SAXSdb — 1ayf

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADRENODOXIN

Bos taurus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 62–166 链 B； UniProt 62–166	未记录	FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.4；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 30% PEG 4000, 10% GLYCEROL, 100 MM TRIS, PH 7.4, 100MM MGCL2, 20 MG/ML PROTEIN	分辨率 1.85 Å R-free 0.253

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1AYF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CJE ADRENODOXIN FROM BOVINE 提交 1999-04-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 60–186（127 aa）链 B 60–186（127 aa）	未记录	FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.298
1CJE ADRENODOXIN FROM BOVINE 提交 1999-04-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 60–186（127 aa）链 D 60–186（127 aa）	未记录	FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.298
1E6E ADRENODOXIN REDUCTASE/ADRENODOXIN COMPLEX OF MITOCHONDRIAL P450 SYSTEMS 提交 2000-08-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 59–186（128 aa）	突变：YES	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 3 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；277 K；HANGING DROP VAPOR-DIFFUSION AT 4 DEGR. 0.5MM COMPLEX IN 100MMTRIS-HCL, PH 7.4, 0.9M AMMONIUMSULFATE.	分辨率 2.30 Å R-free 0.268
1E6E ADRENODOXIN REDUCTASE/ADRENODOXIN COMPLEX OF MITOCHONDRIAL P450 SYSTEMS 提交 2000-08-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 59–186（128 aa）	突变：YES	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；277 K；HANGING DROP VAPOR-DIFFUSION AT 4 DEGR. 0.5MM COMPLEX IN 100MMTRIS-HCL, PH 7.4, 0.9M AMMONIUMSULFATE.	分辨率 2.30 Å R-free 0.268
1L6U NMR STRUCTURE OF OXIDIZED ADRENODOXIN 提交 2002-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 59–186（128 aa）	未记录	FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；300 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM salt；压力 1 NMR样品组成 2-3mM Adrenodoxin 15N,13C, 50 mM phosphate buffer, 50mM NaCl, 10% D2O, 0.04% NaN3 \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1L6V STRUCTURE OF REDUCED BOVINE ADRENODOXIN 提交 2002-03-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 59–186（128 aa）	未记录	FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；300 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM salt；压力 1 NMR样品组成 2-3mM Adrenodoxin, 0mM Phosphate, 50mM NaCl, Dithionite, 10% D2O, 90% H2O, 0.04% NaN3 \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2BT6 Ru(bpy)2(mbpy)-Modified Bovine Adrenodoxin 提交 2005-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 63–166（104 aa）片段：RESIDUES 63-166	未记录	FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 RUA (4'-METHYL-2,2'BIPYRIDINE)BIS(2,2'-BIPYRIDINE) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；30% PEG 4000, 10% GLYCEROL, 10MM TRIS, PH 7.4, 10MM MGCL2, 20 MG/ML PROTEIN	分辨率 1.50 Å R-free 0.186
2BT6 Ru(bpy)2(mbpy)-Modified Bovine Adrenodoxin 提交 2005-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 63–166（104 aa）片段：RESIDUES 63-166	未记录	FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 RUA (4'-METHYL-2,2'BIPYRIDINE)BIS(2,2'-BIPYRIDINE) × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；30% PEG 4000, 10% GLYCEROL, 10MM TRIS, PH 7.4, 10MM MGCL2, 20 MG/ML PROTEIN	分辨率 1.50 Å R-free 0.186
2JQR Solution model of crosslinked complex of cytochrome c and adrenodoxin 提交 2007-06-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 62–166（105 aa）片段：2Fe-2S ferredoxin-type domain, residues 62-166	突变：L80C, C95S	HEC HEME C × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；285 K；压力 ambient NMR测量条件 pH 7.4；301 K；离子强度（mmCIF原始值）0.4；压力 ambient NMR样品组成 0.4 mM [U-98% 15N] CcV28C, 0.2-0.6 mM AdxL80C, 20 mM potassium phosphate, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.4 mM [U-98% 15N] AdxL80C, 0.2-0.6 mM CcV28C, 20 mM potassium phosphate, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 1.0 mM [U-98% 15N] CcV28C, 5 mM DTT, 20 mM potassium phosphate, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.6 mM [U-98% 15N] AdxL80C, 5 mM DTT, 20 mM potassium phosphate, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供

共 6 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ADX1_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–105； UniProt 62–166 作者链 B； PDB构建体 1–105； UniProt 62–166

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ayf
沉积日期 deposition_date	1997-11-03
结构标题 title	BOVINE ADRENODOXIN (OXIDIZED)
关键词 keywords	[2FE-2S]FERREDOXIN, ADRENODOXIN, ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.47 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.18 Å
零角强度 I(0) i0	10856500.00
分子量 molecular_weight	23294.0 kDa
排除体积 excluded_volume	28621 Å³
包络体积 envelope_volume	34215 Å³
水化壳体积 shell_volume	15705 Å³
包络直径 envelope_diameter	70.2 Å
壳层 Rg shell_rg	24.39 Å
包络 Rg envelope_rg	19.46 Å
形状 Rg shape_rg	19.27 Å
总 Rg total_rg	19.71 Å
总原子数 total_atoms	1606
残基数 n_residues	207
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	68.3 Å
Rg (实空间) rg_real	19.56 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.59 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0860e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4530e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	10860000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8293
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.478
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.270
角度范围 angular_range	— – 0.4100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4523000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.661; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.817; Smooth: 0.981

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ADRENODOXIN
分子量 formula_weight	11661.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1831

EDKITVHFINRDGETLTTKGKIGDSLLDVVVQNNLDIDGFGACEGTLACSTCHLIFEQHIFEKLEAITDEENDMLDLAYGLTDRSRLGCQICLTKAMDNMTVRVP

来源 Source

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	cattle
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	167

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1ayfa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.4 — 2Fe-2S ferredoxin-like
家族 Family family	d.15.4.1 — 2Fe-2S ferredoxin-related

结构域编号 domain_id	d1ayfb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.4 — 2Fe-2S ferredoxin-like
家族 Family family	d.15.4.1 — 2Fe-2S ferredoxin-related

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1ayfA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Beta-grasp domain

结构域编号 domain_id	1ayfB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Beta-grasp domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	44.180 Å
晶胞边长 b length_b	78.340 Å
晶胞边长 c length_c	60.600 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.850 Å
最低分辨率 resolution_low	11.000 Å
R 因子 r_factor	0.1930
R_work r_work	0.1950
R_free r_free	0.2530

fit	/app/data/saxs_computation/ay/1ayf/1ayf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ay/1ayf/1ayf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ay/1ayf/1ayf.dat

BOVINE ADRENODOXIN (OXIDIZED)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADRENODOXIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction