1b4f

OLIGOMERIC STRUCTURE OF THE HUMAN EPHB2 RECEPTOR SAM DOMAIN

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 125.7 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

EPHB2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 402–480 链 B； UniProt 402–480 链 C； UniProt 402–480 链 D； UniProt 402–480	片段：SAM DOMAIN	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；pH 7.0	分辨率 1.95 Å R-free 0.273
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 402–480 链 F； UniProt 402–480 链 G； UniProt 402–480 链 H； UniProt 402–480	片段：SAM DOMAIN	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；pH 7.0	分辨率 1.95 Å R-free 0.273

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1B4F	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1F0M MONOMERIC STRUCTURE OF THE HUMAN EPHB2 SAM (STERILE ALPHA MOTIF) DOMAIN 提交 2000-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 889–970（82 aa）片段：EPHB2 RECEPTOR FRAGMENT, SAM DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；30% peg, 70 mM lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 25K	分辨率 2.20 Å R-free 0.264
2QBX EphB2/SNEW Antagonistic Peptide Complex 提交 2007-06-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–196（177 aa）片段：EphB2	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；298 K；100 mM Hepes, pH 7.2, 100 mM ammonium sulfate, and 20% PEG-3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.270
2QBX EphB2/SNEW Antagonistic Peptide Complex 提交 2007-06-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 20–196（177 aa）片段：EphB2	未记录	SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；298 K；100 mM Hepes, pH 7.2, 100 mM ammonium sulfate, and 20% PEG-3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.270
2QBX EphB2/SNEW Antagonistic Peptide Complex 提交 2007-06-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 20–196（177 aa）片段：EphB2 链 B 20–196（177 aa）片段：EphB2	未记录	SO4 SULFATE ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；298 K；100 mM Hepes, pH 7.2, 100 mM ammonium sulfate, and 20% PEG-3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.270
3ZFM Crystal structure of EphB2 提交 2012-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 604–898（295 aa）片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 604-898	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.27 Å R-free 0.263

共 3 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EPHB2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–82； UniProt 402–480 作者链 B； PDB构建体 4–82； UniProt 402–480 作者链 C； PDB构建体 4–82； UniProt 402–480 作者链 D； PDB构建体 4–82； UniProt 402–480 作者链 E； PDB构建体 4–82； UniProt 402–480 作者链 F； PDB构建体 4–82； UniProt 402–480 作者链 G； PDB构建体 4–82； UniProt 402–480 作者链 H； PDB构建体 4–82； UniProt 402–480

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1b4f
沉积日期 deposition_date	1998-12-20
结构标题 title	OLIGOMERIC STRUCTURE OF THE HUMAN EPHB2 RECEPTOR SAM DOMAIN
关键词 keywords	SAM DOMAIN, EPH RECEPTOR, SIGNAL TRANSDUCTION, OLIGOMER; SIGNAL TRANSDUCTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.05 Å
零角强度 I(0) i0	75224500.00
分子量 molecular_weight	68145.0 kDa
排除体积 excluded_volume	84929 Å³
包络体积 envelope_volume	129520 Å³
水化壳体积 shell_volume	31530 Å³
包络直径 envelope_diameter	128.2 Å
壳层 Rg shell_rg	39.56 Å
包络 Rg envelope_rg	36.52 Å
形状 Rg shape_rg	37.08 Å
总 Rg total_rg	37.17 Å
总原子数 total_atoms	4762
残基数 n_residues	599
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	125.7 Å
Rg (实空间) rg_real	37.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.65 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.5220e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4800e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.09 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	75210000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6211
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.409
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.616
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5296000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.810; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.048; Positv: 1.000; Valcen: 0.636; Smooth: 0.859

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1b4fa_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.1 — SAM/Pointed domain
家族 Family family	a.60.1.2 — SAM (sterile alpha motif) domain

结构域编号 domain_id	d1b4fb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.1 — SAM/Pointed domain
家族 Family family	a.60.1.2 — SAM (sterile alpha motif) domain

结构域编号 domain_id	d1b4fc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.1 — SAM/Pointed domain
家族 Family family	a.60.1.2 — SAM (sterile alpha motif) domain

结构域编号 domain_id	d1b4fd_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.1 — SAM/Pointed domain
家族 Family family	a.60.1.2 — SAM (sterile alpha motif) domain

结构域编号 domain_id	d1b4fe_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.1 — SAM/Pointed domain
家族 Family family	a.60.1.2 — SAM (sterile alpha motif) domain

结构域编号 domain_id	d1b4ff_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.1 — SAM/Pointed domain
家族 Family family	a.60.1.2 — SAM (sterile alpha motif) domain

结构域编号 domain_id	d1b4fg_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.1 — SAM/Pointed domain
家族 Family family	a.60.1.2 — SAM (sterile alpha motif) domain

结构域编号 domain_id	d1b4fh_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.1 — SAM/Pointed domain
家族 Family family	a.60.1.2 — SAM (sterile alpha motif) domain

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1b4fA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Transcription Factor, Ets-1

结构域编号 domain_id	1b4fB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Transcription Factor, Ets-1

结构域编号 domain_id	1b4fC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Transcription Factor, Ets-1

结构域编号 domain_id	1b4fD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Transcription Factor, Ets-1

结构域编号 domain_id	1b4fE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Transcription Factor, Ets-1

结构域编号 domain_id	1b4fF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Transcription Factor, Ets-1

结构域编号 domain_id	1b4fG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Transcription Factor, Ets-1

结构域编号 domain_id	1b4fH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Transcription Factor, Ets-1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	73.897 Å
晶胞边长 b length_b	73.897 Å
晶胞边长 c length_c	104.547 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	P 41
空间群编号 int_tables_number	76
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.950 Å
最低分辨率 resolution_low	26.000 Å
R 因子 r_factor	0.2280
R_work r_work	0.2280
R_free r_free	0.2730

描述 description	EPHB2
分子量 formula_weight	9401.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	5564

OLIGOMERIC STRUCTURE OF THE HUMAN EPHB2 RECEPTOR SAM DOMAIN

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

EPHB2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	685

fit	/app/data/saxs_computation/b4/1b4f/1b4f.fit
pddf	/app/data/pr_computation/b4/1b4f/1b4f.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/b4/1b4f/1b4f.dat