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1bbx

NON-SPECIFIC PROTEIN-DNA INTERACTIONS IN THE SSO7D-DNA COMPLEX, NMR, 1 STRUCTURE

Method: SOLUTION NMR Dmax: 60.1 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-BINDING PROTEIN 7D

Sulfolobus solfataricus

UniProt P39476

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 同源多聚体 蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物数一致 链 C； UniProt 1–63 链 D； UniProt 1–63 未记录 ;DNA (5'-D(*CP*TP*AP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*TP*AP*G)-3') ; × 2 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 5；323 K；离子强度（mmCIF原始值）60 mM；压力 1 NMR样品组成：H2O:D2O 9:1 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1BBX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1C8C CRYSTAL STRUCTURES OF THE CHROMOSOMAL PROTEINS SSO7D/SAC7D BOUND TO DNA CONTAINING T-G MISMATCHED BASE PAIRS 提交 2000-05-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–64（64 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 1.3MM SSO7D, 1.3MM DUPLEX DNA, 2.5 MM TRIS (PH 6.5), 2.5% PEG 400, EQUILIBRATED AGAINST 15% PEG 400 at pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 1.45 Å R-free 0.287
1JIC SOLUTION NMR STRUCTURE OF RECOMBINANT SSO7D WITH RNASE ACTIVITY, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1998-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–62（62 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4.5；300 K
NMR样品组成 H2O
分辨率未提供
5B02 Structure of the prenyltransferase MoeN5 with a fusion protein tag of Sso7d 提交 2015-10-27 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350
分辨率 2.21 Å R-free 0.218
5B02 Structure of the prenyltransferase MoeN5 with a fusion protein tag of Sso7d 提交 2015-10-27 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350
分辨率 2.21 Å R-free 0.218
5B03 Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with geranyl pyrophosphate 提交 2015-10-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
未记录 GPP GERANYL DIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 5mM GPP, 0.3M Li3-citrate, 0.4M NaCl, 27% PEG 3350, 5% glycerol
分辨率 2.60 Å R-free 0.239
5B03 Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with geranyl pyrophosphate 提交 2015-10-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
未记录 GPP GERANYL DIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 5mM GPP, 0.3M Li3-citrate, 0.4M NaCl, 27% PEG 3350, 5% glycerol
分辨率 2.60 Å R-free 0.239
5B0I Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-octyl glucoside 提交 2015-10-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
未记录 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 5% Glycerol, 1% beta-octyl glucoside
分辨率 2.26 Å R-free 0.229
5B0I Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-octyl glucoside 提交 2015-10-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
未记录 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 5% Glycerol, 1% beta-octyl glucoside
分辨率 2.26 Å R-free 0.229
5B0J Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-undecyl maltoside 提交 2015-10-30 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% undecylmaltoside
分辨率 2.50 Å R-free 0.238
5B0J Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-undecyl maltoside 提交 2015-10-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
未记录 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% undecylmaltoside
分辨率 2.50 Å R-free 0.238
5B0K Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-decyl maltoside 提交 2015-10-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
未记录 DMU DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 5% glycerol, 1% beta-decyl-D-maltoside
分辨率 2.75 Å R-free 0.248
5B0K Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-decyl maltoside 提交 2015-10-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
未记录 DMU DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 5% glycerol, 1% beta-decyl-D-maltoside
分辨率 2.75 Å R-free 0.248
5B0L Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-nonyl glucoside 提交 2015-11-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
未记录 BNG nonyl beta-D-glucopyranoside × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% beta-nonyl-D-glucoside
分辨率 2.80 Å R-free 0.232
5B0L Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-nonyl glucoside 提交 2015-11-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
未记录 BNG nonyl beta-D-glucopyranoside × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% beta-nonyl-D-glucoside
分辨率 2.80 Å R-free 0.232
5B0L Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-nonyl glucoside 提交 2015-11-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 1–64（64 aa）
链 F 1–64（64 aa）
未记录 BNG nonyl beta-D-glucopyranoside × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% beta-nonyl-D-glucoside
分辨率 2.80 Å R-free 0.232
5B0L Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-nonyl glucoside 提交 2015-11-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 1–64（64 aa）
链 H 1–64（64 aa）
未记录 BNG nonyl beta-D-glucopyranoside × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% beta-nonyl-D-glucoside
分辨率 2.80 Å R-free 0.232
5B0M Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-dodecyl maltoside 提交 2015-11-02 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% beta-dodecyl-D-maltoside
分辨率 3.05 Å R-free 0.249
5B0M Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-dodecyl maltoside 提交 2015-11-02 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% beta-dodecyl-D-maltoside
分辨率 3.05 Å R-free 0.249
5B0M Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-dodecyl maltoside 提交 2015-11-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 1–64（64 aa）
链 F 1–64（64 aa）
未记录 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% beta-dodecyl-D-maltoside
分辨率 3.05 Å R-free 0.249
5B0M Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with beta-dodecyl maltoside 提交 2015-11-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 1–64（64 aa）
链 H 1–64（64 aa）
未记录 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% PEG 3350, 1% beta-dodecyl-D-maltoside
分辨率 3.05 Å R-free 0.249
5GWV Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with a substrate analogue 提交 2016-09-14 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；Protein: 10mg/mL in 10mM DTT, 1mM MgCl2 Reservoir: 0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% w/v PEG 3350 Cryoprotectant: 5mM substrate analogue in 0.3M Li3-citrate, 0.4M NaCl, 27% w/v PEG 3350, 5% glycerol
分辨率 2.40 Å R-free 0.216
5GWV Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with a substrate analogue 提交 2016-09-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
未记录 78S (2R)-3-dimethoxyphosphoryloxy-2-[(2Z,6E)-3,7,11-trimethyldodeca-2,6,10-trienoxy]propanoic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；Protein: 10mg/mL in 10mM DTT, 1mM MgCl2 Reservoir: 0.2M Li3-citrate, 0.3M NaCl, 25% w/v PEG 3350 Cryoprotectant: 5mM substrate analogue in 0.3M Li3-citrate, 0.4M NaCl, 27% w/v PEG 3350, 5% glycerol
分辨率 2.40 Å R-free 0.216
5GWW Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with a permethylated substrate analogue 提交 2016-09-14 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；protein: 10 mg/mL in 10 mM DTT, 1 mM MgCl2 reservoir: 0.2 M Li3 citrate, 0.3 M NaCl, 25% w/v PEG 3350 cryoprotectant: 5 mM permethylated analogue, 0.3 M Li3 citrate, 0.4 M NaCl, 27% w/v PEG 3350, 5% glycerol
分辨率 2.30 Å R-free 0.221
5GWW Structure of MoeN5-Sso7d fusion protein in complex with a permethylated substrate analogue 提交 2016-09-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
未记录 7B5 methyl (2R)-3-dimethoxyphosphoryloxy-2-[(2Z,6E)-3,7,11-trimethyldodeca-2,6,10-trienoxy]propanoate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；protein: 10 mg/mL in 10 mM DTT, 1 mM MgCl2 reservoir: 0.2 M Li3 citrate, 0.3 M NaCl, 25% w/v PEG 3350 cryoprotectant: 5 mM permethylated analogue, 0.3 M Li3 citrate, 0.4 M NaCl, 27% w/v PEG 3350, 5% glycerol
分辨率 2.30 Å R-free 0.221
6J8V Structure of MOEN5-SSO7D fusion protein in complex with ligand 2 提交 2019-01-21 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M LI3-CITRATE, 0.3M NACL, 25% W/V PEG 3350
分辨率 2.23 Å R-free 0.225
6J8V Structure of MOEN5-SSO7D fusion protein in complex with ligand 2 提交 2019-01-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
未记录 FAR FARNESYL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M LI3-CITRATE, 0.3M NACL, 25% W/V PEG 3350
分辨率 2.23 Å R-free 0.225
6J8W Structure of MOEN5-SSO7D fusion protein in complex with lig 1 提交 2019-01-21 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M LI3-CITRATE, 0.3M NACL, 25% W/V PEG 3350
分辨率 2.35 Å R-free 0.225
6J8W Structure of MOEN5-SSO7D fusion protein in complex with lig 1 提交 2019-01-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
未记录 C0X (2S)-3-dimethoxyphosphoryloxy-2-[(2E,6E)-3,7,11-trimethyldodeca-2,6,10-trienoxy]propanoic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；0.2M LI3-CITRATE, 0.3M NACL, 25% W/V PEG 3350
分辨率 2.35 Å R-free 0.225
6PUT Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with calcium 提交 2019-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å R-free 0.536
6PUT Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with calcium 提交 2019-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å R-free 0.536
6PUT Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with calcium 提交 2019-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å R-free 0.536
6PUW Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and Bictegravir (BIC) 提交 2019-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4 KLQ Bictegravir × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å R-free 0.534
6PUW Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and Bictegravir (BIC) 提交 2019-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 KLQ Bictegravir × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å R-free 0.534
6PUW Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and Bictegravir (BIC) 提交 2019-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 KLQ Bictegravir × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å R-free 0.534
6PUY Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ426 (compound 4d) 提交 2019-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4 OZ1 4-amino-N-[(2,4-difluorophenyl)methyl]-1-hydroxy-6-(6-hydroxyhexyl)-2-oxo-1,2-dihydro-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å R-free 0.516
6PUY Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ426 (compound 4d) 提交 2019-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 OZ1 4-amino-N-[(2,4-difluorophenyl)methyl]-1-hydroxy-6-(6-hydroxyhexyl)-2-oxo-1,2-dihydro-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å R-free 0.516
6PUY Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ426 (compound 4d) 提交 2019-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 OZ1 4-amino-N-[(2,4-difluorophenyl)methyl]-1-hydroxy-6-(6-hydroxyhexyl)-2-oxo-1,2-dihydro-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å R-free 0.516
6PUZ Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ446 (compound 4f) 提交 2019-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4 XXJ 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-[2-(phenylsulfonyl)ethyl]-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å R-free 0.535
6PUZ Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ446 (compound 4f) 提交 2019-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 XXJ 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-[2-(phenylsulfonyl)ethyl]-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å R-free 0.535
6PUZ Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ446 (compound 4f) 提交 2019-07-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 XXJ 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-[2-(phenylsulfonyl)ethyl]-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å R-free 0.535
6V3K Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ419 (compound 4c) 提交 2019-11-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 4 QUW 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-(5-oxidanylpentyl)-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å R-free 0.555
6V3K Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ419 (compound 4c) 提交 2019-11-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 QUW 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-(5-oxidanylpentyl)-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å R-free 0.555
6V3K Structure of HIV cleaved synaptic complex (CSC) intasome bound with magnesium and INSTI XZ419 (compound 4c) 提交 2019-11-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 QUW 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-(5-oxidanylpentyl)-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å R-free 0.555
6VOY Cryo-EM structure of HTLV-1 instasome 提交 2020-02-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–64（64 aa）
链 B 1–64（64 aa）
链 C 1–64（64 aa）
链 D 1–64（64 aa）
突变：W24A 突变：W24A 突变：W24A 突变：W24A ZN ZINC ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 3.70 Å

共 19 个其他 PDB 条目、44 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DN72_SULSO
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–63； UniProt 1–63 作者链 D； PDB构建体 1–63； UniProt 1–63

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1bbx

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1bbx
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1bbx
沉积日期 deposition_date1998-04-24
结构标题 titleNON-SPECIFIC PROTEIN-DNA INTERACTIONS IN THE SSO7D-DNA COMPLEX, NMR, 1 STRUCTURE
关键词 keywordsPROTEIN-DNA INTERACTION, NONSPECIFIC PROTEIN-DNA INTERACTION, COMPLEX (DNA-BINDING PROTEIN-DNA), DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.19 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.99 Å
零角强度 I(0) i011801300.00
分子量 molecular_weight21622.0 kDa
排除体积 excluded_volume25317 ų
包络体积 envelope_volume31541 ų
水化壳体积 shell_volume15075 ų
包络直径 envelope_diameter60.1 Å
壳层 Rg shell_rg23.44 Å
包络 Rg envelope_rg18.25 Å
形状 Rg shape_rg17.98 Å
总 Rg total_rg18.76 Å
总原子数 total_atoms2834
残基数 n_residues150
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax60.1 Å
Rg (实空间) rg_real18.17 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.35 Å
I(0) (实空间) i0_real1.1800e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4350e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal11800000.0000
解质量估计 total_estimate0.8927
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary20.3 Å
偏度 Skewness skewness0.310
峰度 Kurtosis kurtosis-0.367
角度范围 angular_range— – 0.4350 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1461000.0000
实空间数据点数 n_real_points75
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.875; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.985
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1bbxc_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.34.13 — Chromo domain-like
家族 Family familyb.34.13.1 — Histone-like proteins from archaea
结构域编号 domain_idd1bbxd_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.34.13 — Chromo domain-like
家族 Family familyb.34.13.1 — Histone-like proteins from archaea

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1bbxC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 —
结构域编号 domain_id1bbxD00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 —
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8. 引用文献 (3)

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9. 文件与曲线 (10)