SAXSdb — 1asy

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ASPARTYL-tRNA SYNTHETASE

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 同源多聚体蛋白 × 2 RNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 67–556 链 B； UniProt 67–556	未记录	T-RNA (75-MER) × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1ASY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1ASZ THE ACTIVE SITE OF YEAST ASPARTYL-TRNA SYNTHETASE: STRUCTURAL AND FUNCTIONAL ASPECTS OF THE AMINOACYLATION REACTION 提交 1995-01-19	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 67–556（490 aa）链 B 67–556（490 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
1EOV FREE ASPARTYL-TRNA SYNTHETASE (ASPRS) (E.C. 6.1.1.12) FROM YEAST 提交 2000-03-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 70–556（487 aa）片段：ENGINEERED ASPRS MONOMER LACKING THE 70 N-TERMINAL AMINO ACID RESIDUES	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；278 K；15 MG/ML PROTEIN, 1.9 M AMMONIUM SULFATE, pH 5.60, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278.0K	分辨率 2.30 Å R-free 0.242

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SYDC_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–490； UniProt 67–556 作者链 B； PDB构建体 1–490； UniProt 67–556

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1asy
沉积日期 deposition_date	1995-01-19
结构标题 title	CLASS II AMINOACYL TRANSFER RNA SYNTHETASES: CRYSTAL STRUCTURE OF YEAST ASPARTYL-TRNA SYNTHETASE COMPLEXED WITH TRNA ASP
关键词 keywords	COMPLEX (AMINOACYL-TRNA SYNTHASE-TRNA), COMPLEX (AMINOACYL-TRNA SYNTHASE-TRNA) complex; COMPLEX (AMINOACYL-TRNA SYNTHASE/TRNA)
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.62 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.42 Å
零角强度 I(0) i0	570390000.00
分子量 molecular_weight	160520.0 kDa
排除体积 excluded_volume	186230 Å³
包络体积 envelope_volume	244580 Å³
水化壳体积 shell_volume	56035 Å³
包络直径 envelope_diameter	124.8 Å
壳层 Rg shell_rg	42.70 Å
包络 Rg envelope_rg	36.39 Å
形状 Rg shape_rg	36.27 Å
总 Rg total_rg	37.12 Å
总原子数 total_atoms	11096
残基数 n_residues	1114
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	124.4 Å
Rg (实空间) rg_real	38.63 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.10 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.7040e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.7380e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.63 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	570400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8285
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	45.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.330
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.409
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	41190000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.923; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	T-RNA (75-MER)
分子量 formula_weight	24181.4 kDa
EC 编号 ec_number	6.1.1.12
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	R,S
原子数 atom_count	11096

UCCGUGAUAGUUUAAUGGUCAGAAUGGGCGCUUGUCGCGUGCCAGAUCGGGGUUCAAUUCCCCGUCGCGGAGCCA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ASPARTYL-tRNA SYNTHETASE
分子量 formula_weight	56026.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

EDTAKDNYGKLPLIQSRDSDRTGQKRVKFVDLDEAKDSDKEVLFRARVHNTRQQGATLAFLTLRQQASLIQGLVKANKEGTISKNMVKWAGSLNLESIVLVRGIVKKVDEPIKSATVQNLEIHITKIYTISETPEALPILLEDASRSEAEAEAAGLPVVNLDTRLDYRVIDLRTVTNQAIFRIQAGVCELFREYLATKKFTEVHTPKLLGAPSEGGSSVFEVTYFKGKAYLAQSPQFNKQQLIVADFERVYEIGPVFRAENSNTHRHMTEFTGLDMEMAFEEHYHEVLDTLSELFVFIFSELPKRFAHEIELVRKQYPVEEFKLPKDGKMVRLTYKEGIEMLRAAGKEIGDFEDLSTENEKFLGKLVRDKYDTDFYILDKFPLEIRPFYTMPDPANPKYSNSYDFFMRGEEILSGAQRIHDHALLQERMKAHGLSPEDPGLKDYCDGFSYGCPPHAGGGIGLERVVMFYLDLKNIRRASLFPRDPKRLRP

来源 Source

来源生物 organism

Saccharomyces cerevisiae

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1asya1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family family	b.40.4.1 — Anticodon-binding domain

结构域编号 domain_id	d1asya2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.104 — Class II aaRS and biotin synthetases
超家族 Superfamily superfamily	d.104.1 — Class II aaRS and biotin synthetases
家族 Family family	d.104.1.1 — Class II aminoacyl-tRNA synthetase (aaRS)-like, catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1asyb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family family	b.40.4.1 — Anticodon-binding domain

结构域编号 domain_id	d1asyb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.104 — Class II aaRS and biotin synthetases
超家族 Superfamily superfamily	d.104.1 — Class II aaRS and biotin synthetases
家族 Family family	d.104.1.1 — Class II aminoacyl-tRNA synthetase (aaRS)-like, catalytic domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1asyA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	1asyA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	930 — BirA Bifunctional Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bira Bifunctional Protein; Domain 2

结构域编号 domain_id	1asyB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	1asyB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	930 — BirA Bifunctional Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bira Bifunctional Protein; Domain 2

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8. 引用文献 (4)

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晶胞边长 a length_a	210.250 Å
晶胞边长 b length_b	146.170 Å
晶胞边长 c length_c	86.130 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	7.000 Å
R 因子 r_factor	0.2250
R_work r_work	0.2250
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/as/1asy/1asy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/as/1asy/1asy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/as/1asy/1asy.dat

CLASS II AMINOACYL TRANSFER RNA SYNTHETASES: CRYSTAL STRUCTURE OF YEAST ASPARTYL-TRNA SYNTHETASE COMPLEXED WITH TRNA ASP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ASPARTYL-tRNA SYNTHETASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (4)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)