1b3s

STRUCTURAL RESPONSE TO MUTATION AT A PROTEIN-PROTEIN INTERFACE

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (BARNASE)

Bacillus amyloliquefaciens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PROTEIN (BARSTAR) × 1 （P11540） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PROTEIN (BARSTAR) × 1 （P11540） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PROTEIN (BARSTAR) × 1 （P11540） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RNBR_BACAM
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–110； UniProt 48–157 作者链 B； PDB构建体 1–110； UniProt 48–157 作者链 C； PDB构建体 1–110； UniProt 50–157

PROTEIN (BARSTAR)

Bacillus amyloliquefaciens

UniProt P11540

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PROTEIN (BARNASE) × 1 （P00648） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PROTEIN (BARNASE) × 1 （P00648） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	PROTEIN (BARNASE) × 1 （P00648） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BARS_BACAM
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 2–90； UniProt 1–89 作者链 E； PDB构建体 2–90； UniProt 1–89 作者链 F； PDB构建体 2–90； UniProt 1–89

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1b3s
沉积日期 deposition_date	1998-12-01
结构标题 title	STRUCTURAL RESPONSE TO MUTATION AT A PROTEIN-PROTEIN INTERFACE
关键词 keywords	RNASE-INHIBITOR COMPLEX, INTERFACIAL DOUBLE MUTANT, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1b3s__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1b3s__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1b3s__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	18.42 Å
Rg（电子密度）	17.52 Å
总 Rg	18.50 Å
原子数	1600
残基数	200
排除体积	28382 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1b3s__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1b3s__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1b3s__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (BARNASE)
分子量 formula_weight	12331.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.27.3
突变 mutation	H102A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	4892

AQVINTFDGVADYLQTYHKLPDNYITKSEAQALGWVASKGNLADVAPGKSIGGDIFSNREGKLPGKSGRTWREADINYTSGFRNSDRILYSSDWLIYKTTDAYQTFTKIR

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus amyloliquefaciens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1390
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PROTEIN (BARSTAR)
分子量 formula_weight	10336.7 kDa
突变 mutation	Y30F
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

MKKAVINGEQIRSISDLHQTLKKELALPEFYGENLDALWDCLTGWVEYPLVLEWRQFEQSKQLTENGAESVLQVFREAKAEGCDITIILS

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus amyloliquefaciens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1390
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	206

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1b3sa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.1 — Microbial ribonucleases
超家族 Superfamily superfamily	d.1.1 — Microbial ribonucleases
家族 Family family	d.1.1.2 — Bacterial ribonucleases

结构域编号 domain_id	d1b3sb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.1 — Microbial ribonucleases
超家族 Superfamily superfamily	d.1.1 — Microbial ribonucleases
家族 Family family	d.1.1.2 — Bacterial ribonucleases

结构域编号 domain_id	d1b3sc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.1 — Microbial ribonucleases
超家族 Superfamily superfamily	d.1.1 — Microbial ribonucleases
家族 Family family	d.1.1.2 — Bacterial ribonucleases

结构域编号 domain_id	d1b3sd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.9 — Barstar-like
超家族 Superfamily superfamily	c.9.1 — Barstar-related
家族 Family family	c.9.1.1 — Barstar-related

结构域编号 domain_id	d1b3se_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.9 — Barstar-like
超家族 Superfamily superfamily	c.9.1 — Barstar-related
家族 Family family	c.9.1.1 — Barstar-related

结构域编号 domain_id	d1b3sf_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.9 — Barstar-like
超家族 Superfamily superfamily	c.9.1 — Barstar-related
家族 Family family	c.9.1.1 — Barstar-related

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1b3sA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Microbial ribonucleases

结构域编号 domain_id	1b3sB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Microbial ribonucleases

结构域编号 domain_id	1b3sC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Microbial ribonucleases

结构域编号 domain_id	1b3sD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	370 — Barnase; Chain D
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Barstar-like

结构域编号 domain_id	1b3sE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	370 — Barnase; Chain D
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Barstar-like

结构域编号 domain_id	1b3sF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	370 — Barnase; Chain D
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Barstar-like

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晶胞边长 a length_a	201.900 Å
晶胞边长 b length_b	43.900 Å
晶胞边长 c length_c	83.400 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	110.70 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.390 Å
最低分辨率 resolution_low	25.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2470
R_free r_free	0.3240

STRUCTURAL RESPONSE TO MUTATION AT A PROTEIN-PROTEIN INTERFACE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (BARNASE)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PROTEIN (BARSTAR)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1b3s__assembly_1__model_1

1b3s__assembly_1__model_1 | I(q)

1b3s__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (6)

STRUCTURAL RESPONSE TO MUTATION AT A PROTEIN-PROTEIN INTERFACE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (BARNASE)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PROTEIN (BARSTAR)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1b3s__assembly_1__model_1

1b3s__assembly_1__model_1 | I(q)

1b3s__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (6)