1atn

Atomic structure of the actin:DNASE I complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 96.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ACTIN

物种未注明

UniProt P02568

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 3–374 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) DEOXYRIBONUCLEASE I × 1 (P00639) beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 4 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACTS_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–373; UniProt 3–374

DEOXYRIBONUCLEASE I

物种未注明

UniProt P00639

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 23–282 未记录 ACTIN × 1 (P02568) beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 4 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 15 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DRN1_BOVIN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–260; UniProt 23–282

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1atn

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1atn
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1atn
沉积日期 deposition_date1991-03-08
结构标题 titleAtomic structure of the actin:DNASE I complex
关键词 keywordsENDODEOXYRIBONUCLEASE; ENDODEOXYRIBONUCLEASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.78
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.33
零角强度 I(0) i083303400.00
分子量 molecular_weight71563.0 kDa
排除体积 excluded_volume89175 ų
包络体积 envelope_volume107940 ų
水化壳体积 shell_volume30328 ų
包络直径 envelope_diameter102.6
壳层 Rg shell_rg36.62
包络 Rg envelope_rg30.03
形状 Rg shape_rg30.32
总 Rg total_rg30.92
总原子数 total_atoms5019
残基数 n_residues629
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax96.9
Rg (实空间) rg_real30.86
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.77
I(0) (实空间) i0_real8.3300e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2640e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.83
I(0) (倒空间) i0_reciprocal83300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8869
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary28.5
偏度 Skewness skewness0.328
峰度 Kurtosis kurtosis-0.624
角度范围 angular_range— – 0.2550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha15590000.0000
实空间数据点数 n_real_points52
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.933; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.916; Smooth: 0.811

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd1atna1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.1 — Actin/HSP70
结构域编号 domain_idd1atna2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.1 — Actin/HSP70
结构域编号 domain_idd1atnd_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.151 — DNase I-like
超家族 Superfamily superfamilyd.151.1 — DNase I-like
家族 Family familyd.151.1.1 — DNase I-like

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id1atnA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id1atnA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology36 — Actin; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — Actin; Chain A, domain 2
结构域编号 domain_id1atnA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id1atnA04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4
结构域编号 domain_id1atnD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology10 — Deoxyribonuclease I; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Endonuclease/exonuclease/phosphatase

8. 引用文献 (9)

9. 文件与曲线 (10)