aa）
链 X
1–770（770 aa）
链 Z
1–770（770 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 18 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.14 Å |
| 9E2R Cryo-EM structure of human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to a di-nucleosome and an histone-3 peptide 提交 2024-10-22 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric（26） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–770（770 aa）
链 V
1–770（770 aa）
链 X
1–770（770 aa）
链 Z
1–770（770 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 18 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.71 Å |
| 9E3D Cryo-EM structure of DNMT 3A2/3B3 tetramer in complex with a di-nucleosome with K120R mutant H2B 提交 2024-10-23 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric（22） 与全部聚合物一致 |
链 V
1–770（770 aa）
链 Z
1–770（770 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 9E3R Cryo-EM structure of PWWP domain deleted DNMT 3A2/3B3 in complex with a di-nucleosome 提交 2024-10-23 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric（26） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–770（770 aa）
链 V
1–770（770 aa）
链 X
1–770（770 aa）
链 Z
1–770（770 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 18 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.90 Å |
| 9E3U Cryo-EM structure of DNMT 3A2/3B3 tetramer bound to a di-nucleosome with a 25 base-pair linker 提交 2024-10-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：15-meric（15） 与全部聚合物一致 |
链 L
1–770（770 aa）
链 V
1–770（770 aa）
链 Z
1–770（770 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.90 Å |
| 9Q7U Composite map for Cryo-EM structure of DNMT3A2-DNMT3B3 tetramer bound to 167H3K36me2-nucleosome 提交 2025-08-25 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric（14） 与全部聚合物一致 |
链 V
118–694（577 aa）
链 Z
118–694（577 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 SAO 5'-S-[(3S)-3-azaniumyl-3-carboxypropyl]-5'-thioadenosine × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 9Y4P Cryo-EM structure of DNMT3A2/3B3 in complex with H3K36me2 di-nucleosome with eight base pair linker 提交 2025-09-03 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric（26） 与全部聚合物一致 |
链 Z
118–694（577 aa）
链 b
118–694（577 aa）
链 e
118–694（577 aa）
链 g
118–694（577 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 18 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.84 Å |