1dml

CRYSTAL STRUCTURE OF HERPES SIMPLEX UL42 BOUND TO THE C-TERMINUS OF HSV POL

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA POLYMERASE PROCESSIVITY FACTOR

Human herpesvirus 1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	DNA POLYMERASE × 1 （P07917）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	DNA POLYMERASE × 1 （P07917）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	DNA POLYMERASE × 1 （P07917）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	DNA POLYMERASE × 1 （P07917）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VPAP_HHV11
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–319； UniProt 1–319 作者链 C； PDB构建体 1–319； UniProt 1–319 作者链 E； PDB构建体 1–319； UniProt 1–319 作者链 G； PDB构建体 1–319； UniProt 1–319

DNA POLYMERASE

Human herpesvirus 1

UniProt P07917

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	DNA POLYMERASE PROCESSIVITY FACTOR × 1 （P10226）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	DNA POLYMERASE PROCESSIVITY FACTOR × 1 （P10226）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	DNA POLYMERASE PROCESSIVITY FACTOR × 1 （P10226）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	DNA POLYMERASE PROCESSIVITY FACTOR × 1 （P10226）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPOL_HHV1A
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–36； UniProt 1200–1235 作者链 D； PDB构建体 1–36； UniProt 1200–1235 作者链 F； PDB构建体 1–36； UniProt 1200–1235 作者链 H； PDB构建体 1–36； UniProt 1200–1235

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1dml
沉积日期 deposition_date	1999-12-14
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF HERPES SIMPLEX UL42 BOUND TO THE C-TERMINUS OF HSV POL
关键词 keywords	herpes simplex virus, dna synthesis, sliding clamps, PCNA, processivity, DNA BINDING PROTEIN-TRANSFERASE COMPLEX; DNA BINDING PROTEIN/TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1dml__assembly_4__model_1

Assembly 4 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1dml__assembly_4__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1dml__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.03 Å
Rg（电子密度）	20.76 Å
总 Rg	21.66 Å
原子数	2371
残基数	311
排除体积	42323 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1dml__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1dml__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1dml__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1dml__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA POLYMERASE PROCESSIVITY FACTOR
分子量 formula_weight	34231.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	9414

MTDSPGGVAPASPVEDASDASLGQPEEGAPCQVVLQGAELNGILQAFAPLRTSLLDSLLVMGDRGILIHNTIFGEQVFLPLEHSQFSRYRWRGPTAAFLSLVDQKRSLLSVFRANQYPDLRRVELAITGQAPFRTLVQRIWTTTSDGEAVELASETLMKRELTSFVVLVPQGTPDVQLRLTRPQLTKVLNATGADSATPTTFELGVNGKFSVFTTSTCVTFAAREEGVSSSTSTQVQILSNALTKAGQAAANAKTVYGENTHRTFSVVVDDCSMRAVLRRLQVGGGTLKFFLTTPVPSLCVTATGPNAVSAVFLLKPQK

来源 Source

来源生物 organism	Human herpesvirus 1
通用名 common_name	Herpes simplex virus type 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10298
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA POLYMERASE
分子量 formula_weight	3751.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

DDVAARLRAAGFGAVGAGATAEETRRMLHRAFDTLA

来源 Source

来源生物 organism	Human herpesvirus 1
通用名 common_name	Herpes simplex virus type 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10298
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1dmla1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.131 — DNA clamp
超家族 Superfamily superfamily	d.131.1 — DNA clamp
家族 Family family	d.131.1.2 — DNA polymerase processivity factor

结构域编号 domain_id	d1dmla2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.131 — DNA clamp
超家族 Superfamily superfamily	d.131.1 — DNA clamp
家族 Family family	d.131.1.2 — DNA polymerase processivity factor

结构域编号 domain_id	d1dmlc1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.131 — DNA clamp
超家族 Superfamily superfamily	d.131.1 — DNA clamp
家族 Family family	d.131.1.2 — DNA polymerase processivity factor

结构域编号 domain_id	d1dmlc2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.131 — DNA clamp
超家族 Superfamily superfamily	d.131.1 — DNA clamp
家族 Family family	d.131.1.2 — DNA polymerase processivity factor

结构域编号 domain_id	d1dmle1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.131 — DNA clamp
超家族 Superfamily superfamily	d.131.1 — DNA clamp
家族 Family family	d.131.1.2 — DNA polymerase processivity factor

结构域编号 domain_id	d1dmle2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.131 — DNA clamp
超家族 Superfamily superfamily	d.131.1 — DNA clamp
家族 Family family	d.131.1.2 — DNA polymerase processivity factor

结构域编号 domain_id	d1dmlg1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.131 — DNA clamp
超家族 Superfamily superfamily	d.131.1 — DNA clamp
家族 Family family	d.131.1.2 — DNA polymerase processivity factor

结构域编号 domain_id	d1dmlg2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.131 — DNA clamp
超家族 Superfamily superfamily	d.131.1 — DNA clamp
家族 Family family	d.131.1.2 — DNA polymerase processivity factor

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1dmlA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	70 — Box
拓扑 Topology topology	10 — Proliferating Cell Nuclear Antigen
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1dmlC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	70 — Box
拓扑 Topology topology	10 — Proliferating Cell Nuclear Antigen
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1dmlE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	70 — Box
拓扑 Topology topology	10 — Proliferating Cell Nuclear Antigen
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1dmlG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	70 — Box
拓扑 Topology topology	10 — Proliferating Cell Nuclear Antigen
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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晶胞边长 a length_a	54.320 Å
晶胞边长 b length_b	100.070 Å
晶胞边长 c length_c	129.530 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.62 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	12.000 Å
R 因子 r_factor	0.2300
R_work r_work	0.2300
R_free r_free	0.2810

CRYSTAL STRUCTURE OF HERPES SIMPLEX UL42 BOUND TO THE C-TERMINUS OF HSV POL

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA POLYMERASE PROCESSIVITY FACTOR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA POLYMERASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1dml__assembly_4__model_1

1dml__assembly_4__model_1 | I(q)

1dml__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

CRYSTAL STRUCTURE OF HERPES SIMPLEX UL42 BOUND TO THE C-TERMINUS OF HSV POL

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA POLYMERASE PROCESSIVITY FACTOR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA POLYMERASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1dml__assembly_4__model_1

1dml__assembly_4__model_1 | I(q)

1dml__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)