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1czd

CRYSTAL STRUCTURE OF THE PROCESSIVITY CLAMP GP45 FROM BACTERIOPHAGE T4

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 97.2 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA POLYMERASE ACCESSORY PROTEIN G45

Enterobacteria phage T4

UniProt P04525

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–228 链 B； UniProt 1–228 链 C； UniProt 1–228 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；277 K；60 mM PIPES 200 mM CASO4 0.1 % 1,4 Dioxane 15% Glycerol 15% PEG MME 5000, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 2.45 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1CZD Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3U5Z Structure of T4 Bacteriophage clamp loader bound to the T4 clamp, primer-template DNA, and ATP analog 提交 2011-10-11 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 F 1–228（228 aa）
链 G 1–228（228 aa）
链 H 1–228（228 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 3 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；9% PEG4k, 0.1M MES pH 6.5, 50mM NaCl, 25mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 3.50 Å R-free 0.279
3U5Z Structure of T4 Bacteriophage clamp loader bound to the T4 clamp, primer-template DNA, and ATP analog 提交 2011-10-11 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 P 1–228（228 aa）
链 Q 1–228（228 aa）
链 R 1–228（228 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 3 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；9% PEG4k, 0.1M MES pH 6.5, 50mM NaCl, 25mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 3.50 Å R-free 0.279
3U60 Structure of T4 Bacteriophage Clamp Loader Bound To Open Clamp, DNA and ATP Analog 提交 2011-10-11 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 F 1–228（228 aa）
链 G 1–228（228 aa）
链 H 1–228（228 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 3 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；295 K；20% PEG4k, 0.1M Tris pH7.5, 10mM MgCl2, 20mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K
分辨率 3.34 Å R-free 0.282
3U61 Structure of T4 Bacteriophage Clamp Loader Bound To Closed Clamp, DNA and ATP Analog and ADP 提交 2011-10-11 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 F 1–228（228 aa）
链 G 1–228（228 aa）
链 H 1–228（228 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；10% PEG4k, 0.1M MES pH 6.5, 20mM NaCl, 10mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.20 Å R-free 0.305
6DRT Crystal structure of the processivity clamp GP45 complexed with recognition peptide of ligase from bacteriophage T4 提交 2018-06-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–228（228 aa）
链 B 1–228（228 aa）
链 C 1–228（228 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；PEG3350
分辨率 2.12 Å R-free 0.240
7D7D CryoEM structure of gp45-dependent transcription activation complex 提交 2020-10-03 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 G 1–228（228 aa）
链 H 1–228（228 aa）
链 I 1–228（228 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
8UH7 Structure of T4 Bacteriophage clamp loader bound to the T4 clamp, primer-template DNA, and ATP analog 提交 2023-10-07 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 F 1–228（228 aa）
链 G 1–228（228 aa）
链 H 1–228（228 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 3 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；295 K；20% PEG4k, 0.1M Tris pH7.5, 10mM MgCl2, 20mM NaCl
分辨率 2.63 Å R-free 0.244
8UK9 Structure of T4 Bacteriophage clamp loader mutant D110C bound to the T4 clamp, primer-template DNA, and ATP analog 提交 2023-10-12 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 F 1–228（228 aa）
链 G 1–228（228 aa）
链 H 1–228（228 aa）
未记录 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.5；298 K；0.1M MES pH 6.5, 9% PEG MME 5000, 6% 1-Propanol
分辨率 3.10 Å R-free 0.265
8UK9 Structure of T4 Bacteriophage clamp loader mutant D110C bound to the T4 clamp, primer-template DNA, and ATP analog 提交 2023-10-12 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 R 1–228（228 aa）
链 S 1–228（228 aa）
链 T 1–228（228 aa）
未记录 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.5；298 K；0.1M MES pH 6.5, 9% PEG MME 5000, 6% 1-Propanol
分辨率 3.10 Å R-free 0.265
8UNF Cryo-EM structure of T4 Bacteriophage Clamp Loader with Sliding Clamp and DNA 提交 2023-10-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 F 1–228（228 aa）
链 G 1–228（228 aa）
链 H 1–228（228 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 4 08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.15 Å
8UNH Cryo-EM structure of T4 Bacteriophage Clamp Loader with Sliding Clamp 提交 2023-10-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 F 1–228（228 aa）
链 G 1–228（228 aa）
链 H 1–228（228 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.21 Å
9E5Y T4 Bacteriophage Replicative Polymerase Captured in Polymerase Exchange State 1 提交 2024-10-28 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric
链 B 1–228（228 aa）
链 D 1–228（228 aa）
链 E 1–228（228 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.57 Å
9EA2 T4 Bacteriophage Replicative Polymerase Captured in Polymerase Exchange State 2 提交 2024-11-10 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric
链 B 1–228（228 aa）
链 D 1–228（228 aa）
链 E 1–228（228 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
9EA3 T4 bacteriophage replicative holoenzyme containing triple mutations D75R, Q430E, and K432E in the exonuclease-deficient polymerase 提交 2024-11-10 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 B 1–228（228 aa）
链 D 1–228（228 aa）
链 E 1–228（228 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.99 Å
9EA6 T4 Bacteriophage Replicative Polymerase Captured in Polymerase Exchange State 3 提交 2024-11-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric
链 B 1–228（228 aa）
链 D 1–228（228 aa）
链 E 1–228（228 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.74 Å

共 13 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DPA5_BPT4
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–228； UniProt 1–228 作者链 B； PDB构建体 1–228； UniProt 1–228 作者链 C； PDB构建体 1–228； UniProt 1–228

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1czd

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1czd
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1czd
沉积日期 deposition_date1999-09-02
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF THE PROCESSIVITY CLAMP GP45 FROM BACTERIOPHAGE T4
关键词 keywordsBACTERIOPHAGE T4, PROCESSIVITY CLAMP, DNA REPLICATION, RING-SHAPED PROTEIN, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier34.09 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.16 Å
零角强度 I(0) i084808800.00
分子量 molecular_weight74554.0 kDa
排除体积 excluded_volume94005 ų
包络体积 envelope_volume134350 ų
水化壳体积 shell_volume33244 ų
包络直径 envelope_diameter99.9 Å
壳层 Rg shell_rg41.07 Å
包络 Rg envelope_rg31.55 Å
形状 Rg shape_rg33.19 Å
总 Rg total_rg33.77 Å
总原子数 total_atoms5250
残基数 n_residues684
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax97.2 Å
Rg (实空间) rg_real33.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real8.4810e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2450e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal34.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal84820000.0000
解质量估计 total_estimate0.8610
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary52.8 Å
偏度 Skewness skewness-0.032
峰度 Kurtosis kurtosis-0.876
角度范围 angular_range— – 0.2300 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha48320000.0000
实空间数据点数 n_real_points47
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.942; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 0.387
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd1czda1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.131 — DNA clamp
超家族 Superfamily superfamilyd.131.1 — DNA clamp
家族 Family familyd.131.1.2 — DNA polymerase processivity factor
结构域编号 domain_idd1czda2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.131 — DNA clamp
超家族 Superfamily superfamilyd.131.1 — DNA clamp
家族 Family familyd.131.1.2 — DNA polymerase processivity factor
结构域编号 domain_idd1czdb1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.131 — DNA clamp
超家族 Superfamily superfamilyd.131.1 — DNA clamp
家族 Family familyd.131.1.2 — DNA polymerase processivity factor
结构域编号 domain_idd1czdb2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.131 — DNA clamp
超家族 Superfamily superfamilyd.131.1 — DNA clamp
家族 Family familyd.131.1.2 — DNA polymerase processivity factor
结构域编号 domain_idd1czdc1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.131 — DNA clamp
超家族 Superfamily superfamilyd.131.1 — DNA clamp
家族 Family familyd.131.1.2 — DNA polymerase processivity factor
结构域编号 domain_idd1czdc2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.131 — DNA clamp
超家族 Superfamily superfamilyd.131.1 — DNA clamp
家族 Family familyd.131.1.2 — DNA polymerase processivity factor

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id1czdA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture70 — Box
拓扑 Topology topology10 — Proliferating Cell Nuclear Antigen
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id1czdB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture70 — Box
拓扑 Topology topology10 — Proliferating Cell Nuclear Antigen
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id1czdC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture70 — Box
拓扑 Topology topology10 — Proliferating Cell Nuclear Antigen
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)