SAXSdb — 9ja3

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ja3
沉积日期 deposition_date	2024-08-24
结构标题 title	Herpes simplex virus type 1 polymerase machinery in complex with duplex DNA, acyclovir triphosphate and calcium ions
关键词 keywords	;Herpes simplex virus type 1, HSV-1, UL30, UL42, DNA replication holoenzyme, DNA replication machinery, acyclovir triphosphate, DNA, Calcium, REPLICATION ;; REPLICATION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.68 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.72 Å
零角强度 I(0) i0	439440000.00
分子量 molecular_weight	164010.0 kDa
排除体积 excluded_volume	202050 Å³
包络体积 envelope_volume	289780 Å³
水化壳体积 shell_volume	58617 Å³
包络直径 envelope_diameter	151.0 Å
壳层 Rg shell_rg	45.75 Å
包络 Rg envelope_rg	42.20 Å
形状 Rg shape_rg	42.74 Å
总 Rg total_rg	42.80 Å
总原子数 total_atoms	11493
残基数 n_residues	1399
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	146.3 Å
Rg (实空间) rg_real	42.84 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.3940e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.5700e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.68 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	439400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8693
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	43.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.438
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.397
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	52700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.820; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.964; Smooth: 0.872

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	DNA polymerase
分子量 formula_weight	136683.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	11493

MFSGGGGPLSPGGKSAARAASGFFAPAGPRGASRGPPPCLRQNFYNPYLAPVGTQQKPTGPTQRHTYYSECDEFRFIAPRVLDEDAPPEKRAGVHDGHLKRAPKVYCGGDERDVLRVGSGGFWPRRSRLWGGVDHAPAGFNPTVTVFHVYDILENVEHAYGMRAAQFHARFMDAITPTGTVITLLGLTPEGHRVAVHVYGTRQYFYMNKEEVDRHLQCRAPRDLCERMAAALRESPGASFRGISADHFEAEVVERTDVYYYETRPALFYRVYVRSGRVLSYLCDNFCPAIKKYEGGVDATTRFILDNPGFVTFGWYRLKPGRNNTLAQPRAPMAFGTSSDVEFNCTADNLAIEGGMSDLPAYKLMCFDIECKAGGEDELAFPVAGHPEDLVIQISCLLYDLSTTALEHVLLFSLGSCDLPESHLNELAARGLPTPVVLEFDSEFEMLLAFMTLVKQYGPEFVTGYNIINFDWPFLLAKLTDIYKVPLDGYGRMNGRGVFRVWDIGQSHFQKRSKIKVNGMVNIDMYGIITDKIKLSSYKLNAVAEAVLKDKKKDLSYRDIPAYYAAGPAQRGVIGEYCIQDSLLVGQLFFKFLPHLELSAVARLAGINITRTIYDGQQIRVFTCLLRLADQKGFILPDTQGRFRGAGGEAPKRPAAAREDEERPEEEGEDEDEREEGGGEREPEGARETAGRHVGYQGARVLDPTSGFHVNPVVVFDFASLYPSIIQAHNLCFSTLSLRADAVAHLEAGKDYLEIEVGGRRLFFVKAHVRESLLSILLRDWLAMRKQIRSRIPQSSPEEAVLLDKQQAAIKVVCNSVYGFTGVQHGLLPCLHVAATVTTIGREMLLATREYVHARWAAFEQLLADFPEAADMRAPGPYSMRIIYGDTDSIFVLCRGLTAAGLTAVGDKMASHISRALFLPPIKLECEKTFTKLLLIAKKKYIGVIYGGKMLIKGVDLVRKNNCAFINRTSRALVDLLFYDDTVSGAAAALAERPAEEWLARPLPEGLQAFGAVLVDAHRRITDPERDIQDFVLTAELSRHPRAYTNKRLAHLTVYYKLMARRAQVPSIKDRIPYVIVAQTREVEETVARLAALRELDAAAPGDEPAPPAALPSPAKRPRETPSPADPPGGASKPRKLLVSELAEDPAYAIAHGVALNTDYYFSHLLGAACVTFKALFGNNAKITESLLKRFIPEVWHPPDDVAARLRTAGFGAVGAGATAEETRRMLHRAFDTLA

来源 Source

来源生物 organism	Human herpesvirus 1 (strain 17)
通用名 common_name	HHV-1, Human herpes simplex virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10299
宿主生物 host_organism	Insect expression vector pBlueBacmsGCA1

Entity 2 polymer

描述 description	DNA polymerase processivity factor
分子量 formula_weight	54288.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MHHHHHHHHDYDIPTTENLYFQGADMTDSPGGVAPASPVEDASDASLGQPEEGAPCQVVLQGAELNGILQAFAPLRTSLLDSLLVMGDRGILIHNTIFGEQVFLPLEHSQFSRYRWRGPTAAFLSLVDQKRSLLSVFRANQYPDLRRVELAITGQAPFRTLVQRIWTTTSDGEAVELASETLMKRELTSFVVLVPQGTPDVQLRLTRPQLTKVLNATGADSATPTTFELGVNGKFSVFTTSTCVTFAAREEGVSSSTSTQVQILSNALTKAGQAAANAKTVYGENTHRTFSVVVDDCSMRAVLRRLQVGGGTLKFFLTTPVPSLCVTATGPNAVSAVFLLKPQKICLDWLGHSQGSPSAGSSASRASGSEPTDSQDSASDAVSHGDPEDLDGAARAGEAGALHACPMPSSTTRVTPTTKRGRSGGEDARADTALKKPKTGSPTAPPPADPVPLDTEDDSDAADGTAARPAAPDARSGSRYACYFRDLPTGEASPGAFSAFRGGPQTPYGFGFP

来源 Source

来源生物 organism	Human herpesvirus 1 (strain 17)
通用名 common_name	HHV-1, Human herpes simplex virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10299
宿主生物 host_organism	Insect expression vector pBlueBacmsGCA1His

Entity 3 polymer

描述 description	DNA (27-MER)
分子量 formula_weight	8421.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T

AATCGTAGGGGAAGGATCGTATGGCCT

Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APGPGPCPCPAPTPAPCPGPAPTPCPCPTPTPCPCPCPCPTPAP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	6921.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	P

AGGCCATACGATCCTTCCCCTAC

Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 non-polymer

描述 description	ACYCLOVIR TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	465.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.15 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	678158

fit	/app/data/saxs_computation/ja/9ja3/9ja3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ja/9ja3/9ja3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ja/9ja3/9ja3.dat

Herpes simplex virus type 1 polymerase machinery in complex with duplex DNA, acyclovir triphosphate and calcium ions

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)