SAXSdb — 1dkd

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GROEL

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	12-MER PEPTIDE × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	12-MER PEPTIDE × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	12-MER PEPTIDE × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	12-MER PEPTIDE × 1 water × 1	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	12-MER PEPTIDE × 2 water × 2	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	12-MER PEPTIDE × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CH60_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–146； UniProt 191–336 作者链 B； PDB构建体 1–146； UniProt 191–336 作者链 C； PDB构建体 1–146； UniProt 191–336 作者链 D； PDB构建体 1–146； UniProt 191–336

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1dkd
沉积日期 deposition_date	1999-12-07
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF A GROEL (APICAL DOMAIN) AND A DODECAMERIC PEPTIDE COMPLEX
关键词 keywords	;MOLECULAR CHAPERON, HSP60, PROTEIN FOLDING, PEPTIDE SELECTION, PHAGE DISPLAY, PEPTIDE BINDING GROOVE FORMED BY PAIRED HELICES SUBSTRATE PEPTIDE IN BETA-SHEET, CHAPERONE ;; CHAPERONE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1dkd__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1dkd__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1dkd__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	16.14 Å
Rg（电子密度）	14.59 Å
总 Rg	15.80 Å
原子数	1179
残基数	157
排除体积	21373 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1dkd__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1dkd__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1dkd__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1dkd__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`1dkd__assembly_5__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`1dkd__assembly_6__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	GROEL
分子量 formula_weight	15729.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	4818

EGMQFDRGYLSPYFINKPETGAVELESPFILLADKKISNIREMLPVLEAVAKAGKPLLIIAEDVEGEALATLVVNTMRGIVKVAAVKAPGFGDRRKAMLQDIATLTGGTVISEEIGMELEKATLEDLGQAKRVVINKDTTTIIDGV

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	12-MER PEPTIDE
分子量 formula_weight	1460.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

SWMTTPWGFLHP

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	96

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1dkda_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.8 — The 'swivelling' beta/beta/alpha domain
超家族 Superfamily superfamily	c.8.5 — GroEL apical domain-like
家族 Family family	c.8.5.1 — GroEL-like chaperone, apical domain

结构域编号 domain_id	d1dkdb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.8 — The 'swivelling' beta/beta/alpha domain
超家族 Superfamily superfamily	c.8.5 — GroEL apical domain-like
家族 Family family	c.8.5.1 — GroEL-like chaperone, apical domain

结构域编号 domain_id	d1dkdc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.8 — The 'swivelling' beta/beta/alpha domain
超家族 Superfamily superfamily	c.8.5 — GroEL apical domain-like
家族 Family family	c.8.5.1 — GroEL-like chaperone, apical domain

结构域编号 domain_id	d1dkdd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.8 — The 'swivelling' beta/beta/alpha domain
超家族 Superfamily superfamily	c.8.5 — GroEL apical domain-like
家族 Family family	c.8.5.1 — GroEL-like chaperone, apical domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1dkdA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	7 — GroEL
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — GroEL

结构域编号 domain_id	1dkdB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	7 — GroEL
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — GroEL

结构域编号 domain_id	1dkdC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	7 — GroEL
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — GroEL

结构域编号 domain_id	1dkdD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	7 — GroEL
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — GroEL

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晶胞边长 a length_a	42.042 Å
晶胞边长 b length_b	134.668 Å
晶胞边长 c length_c	59.734 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.38 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	25.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2150
R_free r_free	0.2640

CRYSTAL STRUCTURE OF A GROEL (APICAL DOMAIN) AND A DODECAMERIC PEPTIDE COMPLEX

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GROEL

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1dkd__assembly_2__model_1

1dkd__assembly_2__model_1 | I(q)

1dkd__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

CRYSTAL STRUCTURE OF A GROEL (APICAL DOMAIN) AND A DODECAMERIC PEPTIDE COMPLEX

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GROEL

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1dkd__assembly_2__model_1

1dkd__assembly_2__model_1 | I(q)

1dkd__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)