当前蛋白身份：Q9UKK3
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相关结构差异明细
一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly；同一蛋白的多个单体会分别列出。
| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 11JF RNA Vault bound to PARP4 MINT, focused refinement (MVP/PARP4/TEP1 NADP sample) 提交 2026-02-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 P
1–1724（1724 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；50 Tris 8.0, 75 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2, 1 mM DTT, 1 mM NADP, 0.025% DDM
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.85 Å |
| 8SWY PARP4 ART domain bound to NADH 提交 2023-05-19 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
242–282（41 aa）
链 A
365–573（209 aa）
|
未记录 | NAI 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；21% PEG3350, 0.2M sodium citrate tribasic dihydrate, 1% ethylene glycol, 800uM NADH
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.254 |
| 8SWY PARP4 ART domain bound to NADH 提交 2023-05-19 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
242–282（41 aa）
链 B
365–573（209 aa）
|
未记录 | NAI 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；21% PEG3350, 0.2M sodium citrate tribasic dihydrate, 1% ethylene glycol, 800uM NADH
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.254 |
| 8SWY PARP4 ART domain bound to NADH 提交 2023-05-19 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
242–282（41 aa）
链 C
365–573（209 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；21% PEG3350, 0.2M sodium citrate tribasic dihydrate, 1% ethylene glycol, 800uM NADH
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.254 |
| 8SWZ PARP4 ART domain bound to EB47 提交 2023-05-19 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
242–282（41 aa）
链 A
365–573（209 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 UHB 2-[4-[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]-N-(1-oxidanylidene-2,3-dihydroisoindol-4-yl)ethanamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG3350, 0.2M sodium citrate tribasic dihydrate, 800uM EB47
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.248 |
| 8SWZ PARP4 ART domain bound to EB47 提交 2023-05-19 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
242–282（41 aa）
链 B
365–573（209 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 UHB 2-[4-[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]-N-(1-oxidanylidene-2,3-dihydroisoindol-4-yl)ethanamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG3350, 0.2M sodium citrate tribasic dihydrate, 800uM EB47
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.248 |
| 8SWZ PARP4 ART domain bound to EB47 提交 2023-05-19 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
242–282（41 aa）
链 C
365–573（209 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG3350, 0.2M sodium citrate tribasic dihydrate, 800uM EB47
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.248 |
| 8SX1 PARP4 catalytic domain 提交 2023-05-19 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
242–573（332 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；23% PEG3350 and 0.1 M Bis-Tris pH 6.5
|
分辨率 4.20 Å R-free 0.331 |
| 8SX1 PARP4 catalytic domain 提交 2023-05-19 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
242–573（332 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；23% PEG3350 and 0.1 M Bis-Tris pH 6.5
|
分辨率 4.20 Å R-free 0.331 |
| 8SX1 PARP4 catalytic domain 提交 2023-05-19 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 C
242–573（332 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；23% PEG3350 and 0.1 M Bis-Tris pH 6.5
|
分辨率 4.20 Å R-free 0.331 |
| 8SX1 PARP4 catalytic domain 提交 2023-05-19 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 D
242–573（332 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；23% PEG3350 and 0.1 M Bis-Tris pH 6.5
|
分辨率 4.20 Å R-free 0.331 |
| 8SX1 PARP4 catalytic domain 提交 2023-05-19 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 E
242–573（332 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；23% PEG3350 and 0.1 M Bis-Tris pH 6.5
|
分辨率 4.20 Å R-free 0.331 |
| 8SX1 PARP4 catalytic domain 提交 2023-05-19 | Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 F
242–573（332 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；23% PEG3350 and 0.1 M Bis-Tris pH 6.5
|
分辨率 4.20 Å R-free 0.331 |
| 8SX1 PARP4 catalytic domain 提交 2023-05-19 | Assembly 7 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 G
242–573（332 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；23% PEG3350 and 0.1 M Bis-Tris pH 6.5
|
分辨率 4.20 Å R-free 0.331 |
| 8SX1 PARP4 catalytic domain 提交 2023-05-19 | Assembly 8 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 H
242–573（332 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；23% PEG3350 and 0.1 M Bis-Tris pH 6.5
|
分辨率 4.20 Å R-free 0.331 |
| 8SX2 PARP4 catalytic domain bound to EB47 提交 2023-05-19 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
242–573（332 aa）
|
未记录 | UHB 2-[4-[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]-N-(1-oxidanylidene-2,3-dihydroisoindol-4-yl)ethanamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；23% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 0.2 M MgCl2, and 600 uM EB47
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.262 |
| 8SX2 PARP4 catalytic domain bound to EB47 提交 2023-05-19 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 B
242–573（332 aa）
|
未记录 | UHB 2-[4-[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]-N-(1-oxidanylidene-2,3-dihydroisoindol-4-yl)ethanamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；23% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 0.2 M MgCl2, and 600 uM EB47
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.262 |
| 9BW6 Human Vault Cage in complex with PARP4 提交 2024-05-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 156 PDB 声明：156-meric（156） 与蛋白数一致 |
链 B
1–1724（1724 aa）
链 D
1–1724（1724 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；50 mM HEPES, 5 mM MgCl2, 5 mM CaCl2, 0.25 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Vitrification carried out under standard conditions
|
分辨率 2.90 Å |
| 9BW6 Human Vault Cage in complex with PARP4 提交 2024-05-20 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–1724（1724 aa）
链 D
1–1724（1724 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；50 mM HEPES, 5 mM MgCl2, 5 mM CaCl2, 0.25 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Vitrification carried out under standard conditions
|
分辨率 2.90 Å |
| 9BW7 Human Vault Cage in complex with PARP4 and NAD+ 提交 2024-05-20 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 156 PDB 声明：156-meric（156） 与蛋白数一致 |
链 B
1–1724（1724 aa）
链 D
1–1724（1724 aa）
|
未记录 | NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 78 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；50 mM HEPES, 5 mM MgCl2, 5 mM CaCl2, 0.25 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Vitrification carried out under standard conditions
|
分辨率 2.90 Å |
| 9BW7 Human Vault Cage in complex with PARP4 and NAD+ 提交 2024-05-20 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白数一致 |
链 B
1–1724（1724 aa）
链 D
1–1724（1724 aa）
|
未记录 | NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；50 mM HEPES, 5 mM MgCl2, 5 mM CaCl2, 0.25 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Vitrification carried out under standard conditions
|
分辨率 2.90 Å |
| 9DEV PARP4 BRCT domain 提交 2024-08-29 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–100（100 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2M ammonium sulfate, 0.15M Citric Acid pH3.5
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.188 |
| 9DFO PARP4 BRCT domain K31Q mutant 提交 2024-08-30 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–100（100 aa）
|
突变：K31Q | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；31% PEG3350, 0.2M ammonium sulfate and 0.1M sodium acetate pH 4.6
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.208 |
| 9DFP PARP4 BRCT domain K23/24Q mutant 提交 2024-08-30 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–100（100 aa）
|
突变：K23Q,K24Q | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；27% PEG3350, 0.2M ammonium sulfate and 0.1M sodium acetate pH 4.6
|
分辨率 1.92 Å R-free 0.219 |
| 9DFQ PARP4 BRCT domain F39Q mutant 提交 2024-08-30 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–100（100 aa）
|
突变：F39Q | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium acetate pH 4.6
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.230 |
| 9DFR PARP4 BRCT domain F39A mutant 提交 2024-08-30 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
1–100（100 aa）
|
突变：F39A | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；27% PEG3350, 0.2M ammonium sulfate and 0.1M sodium acetate pH 4.6
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.218 |