1btk

PH DOMAIN AND BTK MOTIF FROM BRUTON'S TYROSINE KINASE MUTANT R28C

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 81.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;BRUTON'S TYROSINE KINASE ;

Homo sapiens

UniProt Q06187

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–170 链 B; UniProt 2–170 片段:PH DOMAIN AND BTK MOTIF 突变:R28C ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 8.5;PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 32.5% PEG-3350, 200 MM MGCL2, 500 MM NACL, 100 MM TRIS-HCL, PH 8.5 分辨率 1.60 Å R-free 0.282

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 158 个其他 PDB 条目、227 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BTK_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–169; UniProt 2–170 作者链 B; PDB构建体 1–169; UniProt 2–170

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1btk

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1btk
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1btk
沉积日期 deposition_date1997-07-01
结构标题 titlePH DOMAIN AND BTK MOTIF FROM BRUTON'S TYROSINE KINASE MUTANT R28C
关键词 keywordsTRANSFERASE, PH DOMAIN, BTK MOTIF, ZINC BINDING, X-LINKED AGAMMAGLOBULINEMIA, TYROSINE-PROTEIN KINASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.36
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.22
零角强度 I(0) i024022300.00
分子量 molecular_weight38086.0 kDa
排除体积 excluded_volume48008 ų
包络体积 envelope_volume59510 ų
水化壳体积 shell_volume21837 ų
包络直径 envelope_diameter83.2
壳层 Rg shell_rg29.87
包络 Rg envelope_rg24.42
形状 Rg shape_rg24.12
总 Rg total_rg25.29
总原子数 total_atoms2676
残基数 n_residues329
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax81.1
Rg (实空间) rg_real25.54
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.56
I(0) (实空间) i0_real2.4020e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.3600e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.48
I(0) (倒空间) i0_reciprocal24020000.0000
解质量估计 total_estimate0.8611
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.4
偏度 Skewness skewness0.518
峰度 Kurtosis kurtosis-0.394
角度范围 angular_range— – 0.3150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5168000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.819; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.851; Smooth: 0.883

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1btka_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.55.1 — PH domain-like
家族 Family familyb.55.1.1 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)
结构域编号 domain_idd1btkb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.55.1 — PH domain-like
家族 Family familyb.55.1.1 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1btkA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)
结构域编号 domain_id1btkB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)