1dyl

9 ANGSTROM RESOLUTION CRYO-EM RECONSTRUCTION STRUCTURE OF SEMLIKI FOREST VIRUS (SFV) AND FITTING OF THE CAPSID PROTEIN STRUCTURE IN THE EM DENSITY

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 117.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NUCLEOCAPSID PROTEIN

物种未注明

UniProt P03315

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 240 PDB 声明:240-MERIC(240) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 119–267 链 B; UniProt 119–267 链 C; UniProt 119–267 链 D; UniProt 119–267 未记录 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;PLUNGE VITRIFICATION SAMPLES PREPARED AS THIN LAYERS OF VITREOUS ICE MAINTAINED AT NEAR LIQUID NITROGEN TEMPERATURE IN THE ELECTRON MICROSCOPE WITH A GATAN 626-0300 CRYOTRANSFER HOLDER. 分辨率 9.00 Å
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 119–267 链 B; UniProt 119–267 链 C; UniProt 119–267 链 D; UniProt 119–267 未记录 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;PLUNGE VITRIFICATION SAMPLES PREPARED AS THIN LAYERS OF VITREOUS ICE MAINTAINED AT NEAR LIQUID NITROGEN TEMPERATURE IN THE ELECTRON MICROSCOPE WITH A GATAN 626-0300 CRYOTRANSFER HOLDER. 分辨率 9.00 Å
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 20 PDB 声明:eicosameric(20) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 119–267 链 B; UniProt 119–267 链 C; UniProt 119–267 链 D; UniProt 119–267 未记录 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;PLUNGE VITRIFICATION SAMPLES PREPARED AS THIN LAYERS OF VITREOUS ICE MAINTAINED AT NEAR LIQUID NITROGEN TEMPERATURE IN THE ELECTRON MICROSCOPE WITH A GATAN 626-0300 CRYOTRANSFER HOLDER. 分辨率 9.00 Å
4 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 24 PDB 声明:24-meric(24) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 119–267 链 B; UniProt 119–267 链 C; UniProt 119–267 链 D; UniProt 119–267 未记录 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;PLUNGE VITRIFICATION SAMPLES PREPARED AS THIN LAYERS OF VITREOUS ICE MAINTAINED AT NEAR LIQUID NITROGEN TEMPERATURE IN THE ELECTRON MICROSCOPE WITH A GATAN 626-0300 CRYOTRANSFER HOLDER. 分辨率 9.00 Å
5 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 119–267 链 B; UniProt 119–267 链 C; UniProt 119–267 链 D; UniProt 119–267 未记录 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;PLUNGE VITRIFICATION SAMPLES PREPARED AS THIN LAYERS OF VITREOUS ICE MAINTAINED AT NEAR LIQUID NITROGEN TEMPERATURE IN THE ELECTRON MICROSCOPE WITH A GATAN 626-0300 CRYOTRANSFER HOLDER. 分辨率 9.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 13 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POLS_SFV
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–149; UniProt 119–267 作者链 B; PDB构建体 1–149; UniProt 119–267 作者链 C; PDB构建体 1–149; UniProt 119–267 作者链 D; PDB构建体 1–149; UniProt 119–267

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1dyl

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1dyl
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1dyl
沉积日期 deposition_date2000-02-02
结构标题 title9 ANGSTROM RESOLUTION CRYO-EM RECONSTRUCTION STRUCTURE OF SEMLIKI FOREST VIRUS (SFV) AND FITTING OF THE CAPSID PROTEIN STRUCTURE IN THE EM DENSITY
关键词 keywords;VIRUS/VIRAL PROTEIN, ALPHAVIRUS, SFV, CRYO-EM, IMAGE RECONSTRUCTION, ENVELOPED VIRUS, CAPSID PROTEIN, ICOSAHEDRAL VIRUS, VIRUS-VIRAL PROTEIN complex ;; VIRUS/VIRAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier34.99
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.02
零角强度 I(0) i069599700.00
分子量 molecular_weight64833.0 kDa
排除体积 excluded_volume80630 ų
包络体积 envelope_volume111940 ų
水化壳体积 shell_volume29546 ų
包络直径 envelope_diameter121.3
壳层 Rg shell_rg37.49
包络 Rg envelope_rg34.54
形状 Rg shape_rg34.99
总 Rg total_rg35.31
总原子数 total_atoms4563
残基数 n_residues596
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax117.3
Rg (实空间) rg_real35.14
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.34
I(0) (实空间) i0_real6.9600e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2790e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.05
I(0) (倒空间) i0_reciprocal69590000.0000
解质量估计 total_estimate0.8303
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary49.5
偏度 Skewness skewness0.319
峰度 Kurtosis kurtosis-0.483
角度范围 angular_range— – 0.2250 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6672000.0000
实空间数据点数 n_real_points46
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.777; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.793; Smooth: 0.665

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1dyla_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamilyi.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family familyi.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes
结构域编号 domain_idd1dylb_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamilyi.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family familyi.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes
结构域编号 domain_idd1dylc_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamilyi.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family familyi.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes
结构域编号 domain_idd1dyld_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamilyi.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family familyi.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)