PROTEIN (2,2-DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE (PYRUVATE))
Burkholderia cepacia
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 | 链 A; UniProt 1–433 | 未记录 | NA SODIUM ION × 4 K POTASSIUM ION × 4 LCS [5-hydroxy-6-methyl-4-({[(4E)-3-oxo-1,2-oxazolidin-4-ylidene]amino}methyl)pyridin-3-yl]methyl dihydrogen phosphate × 4 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;297 K;pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K | 分辨率 1.95 Å |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 1D7U | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1D7R CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF 2,2-DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE WITH 5PA 提交 1999-10-19 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 A
1–433(433 aa)
|
未记录 | NA SODIUM ION × 4 K POTASSIUM ION × 4 5PA N-[3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-Y-LMETHYL]-1-AMINO-CYCLOPROPANECARBOXYLIC ACID × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;298 K;15% PEG 4000, 0.15 M SODIUM PYRUVATE, 0.03 M MES-KOH, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.00 Å |
| 1D7S CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF 2,2-DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE WITH DCS 提交 1999-10-19 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 A
1–433(433 aa)
|
未记录 | NA SODIUM ION × 4 K POTASSIUM ION × 4 DCS D-[3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YLMETHYL]-N,O-CYCLOSERYLAMIDE × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;298 K;15% PEG 4000, 0.15 M SODIUM PYRUVATE, 0.03 M MES-KOH , pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
|
分辨率 2.05 Å |
| 1D7V CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF 2,2-DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE WITH NMA 提交 1999-10-19 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 A
1–433(433 aa)
|
未记录 | NA SODIUM ION × 4 K POTASSIUM ION × 4 NMA N-[3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YLMETHYL]-2-METHYLALANINE × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.80 Å |
| 1DGD AN ALKALI METAL ION SIZE-DEPENDENT SWITCH IN THE ACTIVE SITE STRUCTURE OF DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE 提交 1994-06-29 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 A
1–432(432 aa)
|
未记录 | NA SODIUM ION × 4 LI LITHIUM ION × 4 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 4 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 4 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.80 Å |
| 1DGE AN ALKALI METAL ION SIZE-DEPENDENT SWITCH IN THE ACTIVE SITE STRUCTURE OF DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE 提交 1994-06-29 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 A
1–432(432 aa)
|
未记录 | RB RUBIDIUM ION × 8 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 4 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 4 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.80 Å |
| 1DGE AN ALKALI METAL ION SIZE-DEPENDENT SWITCH IN THE ACTIVE SITE STRUCTURE OF DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE 提交 1994-06-29 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
1–432(432 aa)
|
未记录 | RB RUBIDIUM ION × 4 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.80 Å |
| 1DKA DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE STRUCTURE: BIFUNCTIONAL ACTIVE SITE AND ALKALI METAL BINDING SITES 提交 1993-06-18 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 A
1–432(432 aa)
|
未记录 | NA SODIUM ION × 4 K POTASSIUM ION × 4 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 4 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 4 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.60 Å |
| 1M0N Structure of Dialkylglycine Decarboxylase Complexed with 1-Aminocyclopentanephosphonate 提交 2002-06-13 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 A
1–433(433 aa)
|
未记录 | K POTASSIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 4 HCP 1-[((1E)-{3-HYDROXY-2-METHYL-5-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]PYRIDIN-4-YL}METHYLENE)AMINO]CYCLOPENTYLPHOSPHONIC ACID × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.4;15% PEG 4000, 0.2-0.4 M SODIUM PYRUVATE, 0.015 M MES-KOH (PH 6.4)
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.239 |
| 1M0O Structure of Dialkylglycine Decarboxylase Complexed with 1-Amino-1-methylpropanephosphonate 提交 2002-06-13 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 A
1–433(433 aa)
|
未记录 | K POTASSIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 4 MPM (1R)-1-[((1E)-{3-HYDROXY-2-METHYL-5-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]PYRIDIN-4-YL}METHYLENE)AMINO]-1-METHYLPROPYLPHOSPHONIC ACID × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.4;15% PEG 4000, 0.20 - 0.40 M SODIUM PYRUVATE, 0.015 M MES-KOH (pH 6.4)
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.201 |
| 1M0P Structure of Dialkylglycine Decarboxylase Complexed with 1-Amino-1-phenylethanephosphonate 提交 2002-06-13 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 A
1–433(433 aa)
|
未记录 | K POTASSIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 4 ELP (1R)-1-[((1E)-{3-HYDROXY-2-METHYL-5-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]PYRIDIN-4-YL}METHYLENE)AMINO]-1-PHENYLETHYLPHOSPHONIC ACID × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.4;15% PEG 4000, 0.20 - 0.40 M SODIUM PYRUVATE, 0.015 M MES-KOH (pH 6.4)
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.230 |
| 1M0Q Structure of Dialkylglycine Decarboxylase Complexed with S-1-aminoethanephosphonate 提交 2002-06-13 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 A
1–433(433 aa)
|
未记录 | K POTASSIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 4 EPC (1S)-1-[((1E)-{3-HYDROXY-2-METHYL-5-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]PYRIDIN-4-YL}METHYLENE)AMINO]ETHYLPHOSPHONIC ACID × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.4;15% PEG 4000, 0.20 - 0.40 M SODIUM PYRUVATE, 0.015 M MES-KOH (pH 6.4)
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.240 |
| 1Z3Z The crystal structure of a DGD mutant: Q52A 提交 2005-03-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
2–432(431 aa)
|
突变:Q52A | NA SODIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;298 K;PEG4K, MES, PLP, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.266 |
| 1ZC9 The crystal structure of dialkylglycine decarboxylase complex with pyridoxamine 5-phosphate 提交 2005-04-11 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
1–432(432 aa)
|
未记录 | K POTASSIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PMP 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.4;298 K;MES, PEG4000, PLP, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.237 |
| 1ZOB Crystal structure of dialkylglycine decarboxylases bound with calcium ion 提交 2005-05-12 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
1–432(432 aa)
|
未记录 | NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;298 K;PEG4K, MES, PLP, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.277 |
| 1ZOB Crystal structure of dialkylglycine decarboxylases bound with calcium ion 提交 2005-05-12 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 A
1–432(432 aa)
|
未记录 | NA SODIUM ION × 4 CA CALCIUM ION × 4 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 4 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;298 K;PEG4K, MES, PLP, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.277 |
| 1ZOD Crystal structure of dialkylglycine decarboxylase bound with cesium ion 提交 2005-05-12 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
1–432(432 aa)
|
未记录 | CS CESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.4;298 K;PEG4K, MES, PLP, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.226 |
| 1ZOD Crystal structure of dialkylglycine decarboxylase bound with cesium ion 提交 2005-05-12 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 A
1–432(432 aa)
|
未记录 | CS CESIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 4 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 4 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.4;298 K;PEG4K, MES, PLP, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.226 |
| 2DKB DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE STRUCTURE: BIFUNCTIONAL ACTIVE SITE AND ALKALI METAL BINDING SITES 提交 1994-07-12 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
1–432(432 aa)
|
未记录 | NA SODIUM ION × 4 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.10 Å |
| 2DKB DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE STRUCTURE: BIFUNCTIONAL ACTIVE SITE AND ALKALI METAL BINDING SITES 提交 1994-07-12 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 A
1–432(432 aa)
|
未记录 | NA SODIUM ION × 8 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 4 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 4 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.10 Å |
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| UniProt名称 | DGDA_BURCE |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A; PDB构建体 1–433; UniProt 1–433 |