当前蛋白身份：Q9UBQ0
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1W24 Crystal Structure Of human Vps29 提交 2004-06-26 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–182（182 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7.5；25%PEG4000, 10%ETHYENE GLYCOL, 100MM HEPES PH7.5, pH 7.50
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.244 |
| 2R17 Functional architecture of the retromer cargo-recognition complex 提交 2007-08-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–182（182 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
hanging drop；pH 8；291 K；20% PEG 3350, 1M NaCl,50mM Tris, pH 8.0, hanging drop, temperature 291K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.268 |
| 2R17 Functional architecture of the retromer cargo-recognition complex 提交 2007-08-22 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–182（182 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
hanging drop；pH 8；291 K；20% PEG 3350, 1M NaCl,50mM Tris, pH 8.0, hanging drop, temperature 291K
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.268 |
| 5GTU Structural and mechanistic insights into regulation of the retromer coat by TBC1d5 提交 2016-08-23 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
2–182（181 aa）
片段：UNP residues 2-182
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 6；289 K；0.1M Bis-Tris, pH6.0, 2% Tacsimate, pH 6.0, 15~20% PEG3350
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.186 |
| 5OSH Structure of retromer VPS29-VPS35C subunits complexed with RidL N-terminal domain (1-236) 提交 2017-08-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–182（182 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；0.1 M sodium chloride
0.1 M Tris pH 8.0
4-8% PEG6000.
|
分辨率 4.30 Å R-free 0.311 |
| 5OSH Structure of retromer VPS29-VPS35C subunits complexed with RidL N-terminal domain (1-236) 提交 2017-08-17 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
1–182（182 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；0.1 M sodium chloride
0.1 M Tris pH 8.0
4-8% PEG6000.
|
分辨率 4.30 Å R-free 0.311 |
| 5OSH Structure of retromer VPS29-VPS35C subunits complexed with RidL N-terminal domain (1-236) 提交 2017-08-17 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 G
1–182（182 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；0.1 M sodium chloride
0.1 M Tris pH 8.0
4-8% PEG6000.
|
分辨率 4.30 Å R-free 0.311 |
| 5OSH Structure of retromer VPS29-VPS35C subunits complexed with RidL N-terminal domain (1-236) 提交 2017-08-17 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 J
1–182（182 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；0.1 M sodium chloride
0.1 M Tris pH 8.0
4-8% PEG6000.
|
分辨率 4.30 Å R-free 0.311 |
| 5OSI Structure of retromer VPS29-VPS35C subunits complexed with RidL harpin loop (163-176) 提交 2017-08-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–182（182 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M NaCl,
20% PEG3350
0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 2.52 Å R-free 0.267 |
| 5OSI Structure of retromer VPS29-VPS35C subunits complexed with RidL harpin loop (163-176) 提交 2017-08-17 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
1–182（182 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M NaCl,
20% PEG3350
0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 2.52 Å R-free 0.267 |
| 5OSI Structure of retromer VPS29-VPS35C subunits complexed with RidL harpin loop (163-176) 提交 2017-08-17 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 G
1–182（182 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 NA SODIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M NaCl,
20% PEG3350
0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 2.52 Å R-free 0.267 |
| 5OSI Structure of retromer VPS29-VPS35C subunits complexed with RidL harpin loop (163-176) 提交 2017-08-17 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 J
1–182（182 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 NA SODIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M NaCl,
20% PEG3350
0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 2.52 Å R-free 0.267 |
| 5WYH Crystal structure of RidL(1-200) complexed with VPS29 提交 2017-01-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
2–182（181 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M Tris pH8.0, 20% PEG 8000
|
分辨率 2.46 Å R-free 0.225 |
| 5WYH Crystal structure of RidL(1-200) complexed with VPS29 提交 2017-01-13 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
2–182（181 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M Tris pH8.0, 20% PEG 8000
|
分辨率 2.46 Å R-free 0.225 |
| 6XS5 Crystal structure of human Vps29 complexed with RaPID-derived cyclic peptide RT-D1 提交 2020-07-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–182（182 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 FMT FORMIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；3.5 M Sodium Formate
|
分辨率 2.01 Å R-free 0.225 |
| 6XS7 Crystal structure of human Vps29 complexed with RaPID-derived cyclic peptide RT-D2 提交 2020-07-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–182（182 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 FMT FORMIC ACID × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Potassium thiocyanate, 30% PEG2000 MME
|
分辨率 1.58 Å R-free 0.191 |
| 6XS9 Crystal structure of human Vps29 complexed with RaPID-derived cyclic peptide RT-L1 提交 2020-07-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 A
1–182（182 aa）
|
未记录 | MLI MALONATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.4 M sodium malonate
|
分辨率 2.69 Å R-free 0.282 |
| 6XS9 Crystal structure of human Vps29 complexed with RaPID-derived cyclic peptide RT-L1 提交 2020-07-15 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–182（182 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | GOL GLYCEROL × 1 O4B 1,4,7,10,13,16-HEXAOXACYCLOOCTADECANE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.4 M sodium malonate
|
分辨率 2.69 Å R-free 0.282 |
| 6XSA Crystal structure of human Vps29 complexed with RaPID-derived cyclic peptide RT-L2 提交 2020-07-15 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–182（182 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M HEPES, 1 M succinic and 1% PEG2000 MME
|
分辨率 1.83 Å R-free 0.227 |
| 7BLN VPS35/VPS29 arch of metazoan membrane-assembled retromer:SNX3 complex modelled with human proteins 提交 2021-01-18 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–182（182 aa）
链 D
1–182（182 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 8.90 Å |
| 8ESE Crystal structure of human Vps29 bound to a peptide from Vps35L 提交 2022-10-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 Z
1–182（182 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Bis-tris pH 5.5 and 25% (w/v) PEG3350
|
分辨率 1.35 Å R-free 0.241 |
| 8P0V Structure of the human Commander complex coiled coils, DENND10 and partial Retriever subcomplex 提交 2023-05-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 N
1–182（182 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.50 Å |
| 8P0X Structure of the human Commander complex Retriever Subcomplex 提交 2023-05-11 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 N
1–182（182 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.50 Å |
| 8R02 Crystal structure of the retromer complex VPS29/VPS35 with the ligand bis-1,3-phenyl guanylhydrazone, 2a 提交 2023-10-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–182（182 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；20% PEG 3350, 150 mM NaK tartrate, 100 mM NaCl, pH 7.4
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.264 |
| 8R02 Crystal structure of the retromer complex VPS29/VPS35 with the ligand bis-1,3-phenyl guanylhydrazone, 2a 提交 2023-10-30 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–182（182 aa）
|
未记录 | XFZ Bis-1,3-phenyl guanylhydrazon × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；20% PEG 3350, 150 mM NaK tartrate, 100 mM NaCl, pH 7.4
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.264 |
| 8R0J Crystal structure of the retromer complex VPS29/VPS35 with the ligand bis-1,3-phenyl guanylhydrazone, 2a 提交 2023-10-31 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
1–182（182 aa）
|
未记录 | XFZ Bis-1,3-phenyl guanylhydrazon × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；18% PEG 3350, 150 mM NaK tartrate, pH 7.4;
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.250 |
| 8R0J Crystal structure of the retromer complex VPS29/VPS35 with the ligand bis-1,3-phenyl guanylhydrazone, 2a 提交 2023-10-31 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–182（182 aa）
|
未记录 | TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；18% PEG 3350, 150 mM NaK tartrate, pH 7.4;
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.250 |
| 8RKS Structure of VPS29-VPS35 bound to the LFa motif R21 of Fam21. 提交 2023-12-30 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–182（182 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M NaCl, 20% PEG3350 0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.288 |
| 8RKS Structure of VPS29-VPS35 bound to the LFa motif R21 of Fam21. 提交 2023-12-30 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
1–182（182 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M NaCl, 20% PEG3350 0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.288 |
| 8RKS Structure of VPS29-VPS35 bound to the LFa motif R21 of Fam21. 提交 2023-12-30 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 E
1–182（182 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M NaCl, 20% PEG3350 0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.288 |
| 8RKS Structure of VPS29-VPS35 bound to the LFa motif R21 of Fam21. 提交 2023-12-30 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 G
1–182（182 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M NaCl, 20% PEG3350 0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.288 |
| 8SYM Human VPS29/VPS35L Complex (Locally refined map) 提交 2023-05-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
1–186（186 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7；10 mM HEPES (pH 7.0), 150 mM NaCl, 2 mM MgCl2, 2 mM DTT, and 5% (v/v) glycerol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8SYN Human VPS35L/VPS29/VPS26C Complex 提交 2023-05-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
1–186（186 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7；10 mM HEPES (pH 7.0), 150 mM NaCl, 2 mM MgCl2, 2 mM DTT, and 5% (v/v) glycerol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.94 Å |
| 8SYO Human Retriever VPS35L/VPS29/VPS26C Complex (Composite Map) 提交 2023-05-25 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
1–186（186 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7；10 mM HEPES (pH 7.0), 150 mM NaCl, 2 mM MgCl2, 2 mM DTT, and 5% (v/v) glycerol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.94 Å |
| 9AU7 Human Retriever VPS35L/VPS29/VPS26C complex bound to SNX17 peptide (Composite Map) 提交 2024-02-28 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–186（186 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |