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1aw6

GAL4 (CD), NMR, 24 STRUCTURES

Method: SOLUTION NMR Dmax: 27.4 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GAL4 (CD)

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P04386

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–43 片段：DNA-BINDING DOMAIN CD CADMIUM ION × 2 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7.2；298 K 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1AW6 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1D66 DNA RECOGNITION BY GAL4: STRUCTURE OF A PROTEIN/DNA COMPLEX 提交 1992-03-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–65（65 aa）
链 B 1–65（65 aa）
未记录 CD CADMIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；pH 6.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.70 Å
1HBW Solution nmr structure of the dimerization domain of the yeast transcriptional activator Gal4 (residues 50-106) 提交 2001-04-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 50–106（57 aa） 片段：DIMERIZATION DOMAIN RESIDUES 50-106
链 B 50–106（57 aa） 片段：DIMERIZATION DOMAIN RESIDUES 50-106
突变：YES 突变：YES 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.4；308 K；离子强度（mmCIF原始值）50 MM SODIUM PHOSPHATE
分辨率未提供
3BTS Crystal structure of a ternary complex of the transcriptional repressor Gal80p (Gal80S0 [G301R]) and the acidic activation domain of Gal4p (aa 854-874) from Saccharomyces cerevisiae with NAD 提交 2007-12-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 854–874（21 aa） 片段：S. cerevisiae Gal4p peptide; UNP residues 854-874
链 F 854–874（21 aa） 片段：S. cerevisiae Gal4p peptide; UNP residues 854-874
未记录 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；290 K；20% PEG 3350, 0.15M Sodium fluoride, followed by soaking in NAD to a final concentration of 5mM, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 2.70 Å R-free 0.232
3COQ Structural Basis for Dimerization in DNA Recognition by Gal4 提交 2008-03-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 8–96（89 aa） 片段：DNA binding domain with complete dimerization domain
链 B 8–96（89 aa） 片段：DNA binding domain with complete dimerization domain
未记录 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；298 K；40mM Mg(OAc)2, 25mM sodium phosphate, 5% PEG400, 5% MPD, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.40 Å R-free 0.269
7UIK Mediator-PIC Early (Tail A + Upstream DNA & Activator) 提交 2022-03-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 T 1–147（147 aa）
链 U 1–147（147 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.70 Å
7UIO Mediator-PIC Early (Composite Model) 提交 2022-03-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：80-meric
链 GA 1–147（147 aa）
链 GB 1–147（147 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 THR THREONINE × 1 ALA ALANINE × 1 ASP ASPARTIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GAL4_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–43； UniProt 1–43

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1aw6

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1aw6
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1aw6
沉积日期 deposition_date1997-10-10
结构标题 titleGAL4 (CD), NMR, 24 STRUCTURES
关键词 keywordsTRANSCRIPTION REGULATION, DNA-BINDING; TRANSCRIPTION REGULATION
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier10.16 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron11.32 Å
零角强度 I(0) i0260916000.00
分子量 molecular_weight126720.0 kDa
排除体积 excluded_volume154640 ų
包络体积 envelope_volume26434 ų
水化壳体积 shell_volume13732 ų
包络直径 envelope_diameter51.7 Å
壳层 Rg shell_rg22.46 Å
包络 Rg envelope_rg17.61 Å
形状 Rg shape_rg11.43 Å
总 Rg total_rg11.38 Å
总原子数 total_atoms17328
残基数 n_residues1032
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax27.4 Å
Rg (实空间) rg_real9.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.05 Å
I(0) (实空间) i0_real2.5000e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7400e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal10.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal260900000.0000
解质量估计 total_estimate0.6829
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks0
主峰位置 r_peak_primary— Å
偏度 Skewness skewness0.395
峰度 Kurtosis kurtosis-0.349
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha3.0460
最高正则化参数 α highest_alpha14500.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.002; Oscil: 0.984; Stabil: 0.985; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.969; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1aw6a_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.38 — Zn2/Cys6 DNA-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyg.38.1 — Zn2/Cys6 DNA-binding domain
家族 Family familyg.38.1.1 — Zn2/Cys6 DNA-binding domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1aw6A00
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology240 — CD2-Gal4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)