SAXSdb — 1c3f

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ENDO-BETA-N-ACETYLGLUCOSAMINIDASE H

Streptomyces plicatus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 48–312	突变：D130N	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；17% PEG8000, 200 MM ZINC ACETATE 100 MM CACODYLATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.K	分辨率 2.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1C3F	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1C8X Endo-Beta-N-Acetylglucosaminidase H, D130E Mutant 提交 1999-07-30	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 48–312（265 aa）	突变：D130E	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；293 K；30% PEG1000, 100 MM CACODYLATE, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.K	分辨率 2.00 Å
1C8Y Endo-Beta-N-Acetylglucosaminidase H, D130A Mutant 提交 1999-07-30	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 48–312（265 aa）	突变：D130A	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；25% PEG1000, 100 MM ZN(AC)2, 100 MM CACODYLATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å
1C90 Endo-Beta-N-Acetylglucosaminidase H, E132Q Mutant 提交 1999-07-30	突变/修饰不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 48–312（265 aa）	突变：E132Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；19% PEG1000, 100 MM ZN(AC)2 100 MM CACODYLATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å
1C90 Endo-Beta-N-Acetylglucosaminidase H, E132Q Mutant 提交 1999-07-30	突变/修饰不同实验环境不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 48–312（265 aa）	突变：E132Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；19% PEG1000, 100 MM ZN(AC)2 100 MM CACODYLATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å
1C91 Endo-Beta-N-Acetylglucosaminidase H, E132D 提交 1999-07-30	突变/修饰不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 48–312（265 aa）	突变：E132D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；15% PEG1000, 100 MM ZN(AC)2 100 MM CACODYLATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å
1C92 Endo-Beta-N-Acetylglucosaminidase H, E132A Mutant 提交 1999-07-30	突变/修饰不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 48–312（265 aa）	突变：E132A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；24% PEG1500, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å
1C93 Endo-Beta-N-Acetylglucosaminidase H, D130N/E132Q Double Mutant 提交 1999-07-30	突变/修饰不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 48–312（265 aa）	突变：D130N AND E132Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；34% PEG1500, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å
1EDT CRYSTAL STRUCTURE OF ENDO-BETA-N-ACETYLGLUCOSAMINIDASE H AT 1.9 ANGSTROMS RESOLUTION: ACTIVE SITE GEOMETRY AND SUBSTRATE RECOGNITION 提交 1995-03-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 43–313（271 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
30ID Recombinant Streptomyces plicatus EndoH 提交 2026-04-28	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 48–312（265 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.2M Magnesium chloride, 0.1 M TRIS pH 8.5, 25% (w/v) PEG 3350 (Index H1)	分辨率 1.99 Å R-free 0.261
30ID Recombinant Streptomyces plicatus EndoH 提交 2026-04-28	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 48–312（265 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.2M Magnesium chloride, 0.1 M TRIS pH 8.5, 25% (w/v) PEG 3350 (Index H1)	分辨率 1.99 Å R-free 0.261
30ID Recombinant Streptomyces plicatus EndoH 提交 2026-04-28	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 48–312（265 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.2M Magnesium chloride, 0.1 M TRIS pH 8.5, 25% (w/v) PEG 3350 (Index H1)	分辨率 1.99 Å R-free 0.261
30ID Recombinant Streptomyces plicatus EndoH 提交 2026-04-28	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 48–312（265 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.2M Magnesium chloride, 0.1 M TRIS pH 8.5, 25% (w/v) PEG 3350 (Index H1)	分辨率 1.99 Å R-free 0.261
6VE1 Crystal structure of endo-beta-N-acetylglucosaminidase H at high pH 提交 2019-12-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 47–313（267 aa）片段：UNP residues 47-313 链 D 47–313（267 aa）片段：UNP residues 47-313	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 9；295 K；PEG20000, magnesium nitrate, TAPS, pH 9.0	分辨率 2.10 Å R-free 0.258
6VE1 Crystal structure of endo-beta-N-acetylglucosaminidase H at high pH 提交 2019-12-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 47–313（267 aa）片段：UNP residues 47-313 链 C 47–313（267 aa）片段：UNP residues 47-313	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 9；295 K；PEG20000, magnesium nitrate, TAPS, pH 9.0	分辨率 2.10 Å R-free 0.258

共 9 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EBAG_STRPL
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–265； UniProt 48–312

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1c3f
沉积日期 deposition_date	1999-07-27
结构标题 title	Endo-Beta-N-Acetylglucosaminidase H, D130N Mutant
关键词 keywords	(BETA-ALPHA)8-BARREL, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.88 Å
零角强度 I(0) i0	14868600.00
分子量 molecular_weight	28496.0 kDa
排除体积 excluded_volume	35382 Å³
包络体积 envelope_volume	38906 Å³
水化壳体积 shell_volume	18244 Å³
包络直径 envelope_diameter	63.5 Å
壳层 Rg shell_rg	24.08 Å
包络 Rg envelope_rg	18.06 Å
形状 Rg shape_rg	17.85 Å
总 Rg total_rg	18.82 Å
总原子数 total_atoms	2016
残基数 n_residues	265
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	63.8 Å
Rg (实空间) rg_real	19.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4870e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9050e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	14870000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6611
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.198
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.413
角度范围 angular_range	— – 0.4100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3005000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.842; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.356; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1c3fa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.5 — Type II chitinase

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1c3fA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	84.000 Å
晶胞边长 b length_b	84.000 Å
晶胞边长 c length_c	88.200 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	0.2090
R_work r_work	0.2090
R_free r_free	—

描述 description	ENDO-BETA-N-ACETYLGLUCOSAMINIDASE H
分子量 formula_weight	28524.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.96
突变 mutation	D130N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2270

Endo-Beta-N-Acetylglucosaminidase H, D130N Mutant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ENDO-BETA-N-ACETYLGLUCOSAMINIDASE H

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Streptomyces plicatus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1922
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	254

fit	/app/data/saxs_computation/c3/1c3f/1c3f.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c3/1c3f/1c3f.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c3/1c3f/1c3f.dat