SAXSdb — 10vc

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CRISPR-associated endonuclease Cas9

Geobacillus stearothermophilus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 543–650	未记录	Anti-CRISPR protein (AcrIIC1) × 1 （A0A2D0TCG3）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.2 M Sodium malonate pH 6.0, 20% w/v PEG 3,350	分辨率 1.79 Å R-free 0.233
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 543–650	未记录	Anti-CRISPR protein (AcrIIC1) × 1 （A0A2D0TCG3）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.2 M Sodium malonate pH 6.0, 20% w/v PEG 3,350	分辨率 1.79 Å R-free 0.233
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 K； UniProt 543–650	未记录	Anti-CRISPR protein (AcrIIC1) × 1 （A0A2D0TCG3）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.2 M Sodium malonate pH 6.0, 20% w/v PEG 3,350	分辨率 1.79 Å R-free 0.233
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 543–650	未记录	Anti-CRISPR protein (AcrIIC1) × 1 （A0A2D0TCG3）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.2 M Sodium malonate pH 6.0, 20% w/v PEG 3,350	分辨率 1.79 Å R-free 0.233
5	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 543–650	未记录	Anti-CRISPR protein (AcrIIC1) × 1 （A0A2D0TCG3）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.2 M Sodium malonate pH 6.0, 20% w/v PEG 3,350	分辨率 1.79 Å R-free 0.233
6	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 543–650	未记录	Anti-CRISPR protein (AcrIIC1) × 1 （A0A2D0TCG3）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.2 M Sodium malonate pH 6.0, 20% w/v PEG 3,350	分辨率 1.79 Å R-free 0.233

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 10VC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
10VB Crystal structure of GeoCas9 HNH domain bound to S78A mutant anti-CRISPR AcrIIC1 提交 2026-02-10	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 543–650（108 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；0.2M sodium malonate, 22.5% PEG 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.279
10VB Crystal structure of GeoCas9 HNH domain bound to S78A mutant anti-CRISPR AcrIIC1 提交 2026-02-10	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 543–650（108 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；0.2M sodium malonate, 22.5% PEG 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.279
10VB Crystal structure of GeoCas9 HNH domain bound to S78A mutant anti-CRISPR AcrIIC1 提交 2026-02-10	实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 K 543–650（108 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；0.2M sodium malonate, 22.5% PEG 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.279
10VB Crystal structure of GeoCas9 HNH domain bound to S78A mutant anti-CRISPR AcrIIC1 提交 2026-02-10	实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 543–650（108 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；0.2M sodium malonate, 22.5% PEG 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.279
10VB Crystal structure of GeoCas9 HNH domain bound to S78A mutant anti-CRISPR AcrIIC1 提交 2026-02-10	实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 543–650（108 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；0.2M sodium malonate, 22.5% PEG 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.279
10VB Crystal structure of GeoCas9 HNH domain bound to S78A mutant anti-CRISPR AcrIIC1 提交 2026-02-10	实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 543–650（108 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；0.2M sodium malonate, 22.5% PEG 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.279

共 1 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0ABF7PG96_GEOSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–111； UniProt 543–650 作者链 C； PDB构建体 4–111； UniProt 543–650 作者链 E； PDB构建体 4–111； UniProt 543–650 作者链 G； PDB构建体 4–111； UniProt 543–650 作者链 I； PDB构建体 4–111； UniProt 543–650 作者链 K； PDB构建体 4–111； UniProt 543–650

Anti-CRISPR protein (AcrIIC1)

Neisseria meningitidis

UniProt A0A2D0TCG3

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–86	未记录	CRISPR-associated endonuclease Cas9 × 1 （A0ABF7PG96）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.2 M Sodium malonate pH 6.0, 20% w/v PEG 3,350	分辨率 1.79 Å R-free 0.233
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 L； UniProt 1–86	未记录	CRISPR-associated endonuclease Cas9 × 1 （A0ABF7PG96）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.2 M Sodium malonate pH 6.0, 20% w/v PEG 3,350	分辨率 1.79 Å R-free 0.233
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–86	未记录	CRISPR-associated endonuclease Cas9 × 1 （A0ABF7PG96）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.2 M Sodium malonate pH 6.0, 20% w/v PEG 3,350	分辨率 1.79 Å R-free 0.233
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–86	未记录	CRISPR-associated endonuclease Cas9 × 1 （A0ABF7PG96）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.2 M Sodium malonate pH 6.0, 20% w/v PEG 3,350	分辨率 1.79 Å R-free 0.233
5	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 1–86	未记录	CRISPR-associated endonuclease Cas9 × 1 （A0ABF7PG96）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.2 M Sodium malonate pH 6.0, 20% w/v PEG 3,350	分辨率 1.79 Å R-free 0.233
6	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 J； UniProt 1–86	未记录	CRISPR-associated endonuclease Cas9 × 1 （A0ABF7PG96）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.2 M Sodium malonate pH 6.0, 20% w/v PEG 3,350	分辨率 1.79 Å R-free 0.233

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 10VC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
10VB Crystal structure of GeoCas9 HNH domain bound to S78A mutant anti-CRISPR AcrIIC1 提交 2026-02-10	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–86（86 aa）	突变：S79A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；0.2M sodium malonate, 22.5% PEG 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.279
10VB Crystal structure of GeoCas9 HNH domain bound to S78A mutant anti-CRISPR AcrIIC1 提交 2026-02-10	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 1–86（86 aa）	突变：S79A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；0.2M sodium malonate, 22.5% PEG 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.279
10VB Crystal structure of GeoCas9 HNH domain bound to S78A mutant anti-CRISPR AcrIIC1 提交 2026-02-10	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–86（86 aa）	突变：S79A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；0.2M sodium malonate, 22.5% PEG 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.279
10VB Crystal structure of GeoCas9 HNH domain bound to S78A mutant anti-CRISPR AcrIIC1 提交 2026-02-10	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–86（86 aa）	突变：S79A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；0.2M sodium malonate, 22.5% PEG 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.279
10VB Crystal structure of GeoCas9 HNH domain bound to S78A mutant anti-CRISPR AcrIIC1 提交 2026-02-10	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–86（86 aa）	突变：S79A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；0.2M sodium malonate, 22.5% PEG 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.279
10VB Crystal structure of GeoCas9 HNH domain bound to S78A mutant anti-CRISPR AcrIIC1 提交 2026-02-10	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 J 1–86（86 aa）	突变：S79A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；0.2M sodium malonate, 22.5% PEG 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.279
7X31 solution structure of an anti-CRISPR protein 提交 2022-02-27	聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–86（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1 NMR样品组成 1 mM [U-15N] protein, 20 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-13C; U-15N] protein, 20 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-13C; U-15N] protein, 20 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
7X4B Crystal Structure of An Anti-CRISPR Protein 提交 2022-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–86（86 aa）链 B 1–86（86 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；1.8 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bis-Tris pH6.5, 2% (v/v) polyethylene glycol monomethyl ether 550	分辨率 1.61 Å R-free 0.210
8IF0 NmeHNH-AcrIIC1 complex 提交 2023-02-16	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 Y 1–86（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M MES, pH 6.2, 26% PEG3350	分辨率 1.57 Å R-free 0.229

共 4 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A2D0TCG3_NEIME
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–86； UniProt 1–86 作者链 D； PDB构建体 1–86； UniProt 1–86 作者链 F； PDB构建体 1–86； UniProt 1–86 作者链 H； PDB构建体 1–86； UniProt 1–86 作者链 J； PDB构建体 1–86； UniProt 1–86 作者链 L； PDB构建体 1–86； UniProt 1–86

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	10vc
沉积日期 deposition_date	2026-02-10
最后修订 last_revision	2026-04-29
结构标题 title	Crystal structure of GeoCas9 HNH domain bound to anti-CRISPR AcrIIC1
关键词 keywords	Nuclease, Cas9, Inhibitor, Anti-CRISPR, CRISPR, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.55 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.32 Å
零角强度 I(0) i0	277250000.00
分子量 molecular_weight	134140.0 kDa
排除体积 excluded_volume	167350 Å³
包络体积 envelope_volume	230700 Å³
水化壳体积 shell_volume	49562 Å³
包络直径 envelope_diameter	141.6 Å
壳层 Rg shell_rg	44.66 Å
包络 Rg envelope_rg	38.13 Å
形状 Rg shape_rg	39.32 Å
总 Rg total_rg	39.64 Å
总原子数 total_atoms	9450
残基数 n_residues	1159
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	130.7 Å
Rg (实空间) rg_real	39.48 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.31 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7720e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.1440e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.53 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	277300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8719
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	52.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.243
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.282
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12450000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.820; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.870

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CRISPR-associated endonuclease Cas9
分子量 formula_weight	13078.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K
原子数 atom_count	10744

SGGTGHDIVKFKLWSEQNGRCAYSLQPIEIERLLEPGYVEVDHVIPYSRSLDDSYTNKVLVLTRENREKGNRIPAEYLGVGTERWQQFETFVLTNKQFSKKKRDRLLRLHY

来源 Source

来源生物 organism	Geobacillus stearothermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1422
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Anti-CRISPR protein (AcrIIC1)
分子量 formula_weight	9637.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,L

MANKTYKIGKNAGYDGCGLCLAAISENEAIKVKYLRDICPDYDGDDKAEDWLRWGTDSRVKAAALEMEQYAYTSVGMASCWEFVEL

来源 Source

来源生物 organism	Neisseria meningitidis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	487
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1294

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	83.529 Å
晶胞边长 b length_b	89.252 Å
晶胞边长 c length_c	86.940 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.65 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.790 Å
最低分辨率 resolution_low	29.590 Å
R 因子 r_factor	0.1963
R_work r_work	0.1944
R_free r_free	0.2330

fit	/app/data/saxs_computation/0v/10vc/10vc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/0v/10vc/10vc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/0v/10vc/10vc.dat

Crystal structure of GeoCas9 HNH domain bound to anti-CRISPR AcrIIC1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CRISPR-associated endonuclease Cas9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Anti-CRISPR protein (AcrIIC1)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)