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1d2q

CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN TRAIL

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 88.6 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TNF-RELATED APOPTOSIS INDUCING LIGAND

Homo sapiens

UniProt P50591

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 114–281 片段：EXTRA CELLULAR DOMAIN 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；pH 9；295 K；PEG 550 MME, bicine pH 9.0, cadmium chloride, EVAPORATION, temperature 22K 分辨率 2.80 Å R-free 0.282
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 114–281 片段：EXTRA CELLULAR DOMAIN 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；pH 9；295 K；PEG 550 MME, bicine pH 9.0, cadmium chloride, EVAPORATION, temperature 22K 分辨率 2.80 Å R-free 0.282
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 114–281 片段：EXTRA CELLULAR DOMAIN 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；pH 9；295 K；PEG 550 MME, bicine pH 9.0, cadmium chloride, EVAPORATION, temperature 22K 分辨率 2.80 Å R-free 0.282

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1D2Q Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1D0G CRYSTAL STRUCTURE OF DEATH RECEPTOR 5 (DR5) BOUND TO APO2L/TRAIL 提交 1999-09-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 114–281（168 aa） 片段：RESIDUES 114-281
链 B 114–281（168 aa） 片段：RESIDUES 114-281
链 D 114–281（168 aa） 片段：RESIDUES 114-281
未记录 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；15% Peg8K, 10% ethylene glycol, 0.2M ammonium sulface, 0.1M Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 19K
分辨率 2.40 Å R-free 0.267
1D4V Crystal structure of trail-DR5 complex 提交 1999-10-06 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 119–281（163 aa） 片段：SINGLE SUBUNIT
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；25% ETHYLENE GLYCOL, 0.1% N-OCTYL-BETA-GLUCOSIDE, pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 20K
分辨率 2.20 Å R-free 0.270
1DG6 CRYSTAL STRUCTURE OF APO2L/TRAIL 提交 1999-11-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 91–281（191 aa） 片段：TRIMERIC JELLY-ROLL DOMAIN OF APO2L
突变：D218A ZN ZINC ION × 3 CL CHLORIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；WELL SOLUTION 32% MPD; DROP 1.2MG/ML APO2L, 20MM TRIS HCL PH 7.5, 1% MPD, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.30 Å R-free 0.197
1DU3 Crystal structure of TRAIL-SDR5 提交 2000-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 D 114–281（168 aa）
链 E 114–281（168 aa）
链 F 114–281（168 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 4.6；295 K；PEG 1000, Sodium Acetate, Sodium Chloride, pH 4.6, EVAPORATION, temperature 22K
分辨率 2.20 Å R-free 0.291
1DU3 Crystal structure of TRAIL-SDR5 提交 2000-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 J 114–281（168 aa）
链 K 114–281（168 aa）
链 L 114–281（168 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 4.6；295 K；PEG 1000, Sodium Acetate, Sodium Chloride, pH 4.6, EVAPORATION, temperature 22K
分辨率 2.20 Å R-free 0.291
4N90 Crystal structure of ternary complex of TRAIL, DR5, and Fab fragment from a DR5 agonist antibody 提交 2013-10-18 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 114–281（168 aa） 片段：UNP residues 114-281
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；100 mM Tris pH 8.0, 1.0 M LiCl, 0.2 M MnCl2, 10% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.30 Å R-free 0.286
4N90 Crystal structure of ternary complex of TRAIL, DR5, and Fab fragment from a DR5 agonist antibody 提交 2013-10-18 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 114–281（168 aa） 片段：UNP residues 114-281
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；100 mM Tris pH 8.0, 1.0 M LiCl, 0.2 M MnCl2, 10% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.30 Å R-free 0.286
4N90 Crystal structure of ternary complex of TRAIL, DR5, and Fab fragment from a DR5 agonist antibody 提交 2013-10-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 114–281（168 aa） 片段：UNP residues 114-281
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；100 mM Tris pH 8.0, 1.0 M LiCl, 0.2 M MnCl2, 10% PEG6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.30 Å R-free 0.286
5CIR Crystal structure of death receptor 4 (DR4; TNFFRSF10A) bound to TRAIL (TNFSF10) 提交 2015-07-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 114–281（168 aa） 片段：Residues 114-281
链 B 114–281（168 aa） 片段：Residues 114-281
链 D 114–281（168 aa） 片段：Residues 114-281
未记录 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；100 mM MMT (1:2:2 ratio of DL-malic acid, MES, Tris base), pH 5.0, 22.2%(W/V) PEG 2000MME
分辨率 3.00 Å R-free 0.216

共 6 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TNF10_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–168； UniProt 114–281 作者链 B； PDB构建体 1–168； UniProt 114–281

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1d2q

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1d2q
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1d2q
沉积日期 deposition_date1999-09-27
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN TRAIL
关键词 keywordsTRAIL, CYTOKINE; CYTOKINE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.07 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.18 Å
零角强度 I(0) i016075200.00
分子量 molecular_weight30605.0 kDa
排除体积 excluded_volume38298 ų
包络体积 envelope_volume49311 ų
水化壳体积 shell_volume17356 ų
包络直径 envelope_diameter89.7 Å
壳层 Rg shell_rg30.50 Å
包络 Rg envelope_rg26.01 Å
形状 Rg shape_rg26.19 Å
总 Rg total_rg26.70 Å
总原子数 total_atoms2674
残基数 n_residues268
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax88.6 Å
Rg (实空间) rg_real26.38 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.92 Å
I(0) (实空间) i0_real1.6080e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.5040e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.29 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal16070000.0000
解质量估计 total_estimate0.7899
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary20.3 Å
偏度 Skewness skewness0.518
峰度 Kurtosis kurtosis-0.521
角度范围 angular_range— – 0.3050 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3402000.0000
实空间数据点数 n_real_points62
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.630; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.460; Smooth: 0.926
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1d2qa_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.22 — TNF-like
超家族 Superfamily superfamilyb.22.1 — TNF-like
家族 Family familyb.22.1.1 — TNF-like
结构域编号 domain_idd1d2qb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.22 — TNF-like
超家族 Superfamily superfamilyb.22.1 — TNF-like
家族 Family familyb.22.1.1 — TNF-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1d2qA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 —
结构域编号 domain_id1d2qB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)