1bkx

A BINARY COMPLEX OF THE CATALYTIC SUBUNIT OF CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE AND ADENOSINE FURTHER DEFINES CONFORMATIONAL FLEXIBILITY

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 66.9 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE

Mus musculus

UniProt P05132

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–350 片段:CATALYTIC SUBUNIT 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;277 K;THE RC.ADE BINARY COMPLEX CRYSTALS WERE GROWN AT 4 C BY THE HANGING-DROP VAPOR DIFFUSION METHOD. THE CRYSTALLIZATION DROPLET CONTAINED PROTEIN (0.5 MM), ADENOSINE (3 MM) AND 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL (MPD; 4%) IN 100 MM BICINE BUFFER AT PH 8.0. THE CRYSTALLIZATION WELL SOLUTION WAS MADE UP OF 15% MPD AND 100 MM AMMONIUM-SULFATE IN BICINE BUFFER (100 MM; PH 8.0). THE CRYSTALS GREW OVER THE COURSE OF 8-12 WEEKS TO A FINAL SIZE OF 0.2 X 0.3 X 0.5 MM3., vapor diffusion - hanging drop, temperature 277K 分辨率 2.60 Å R-free 0.340

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 84 个其他 PDB 条目、99 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KAPCA_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–350; UniProt 1–350

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1bkx

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1bkx
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1bkx
沉积日期 deposition_date1997-07-01
结构标题 titleA BINARY COMPLEX OF THE CATALYTIC SUBUNIT OF CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE AND ADENOSINE FURTHER DEFINES CONFORMATIONAL FLEXIBILITY
关键词 keywords;CONFORMATIONAL CHANGES, ELECTROSTATIC COMPLEMENTARITY, PHOSPHORYLATION, PROTEIN KINASE, TRANSFERASE, COMPLEX (PHOSPHOTRANSFERASE-ADENOSINE), PHOSPHOTRANSFERASE, COMPLEX (PHOSPHOTRANSFERASE-ADENOSINE) complex ;; COMPLEX (PHOSPHOTRANSFERASE/ADENOSINE)
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.58
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.26
零角强度 I(0) i025442600.00
分子量 molecular_weight39887.0 kDa
排除体积 excluded_volume50472 ų
包络体积 envelope_volume58442 ų
水化壳体积 shell_volume23553 ų
包络直径 envelope_diameter69.7
壳层 Rg shell_rg27.23
包络 Rg envelope_rg20.50
形状 Rg shape_rg20.21
总 Rg total_rg21.32
总原子数 total_atoms2820
残基数 n_residues337
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax66.9
Rg (实空间) rg_real21.44
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.36
I(0) (实空间) i0_real2.5440e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.0910e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.47
I(0) (倒空间) i0_reciprocal25440000.0000
解质量估计 total_estimate0.9032
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.6
偏度 Skewness skewness0.172
峰度 Kurtosis kurtosis-0.430
角度范围 angular_range— – 0.3700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6019000.0000
实空间数据点数 n_real_points69
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.917; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.995

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1bkxa_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1bkxA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
结构域编号 domain_id1bkxA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

8. 引用文献 (6)

9. 文件与曲线 (10)