SAXSdb — 1bgg

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BETA-GLUCOSIDASE A

Paenibacillus polymyxa

UniProt P22073

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–448 链 B； UniProt 1–448 链 C； UniProt 1–448 链 D； UniProt 1–448	未记录	GCO D-gluconic acid × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：co-crystallization；pH 8.3；COMPLEX WAS OBTAINED BY CO-CRYSTALLIZATION, 5 MICRO-L BGLA (14 MG/ML) / 5 MICRO-L 10MM LIGAND / 5 MICRO-L PP 1.3M, PH 8.3, co-crystallization	分辨率 2.30 Å R-free 0.250

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1BGG	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BGA BETA-GLUCOSIDASE A FROM BACILLUS POLYMYXA 提交 1997-04-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 2–448（447 aa）链 B 2–448（447 aa）链 C 2–448（447 aa）链 D 2–448（447 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.3；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 1.3 M NA/K PHOSPHATE, PH 8.3, 5 MICRO-L PROTEIN, 14 MG/ML, 5 MICRO-L RESERVOIR	分辨率 2.40 Å R-free 0.270
1E4I 2-deoxy-2-fluoro-beta-D-glucosyl/enzyme intermediate complex of the beta-glucosidase from Bacillus polymyxa 提交 2000-07-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 2–448（447 aa）	突变：YES	G2F 2-deoxy-2-fluoro-alpha-D-glucopyranose × 8 NFG 2,4-dinitrophenyl 2-deoxy-2-fluoro-beta-D-glucopyranoside × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；DROP: 10 MICROL PROTEIN (8 MG/ML)+ 5 MICROL PP(1M, PH=7)+5 MICROL INH (5MM) RESERVOIR: 1.3M PP, pH 7.00	分辨率 2.00 Å R-free 0.250
1TR1 CRYSTAL STRUCTURE OF E96K MUTATED BETA-GLUCOSIDASE A FROM BACILLUS POLYMYXA, AN ENZYME WITH INCREASED THERMORESISTANCE 提交 1998-03-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 2–448（447 aa）链 B 2–448（447 aa）链 C 2–448（447 aa）链 D 2–448（447 aa）	突变：E96K 突变：E96K 突变：E96K 突变：E96K	GOL GLYCEROL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.3；pH 8.3	分辨率 2.20 Å R-free 0.282
1UYQ mutated b-glucosidase A from Paenibacillus polymyxa showing increased stability 提交 2004-03-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 2–448（447 aa）	突变：YES	G2F 2-deoxy-2-fluoro-alpha-D-glucopyranose × 8 NFG 2,4-dinitrophenyl 2-deoxy-2-fluoro-beta-D-glucopyranoside × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；DROP: 1 MICROL PROTEIN (8 MG/ML)+ 1 MICROL PB(3M, PH=7)+1 MICROL INH (35MM) RESERVOIR: 1.3M PB, pH 7.00	分辨率 2.20 Å R-free 0.227
6QWI Structure of beta-glucosidase A from Paenibacillus polymyxa complexed with multivalent inhibitors. 提交 2019-03-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–448（448 aa）链 B 1–448（448 aa）	未记录	JJW (2~{S},3~{S},4~{R})-2-[[4-[4-(2-ethoxyethoxy)phenyl]-1,2,3-triazol-1-yl]methyl]pyrrolidine-3,4-diol × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；13% (v/v) PEG 3350, 0.2M sodium nitrate, 3% 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD) and 0.1 M BisTris propane, pH 7.5 and 0.56 mM 6-Cyclohexylhexyl beta-D-maltoside. Cryoprotectant mother liquor supplemented with 25% glycerol.	分辨率 2.85 Å R-free 0.231
6R4K Structure of beta-glucosidase A from Paenibacillus polymyxa complexed with a monovalent inhibitor 提交 2019-03-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–448（448 aa）链 B 1–448（448 aa）	未记录	JSK (2~{S},3~{S},4~{R})-2-[[4-[4-[2-[2-(2-azanylidenehydrazinyl)ethoxy]ethoxy]phenyl]-1,2,3-triazol-1-yl]methyl]pyrrolidine-3,4-diol × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；18% (v/v) PEG 3350, 0.2M sodium nitrate, 3% 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD), 0.1 M Bis-Tris propane, pH 7.5, and 5% n-Dodecyl beta-D-maltoside. Cryoprotectant mother liquor supplemented with 25% glycerol.	分辨率 2.13 Å R-free 0.241

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BGLA_PAEPO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–448； UniProt 1–448 作者链 B； PDB构建体 1–448； UniProt 1–448 作者链 C； PDB构建体 1–448； UniProt 1–448 作者链 D； PDB构建体 1–448； UniProt 1–448

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1bgg
沉积日期 deposition_date	1997-05-12
结构标题 title	GLUCOSIDASE A FROM BACILLUS POLYMYXA COMPLEXED WITH GLUCONATE
关键词 keywords	FAMILY 1 BETA-GLUCOSIDASE COMPLEX, GLYCOSYL-HYDROLASE COMPLEX; FAMILY 1 BETA-GLUCOSIDASE COMPLEX
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.64 Å
零角强度 I(0) i0	639230000.00
分子量 molecular_weight	206570.0 kDa
排除体积 excluded_volume	256580 Å³
包络体积 envelope_volume	319000 Å³
水化壳体积 shell_volume	60369 Å³
包络直径 envelope_diameter	140.6 Å
壳层 Rg shell_rg	49.53 Å
包络 Rg envelope_rg	41.87 Å
形状 Rg shape_rg	42.65 Å
总 Rg total_rg	42.91 Å
总原子数 total_atoms	14615
残基数 n_residues	1788
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	135.3 Å
Rg (实空间) rg_real	42.84 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.17 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.3920e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1840e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.98 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	639300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8843
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	65.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.108
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.655
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	240400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.912; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.757

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	BETA-GLUCOSIDASE A
分子量 formula_weight	51698.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.21
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	16109

MTIFQFPQDFMWGTATAAYQIEGAYQEDGRGLSIWDTFAHTPGKVFNGDNGNVACDSYHRYEEDIRLMKELGIRTYRFSVSWPRIFPNGDGEVNQEGLDYYHRVVDLLNDNGIEPFCTLYHWDLPQALQDAGGWGNRRTIQAFVQFAETMFREFHGKIQHWLTFNEPWCIAFLSNMLGVHAPGLTNLQTAIDVGHHLLVAHGLSVRRFRELGTSGQIGIAPNVSWAVPYSTSEEDKAACARTISLHSDWFLQPIYQGSYPQFLVDWFAEQGATVPIQDGDMDIIGEPIDMIGINYYSMSVNRFNPEAGFLQSEEINMGLPVTDIGWPVESRGLYEVLHYLQKYGNIDIYITENGACINDEVVNGKVQDDRRISYMQQHLVQVHRTIHDGLHVKGYMAWSLLDNFEWAEGYNMRFGMIHVDFRTQVRTPKESYYWYRNVVSNNWLETRR

来源 Source

来源生物 organism	Paenibacillus polymyxa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1406
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	D-gluconic acid
分子量 formula_weight	196.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1494

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1bgga_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.4 — Family 1 of glycosyl hydrolase

结构域编号 domain_id	d1bggb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.4 — Family 1 of glycosyl hydrolase

结构域编号 domain_id	d1bggc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.4 — Family 1 of glycosyl hydrolase

结构域编号 domain_id	d1bggd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.4 — Family 1 of glycosyl hydrolase

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1bggA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

结构域编号 domain_id	1bggB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

结构域编号 domain_id	1bggC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

结构域编号 domain_id	1bggD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

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8. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	205.850 Å
晶胞边长 b length_b	205.850 Å
晶胞边长 c length_c	155.500 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	P 42 21 2
空间群编号 int_tables_number	94
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.2000
R_work r_work	0.2000
R_free r_free	0.2500

fit	/app/data/saxs_computation/bg/1bgg/1bgg.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bg/1bgg/1bgg.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bg/1bgg/1bgg.dat

GLUCOSIDASE A FROM BACILLUS POLYMYXA COMPLEXED WITH GLUCONATE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BETA-GLUCOSIDASE A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction