SAXSdb — 1bbr

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

EPSILON-THROMBIN

Bos taurus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	FIBRINOGEN ALPHA/ALPHA-E CHAIN PRECURSOR × 1 （P02671） water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	FIBRINOGEN ALPHA/ALPHA-E CHAIN PRECURSOR × 1 （P02671） water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	FIBRINOGEN ALPHA/ALPHA-E CHAIN PRECURSOR × 1 （P02671） water × 3	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	FIBRINOGEN ALPHA/ALPHA-E CHAIN PRECURSOR × 2 （P02671） water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	THRB_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1, 2, 3, 5
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–49； UniProt 318–366 作者链 L； PDB构建体 1–49； UniProt 318–366 作者链 M； PDB构建体 1–49； UniProt 318–366 作者链 H； PDB构建体 1–149； UniProt 367–516 作者链 E； PDB构建体 1–109； UniProt 517–625 作者链 K； PDB构建体 1–259； UniProt 367–625 作者链 N； PDB构建体 1–259； UniProt 367–625

FIBRINOGEN ALPHA/ALPHA-E CHAIN PRECURSOR

Homo sapiens

UniProt P02671

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	EPSILON-THROMBIN × 1 （P00735） EPSILON-THROMBIN × 1 （P00735） EPSILON-THROMBIN × 1 （P00735） water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	EPSILON-THROMBIN × 1 （P00735） EPSILON-THROMBIN × 1 （P00735） water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	EPSILON-THROMBIN × 1 （P00735） EPSILON-THROMBIN × 1 （P00735） water × 3	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	EPSILON-THROMBIN × 2 （P00735） EPSILON-THROMBIN × 2 （P00735） water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FIBA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 2–11； UniProt 26–35 作者链 G； PDB构建体 2–11； UniProt 26–35 作者链 I； PDB构建体 2–11； UniProt 26–35

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1bbr
沉积日期 deposition_date	1992-04-27
结构标题 title	THE STRUCTURE OF RESIDUES 7-16 OF THE A ALPHA CHAIN OF HUMAN FIBRINOGEN BOUND TO BOVINE THROMBIN AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION
关键词 keywords	SERINE PROTEASE; SERINE PROTEASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1bbr__assembly_4__model_1

Assembly 4 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1bbr__assembly_4__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1bbr__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	30.01 Å
Rg（电子密度）	29.57 Å
总 Rg	30.16 Å
原子数	4918
残基数	610
排除体积	87571 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1bbr__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1bbr__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1bbr__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1bbr__assembly_4__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	EPSILON-THROMBIN
分子量 formula_weight	5735.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,J,M
原子数 atom_count	8084

TSEDHFQPFFNEKTFGAGEADCGLRPLFEKKQVQDQTEKELFESYIEGR

来源 Source

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	cattle
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	EPSILON-THROMBIN
分子量 formula_weight	17525.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

IVEGQDAEVGLSPWQVMLFRKSPQELLCGASLISDRWVLTAAHCLLYPPWDKNFTVDDLLVRIGKHSRTRYERKVEKISMLDKIYIHPRYNWKENLDRDIALLKLKRPIELSDYIHPVCLPDKQTAAKLLHAGFKGRVTGWGNRRETWTT

来源 Source

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	cattle
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	EPSILON-THROMBIN
分子量 formula_weight	12265.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

SVAEVQPSVLQVVNLPLVERPVCKASTRIRITDNMFCAGYKPGEGKRGDACEGDSGGPFVMKSPYNNRWYQMGIVSWGEGCDRDGKYGFYTHVFRLKKWIQKVIDRLGS

来源 Source

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	cattle
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	FIBRINOGEN ALPHA/ALPHA-E CHAIN PRECURSOR
分子量 formula_weight	1047.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,G,I

XDFLAEGGGVR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	EPSILON-THROMBIN
分子量 formula_weight	29772.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,N

IVEGQDAEVGLSPWQVMLFRKSPQELLCGASLISDRWVLTAAHCLLYPPWDKNFTVDDLLVRIGKHSRTRYERKVEKISMLDKIYIHPRYNWKENLDRDIALLKLKRPIELSDYIHPVCLPDKQTAAKLLHAGFKGRVTGWGNRRETWTTSVAEVQPSVLQVVNLPLVERPVCKASTRIRITDNMFCAGYKPGEGKRGDACEGDSGGPFVMKSPYNNRWYQMGIVSWGEGCDRDGKYGFYTHVFRLKKWIQKVIDRLGS

来源 Source

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	cattle
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	706

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1bbr.1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.2 — Eukaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d1bbr.2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.2 — Eukaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d1bbr.3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.2 — Eukaryotic proteases

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1bbrE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	1bbrH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	1bbrK01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	1bbrK02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	1bbrN01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	1bbrN02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

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晶胞边长 a length_a	83.020 Å
晶胞边长 b length_b	89.410 Å
晶胞边长 c length_c	99.300 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	106.64 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	7.000 Å
R 因子 r_factor	0.1670
R_work r_work	—
R_free r_free	—

THE STRUCTURE OF RESIDUES 7-16 OF THE A ALPHA CHAIN OF HUMAN FIBRINOGEN BOUND TO BOVINE THROMBIN AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

EPSILON-THROMBIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

FIBRINOGEN ALPHA/ALPHA-E CHAIN PRECURSOR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1bbr__assembly_4__model_1

1bbr__assembly_4__model_1 | I(q)

1bbr__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

THE STRUCTURE OF RESIDUES 7-16 OF THE A ALPHA CHAIN OF HUMAN FIBRINOGEN BOUND TO BOVINE THROMBIN AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

EPSILON-THROMBIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

FIBRINOGEN ALPHA/ALPHA-E CHAIN PRECURSOR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1bbr__assembly_4__model_1

1bbr__assembly_4__model_1 | I(q)

1bbr__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)