当前蛋白身份:Q9Y5K6 重新检索
本组结构的主要差异维度
构建体不同 突变/修饰不同 组装状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量指标不同

差异标签只比较当前检索结果;所有PDB和assembly原始记录仍分别保留。

相关结构差异明细

一行代表一个 PDB 条目中的一个 biological assembly;同一蛋白的多个单体会分别列出。

PDB 条目 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法 实验环境 结构质量
2FEI Solution structure of the second SH3 domain of Human CMS protein 提交 2005-12-15 Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 A 111–166(56 aa) 片段:The second SH3 domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.85;295 K;压力 1
NMR样品组成 1.0-2.0mM 15N, 13C-labeled CMS SH3 domain, 20mM phosphate buffer (pH 6.85), 50mM sodium chloride, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1.0-2.0mM 15N, 13C-labeled CMS SH3 domain, 20mM phosphate buffer (pH 6.85), 50mM sodium chloride, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
2J6F N-TERMINAL SH3 DOMAIN OF CMS (CD2AP HUMAN HOMOLOG) BOUND TO CBL-B PEPTIDE 提交 2006-09-28 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白数一致
链 A 1–62(62 aa) 片段:SH3, RESIDUES 1-62
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5;20% PEG3000, 0.1M ACETATE PH 5.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.218
2J6K N-TERMINAL SH3 DOMAIN OF CMS (CD2AP HUMAN HOMOLOG) 提交 2006-09-29 Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 A 1–62(62 aa) 片段:SH3, RESIDUES 1-62
未记录 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.1;0.1 M SODIUM CITRATE PH 6.1, 25% PEG 4000, 20% ISOPROPANOL
分辨率 2.77 Å R-free 0.274
2J6K N-TERMINAL SH3 DOMAIN OF CMS (CD2AP HUMAN HOMOLOG) 提交 2006-09-29 Assembly 10 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 J 1–62(62 aa) 片段:SH3, RESIDUES 1-62
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.1;0.1 M SODIUM CITRATE PH 6.1, 25% PEG 4000, 20% ISOPROPANOL
分辨率 2.77 Å R-free 0.274
2J6K N-TERMINAL SH3 DOMAIN OF CMS (CD2AP HUMAN HOMOLOG) 提交 2006-09-29 Assembly 11 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 K 1–62(62 aa) 片段:SH3, RESIDUES 1-62
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.1;0.1 M SODIUM CITRATE PH 6.1, 25% PEG 4000, 20% ISOPROPANOL
分辨率 2.77 Å R-free 0.274
2J6K N-TERMINAL SH3 DOMAIN OF CMS (CD2AP HUMAN HOMOLOG) 提交 2006-09-29 Assembly 12 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 L 1–62(62 aa) 片段:SH3, RESIDUES 1-62
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.1;0.1 M SODIUM CITRATE PH 6.1, 25% PEG 4000, 20% ISOPROPANOL
分辨率 2.77 Å R-free 0.274
2J6K N-TERMINAL SH3 DOMAIN OF CMS (CD2AP HUMAN HOMOLOG) 提交 2006-09-29 Assembly 2 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 B 1–62(62 aa) 片段:SH3, RESIDUES 1-62
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.1;0.1 M SODIUM CITRATE PH 6.1, 25% PEG 4000, 20% ISOPROPANOL
分辨率 2.77 Å R-free 0.274
2J6K N-TERMINAL SH3 DOMAIN OF CMS (CD2AP HUMAN HOMOLOG) 提交 2006-09-29 Assembly 3 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 C 1–62(62 aa) 片段:SH3, RESIDUES 1-62
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.1;0.1 M SODIUM CITRATE PH 6.1, 25% PEG 4000, 20% ISOPROPANOL
分辨率 2.77 Å R-free 0.274
2J6K N-TERMINAL SH3 DOMAIN OF CMS (CD2AP HUMAN HOMOLOG) 提交 2006-09-29 Assembly 4 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 D 1–62(62 aa) 片段:SH3, RESIDUES 1-62
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.1;0.1 M SODIUM CITRATE PH 6.1, 25% PEG 4000, 20% ISOPROPANOL
分辨率 2.77 Å R-free 0.274
2J6K N-TERMINAL SH3 DOMAIN OF CMS (CD2AP HUMAN HOMOLOG) 提交 2006-09-29 Assembly 5 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 E 1–62(62 aa) 片段:SH3, RESIDUES 1-62
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.1;0.1 M SODIUM CITRATE PH 6.1, 25% PEG 4000, 20% ISOPROPANOL
分辨率 2.77 Å R-free 0.274
2J6K N-TERMINAL SH3 DOMAIN OF CMS (CD2AP HUMAN HOMOLOG) 提交 2006-09-29 Assembly 6 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 F 1–62(62 aa) 片段:SH3, RESIDUES 1-62
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.1;0.1 M SODIUM CITRATE PH 6.1, 25% PEG 4000, 20% ISOPROPANOL
分辨率 2.77 Å R-free 0.274
2J6K N-TERMINAL SH3 DOMAIN OF CMS (CD2AP HUMAN HOMOLOG) 提交 2006-09-29 Assembly 7 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 G 1–62(62 aa) 片段:SH3, RESIDUES 1-62
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.1;0.1 M SODIUM CITRATE PH 6.1, 25% PEG 4000, 20% ISOPROPANOL
分辨率 2.77 Å R-free 0.274
2J6K N-TERMINAL SH3 DOMAIN OF CMS (CD2AP HUMAN HOMOLOG) 提交 2006-09-29 Assembly 8 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 H 1–62(62 aa) 片段:SH3, RESIDUES 1-62
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.1;0.1 M SODIUM CITRATE PH 6.1, 25% PEG 4000, 20% ISOPROPANOL
分辨率 2.77 Å R-free 0.274
2J6K N-TERMINAL SH3 DOMAIN OF CMS (CD2AP HUMAN HOMOLOG) 提交 2006-09-29 Assembly 9 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白数一致
链 I 1–62(62 aa) 片段:SH3, RESIDUES 1-62
未记录 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.1;0.1 M SODIUM CITRATE PH 6.1, 25% PEG 4000, 20% ISOPROPANOL
分辨率 2.77 Å R-free 0.274
2J6O ATYPICAL POLYPROLINE RECOGNITION BY THE CMS N-TERMINAL SH3 DOMAIN. CMS:CD2 HETEROTRIMER 提交 2006-10-02 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白数一致
链 A 1–62(62 aa) 片段:SH3 DOMAIN, RESIDUES 1-62
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5;20% PEG3000, 0.1M ACETATE PH 5.5
分辨率 2.23 Å R-free 0.286
2J7I ATYPICAL POLYPROLINE RECOGNITION BY THE CMS N-TERMINAL SH3 DOMAIN. CMS:CD2 HETERODIMER 提交 2006-10-09 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白数一致
链 A 1–62(62 aa) 片段:SH3 DOMAIN, RESIDUES 1-62
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8;30% PEG8000, 0.2M NACL, 0.1M TRIS-HCL PH 8.0
分辨率 2.90 Å R-free 0.295
2J7I ATYPICAL POLYPROLINE RECOGNITION BY THE CMS N-TERMINAL SH3 DOMAIN. CMS:CD2 HETERODIMER 提交 2006-10-09 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白数一致
链 B 1–62(62 aa) 片段:SH3 DOMAIN, RESIDUES 1-62
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8;30% PEG8000, 0.2M NACL, 0.1M TRIS-HCL PH 8.0
分辨率 2.90 Å R-free 0.295
3AA6 Crystal structure of Actin capping protein in complex with the Cp-binding motif derived from CD2AP 提交 2009-11-11 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 C 485–507(23 aa) 片段:recidues 485-507
未记录 BA BARIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;293 K;10% PEG 400, 20MM BACL2, 100MM MES-NAOH, PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 1.90 Å R-free 0.238
3LK4 Crystal structure of CapZ bound to the uncapping motif from CD2AP 提交 2010-01-27 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 C 475–503(29 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;277 K;30% PEG 400, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.99 Å R-free 0.272
3LK4 Crystal structure of CapZ bound to the uncapping motif from CD2AP 提交 2010-01-27 Assembly 10 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 3 475–503(29 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;277 K;30% PEG 400, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.99 Å R-free 0.272
3LK4 Crystal structure of CapZ bound to the uncapping motif from CD2AP 提交 2010-01-27 Assembly 11 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 6 475–503(29 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;277 K;30% PEG 400, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.99 Å R-free 0.272
3LK4 Crystal structure of CapZ bound to the uncapping motif from CD2AP 提交 2010-01-27 Assembly 12 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 9 475–503(29 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;277 K;30% PEG 400, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.99 Å R-free 0.272
3LK4 Crystal structure of CapZ bound to the uncapping motif from CD2AP 提交 2010-01-27 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 F 475–503(29 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;277 K;30% PEG 400, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.99 Å R-free 0.272
3LK4 Crystal structure of CapZ bound to the uncapping motif from CD2AP 提交 2010-01-27 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 I 475–503(29 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;277 K;30% PEG 400, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.99 Å R-free 0.272
3LK4 Crystal structure of CapZ bound to the uncapping motif from CD2AP 提交 2010-01-27 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 L 475–503(29 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;277 K;30% PEG 400, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.99 Å R-free 0.272
3LK4 Crystal structure of CapZ bound to the uncapping motif from CD2AP 提交 2010-01-27 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 O 475–503(29 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;277 K;30% PEG 400, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.99 Å R-free 0.272
3LK4 Crystal structure of CapZ bound to the uncapping motif from CD2AP 提交 2010-01-27 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 R 475–503(29 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;277 K;30% PEG 400, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.99 Å R-free 0.272
3LK4 Crystal structure of CapZ bound to the uncapping motif from CD2AP 提交 2010-01-27 Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 U 475–503(29 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;277 K;30% PEG 400, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.99 Å R-free 0.272
3LK4 Crystal structure of CapZ bound to the uncapping motif from CD2AP 提交 2010-01-27 Assembly 8 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 X 475–503(29 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;277 K;30% PEG 400, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.99 Å R-free 0.272
3LK4 Crystal structure of CapZ bound to the uncapping motif from CD2AP 提交 2010-01-27 Assembly 9 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 0 475–503(29 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;277 K;30% PEG 400, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.99 Å R-free 0.272
3U23 Atomic resolution crystal structure of the 2nd SH3 domain from human CD2AP (CMS) in complex with a proline-rich peptide from human RIN3 提交 2011-09-30 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白数一致
链 A 109–168(60 aa) 片段:unp residues 109-168
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;298 K;0.1 M HEPES pH 7.5, 1.4 M tri-sodium citrate dihydrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 1.11 Å R-free 0.167
4WCI Crystal structure of the 1st SH3 domain from human CD2AP (CMS) in complex with a proline-rich peptide (aa 378-393) from human RIN3 提交 2014-09-04 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白数一致
链 A 1–60(60 aa) 片段:UNP residues 1-60
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;0.1 M Ca(ac) pH 4.2, 0.2 M Li2SO4 and 25% PEG 10 000
分辨率 1.65 Å R-free 0.219
4WCI Crystal structure of the 1st SH3 domain from human CD2AP (CMS) in complex with a proline-rich peptide (aa 378-393) from human RIN3 提交 2014-09-04 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白数一致
链 C 1–60(60 aa) 片段:UNP residues 1-60
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;0.1 M Ca(ac) pH 4.2, 0.2 M Li2SO4 and 25% PEG 10 000
分辨率 1.65 Å R-free 0.219
4WCI Crystal structure of the 1st SH3 domain from human CD2AP (CMS) in complex with a proline-rich peptide (aa 378-393) from human RIN3 提交 2014-09-04 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白数一致
链 E 1–60(60 aa) 片段:UNP residues 1-60
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;0.1 M Ca(ac) pH 4.2, 0.2 M Li2SO4 and 25% PEG 10 000
分辨率 1.65 Å R-free 0.219
4X1V Crystal structure of the 2nd SH3 domain from human CD2AP (CMS) in complex with a proline-rich peptide (aa 76-91) from human ARAP1 提交 2014-11-25 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白数一致
链 A 109–168(60 aa) 片段:UNP residues 109-168
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;298 K;0.1 M HEPES pH 7.5, 1.4 M tri-sodium citrate dehydrate
分辨率 1.58 Å R-free 0.200
7DS6 Crystal structure of actin capping protein in complex with twinflin-1/CD2AP CPI chimera peptide (TWN-CDC) 提交 2020-12-30 Assembly 1 信息不足 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 C 496–507(12 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;293 K;5% (w/v) PEG 3350, 5% (v/v) ethanol, 50mM Tris-HCl (pH = 7.0)
分辨率 1.69 Å R-free 0.253
7DS8 Crystal structure of actin capping protein in complex with twinflin-1/CD2AP CPI chimera peptide (CDN-TWC) 提交 2020-12-30 Assembly 1 信息不足 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白数一致
链 C 485–493(9 aa)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;293 K;4% (w/v) PEG 3350, 50mM Tris-HCl (pH = 7.0)
分辨率 1.95 Å R-free 0.233