1brs

PROTEIN-PROTEIN RECOGNITION: CRYSTAL STRUCTURAL ANALYSIS OF A BARNASE-BARSTAR COMPLEX AT 2.0-A RESOLUTION

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 95.9 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BARNASE

Bacillus amyloliquefaciens

UniProt P00648

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 48–157 未记录 BARSTAR × 1 (P11540) X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.00 Å
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 48–157 未记录 BARSTAR × 1 (P11540) X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.00 Å
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 48–157 未记录 BARSTAR × 1 (P11540) X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 51 个其他 PDB 条目、135 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RNBR_BACAM
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–110; UniProt 48–157 作者链 B; PDB构建体 1–110; UniProt 48–157 作者链 C; PDB构建体 1–110; UniProt 48–157

BARSTAR

Bacillus amyloliquefaciens

UniProt P11540

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–89 未记录 BARNASE × 1 (P00648) X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.00 Å
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–89 未记录 BARNASE × 1 (P00648) X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.00 Å
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 1–89 未记录 BARNASE × 1 (P00648) X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 20 个其他 PDB 条目、48 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BARS_BACAM
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–89; UniProt 1–89 作者链 E; PDB构建体 1–89; UniProt 1–89 作者链 F; PDB构建体 1–89; UniProt 1–89

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1brs

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1brs
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1brs
沉积日期 deposition_date1994-03-11
结构标题 titlePROTEIN-PROTEIN RECOGNITION: CRYSTAL STRUCTURAL ANALYSIS OF A BARNASE-BARSTAR COMPLEX AT 2.0-A RESOLUTION
关键词 keywordsENDONUCLEASE; ENDONUCLEASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.93
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.56
零角强度 I(0) i066387100.00
分子量 molecular_weight65396.0 kDa
排除体积 excluded_volume82210 ų
包络体积 envelope_volume103300 ų
水化壳体积 shell_volume29308 ų
包络直径 envelope_diameter101.3
壳层 Rg shell_rg36.13
包络 Rg envelope_rg30.31
形状 Rg shape_rg30.51
总 Rg total_rg31.25
总原子数 total_atoms4638
残基数 n_residues588
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax95.9
Rg (实空间) rg_real30.92
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.79
I(0) (实空间) i0_real6.6390e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0320e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.93
I(0) (倒空间) i0_reciprocal66390000.0000
解质量估计 total_estimate0.6882
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary94.0
偏度 Skewness skewness0.225
峰度 Kurtosis kurtosis-0.584
角度范围 angular_range— – 0.2550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha12410000.0000
实空间数据点数 n_real_points52
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.967; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.115; Positv: 1.000; Valcen: 0.961; Smooth: 0.736

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd1brsa_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.1 — Microbial ribonucleases
超家族 Superfamily superfamilyd.1.1 — Microbial ribonucleases
家族 Family familyd.1.1.2 — Bacterial ribonucleases
结构域编号 domain_idd1brsb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.1 — Microbial ribonucleases
超家族 Superfamily superfamilyd.1.1 — Microbial ribonucleases
家族 Family familyd.1.1.2 — Bacterial ribonucleases
结构域编号 domain_idd1brsc_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.1 — Microbial ribonucleases
超家族 Superfamily superfamilyd.1.1 — Microbial ribonucleases
家族 Family familyd.1.1.2 — Bacterial ribonucleases
结构域编号 domain_idd1brsd_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.9 — Barstar-like
超家族 Superfamily superfamilyc.9.1 — Barstar-related
家族 Family familyc.9.1.1 — Barstar-related
结构域编号 domain_idd1brse_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.9 — Barstar-like
超家族 Superfamily superfamilyc.9.1 — Barstar-related
家族 Family familyc.9.1.1 — Barstar-related
结构域编号 domain_idd1brsf_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.9 — Barstar-like
超家族 Superfamily superfamilyc.9.1 — Barstar-related
家族 Family familyc.9.1.1 — Barstar-related

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id1brsA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Microbial ribonucleases
结构域编号 domain_id1brsB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Microbial ribonucleases
结构域编号 domain_id1brsC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Microbial ribonucleases
结构域编号 domain_id1brsD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology370 — Barnase; Chain D
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Barstar-like
结构域编号 domain_id1brsE00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology370 — Barnase; Chain D
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Barstar-like
结构域编号 domain_id1brsF00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology370 — Barnase; Chain D
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Barstar-like

8. 引用文献 (5)

9. 文件与曲线 (10)