SAXSdb — 8ihp

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ihp
沉积日期 deposition_date	2023-02-23
结构标题 title	Structure of Semliki Forest virus VLP in complex with the receptor VLDLR-LA3
关键词 keywords	Semliki Forest virus, SFV, receptor, complex, VLDLR, glycoprotein, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	67.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	66.96 Å
零角强度 I(0) i0	3113680000.00
分子量 molecular_weight	461000.0 kDa
排除体积 excluded_volume	572680 Å³
包络体积 envelope_volume	1051900 Å³
水化壳体积 shell_volume	131940 Å³
包络直径 envelope_diameter	218.2 Å
壳层 Rg shell_rg	69.32 Å
包络 Rg envelope_rg	63.42 Å
形状 Rg shape_rg	66.88 Å
总 Rg total_rg	67.27 Å
总原子数 total_atoms	32337
残基数 n_residues	4181
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	217.8 Å
Rg (实空间) rg_real	67.34 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.1140e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.3200e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	68.00 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3117000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8304
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	85.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.077
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.606
角度范围 angular_range	— – 0.1150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	153400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	24
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.938; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.978; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Spike glycoprotein E2
分子量 formula_weight	46870.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G,J
原子数 atom_count	32337

SVSQHFNVYKATRPYIAYCADCGAGHSCHSPVAIEAVRSEATDGMLKIQFSAQIGIDKSDNHDYTKIRYADGHAIENAVRSSLKVATSGDCFVHGTMGHFILAKCPPGEFLQVSIQDTRNAVRACRIQYHHDPQPVGREKFTIRPHYGKEIPCTTYQQTTAKTVEEIDMHMPPDTPDRTLLSQQSGNVKITVGGKKVKYNCTCGTGNVGTTNSDMTINTCLIEQCHVSVTDHKKWQFNSPFVPRADEPARKGKVHIPFPLDNITCRVPMAREPTVIHGKREVTLHLHPDHPTLFSYRTLGEDPQYHEEWVTAAVERTIPVPVDGMEYHWGNNDPVRLWSQLTTEGKPHGWPHQIVQYYYGLYPAATVSAVVGMSLLALISIFASCYMLVAARSKCLTPYALTPGAAVPWTLGILCCAPRAHA

来源 Source

来源生物 organism	Semliki Forest virus
通用名 common_name	SFV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11033
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Spike glycoprotein E1
分子量 formula_weight	47489.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,H,K

YEHSTVMPNVVGFPYKAHIERPGYSPLTLQMQVVETSLEPTLNLEYITCEYKTVVPSPYVKCCGASECSTKEKPDYQCKVYTGVYPFMWGGAYCFCDSENTQLSEAYVDRSDVCRHDHASAYKAHTASLKAKVRVMYGNVNQTVDVYVNGDHAVTIGGTQFIFGPLSSAWTPFDNKIVVYKDEVFNQDFPPYGSGQPGRFGDIQSRTVESNDLYANTALKLARPSPGMVHVPYTQTPSGFKYWLKEKGTALNTKAPFGCQIKTNPVRAMNCAVGNIPVSMNLPDSAFTRIVEAPTIIDLTCTVATCTHSSDFGGVLTLTYKTDKNGDCSVHSHSNVATLQEATAKVKTAGKVTLHFSTASASPSFVVSLCSARATCSASCEPPKDHIVPYAASHSNVVFPDMSGTALSWVQKISGGLGAFAIGAILVLVVVTCIGLRR

来源 Source

来源生物 organism	Semliki Forest virus
通用名 common_name	SFV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11033
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Capsid protein
分子量 formula_weight	17848.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.90
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,I,L

GKRERMCMKIENDCIFEVKHEGKVTGYACLVGDKVMKPAHVKGVIDNADLAKLAFKKSSKYDLECAQIPVHMRSDASKYTHEKPEGHYNWHHGAVQYSGGRFTIPTGAGKPGDSGRPIFDNKGRVVAIVLGGANEGSRTALSVVTWNKDMVTRVTPEGSEEW

来源 Source

来源生物 organism	Semliki Forest virus
通用名 common_name	SFV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11033
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	Very low-density lipoprotein receptor
分子量 formula_weight	4361.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N,O

RTCRIHEISCGAHSTQCIPVSWRCDGENDCDSGEDEENC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 6 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	651086

fit	/app/data/saxs_computation/ih/8ihp/8ihp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ih/8ihp/8ihp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ih/8ihp/8ihp.dat

Structure of Semliki Forest virus VLP in complex with the receptor VLDLR-LA3

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)