SAXSdb — 1dzn

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE

PENICILLIUM SIMPLICISSIMUM

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–560 链 B； UniProt 1–560	突变：YES	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 8 EUG 2-methoxy-4-[(1E)-prop-1-en-1-yl]phenol × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 4.6；pH 4.60	分辨率 2.80 Å R-free 0.291

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1DZN	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AHU STRUCTURE OF THE OCTAMERIC FLAVOENZYME VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE IN COMPLEX WITH P-CRESOL 提交 1997-04-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–560（560 aa）链 B 1–560（560 aa）	未记录	FAA N5-(4-HYDROXYBENZYL)FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；FROM 6% PEG4000, 100 MM ACETATE BUFFER PH 4.6	分辨率 2.70 Å R-free 0.290
1AHV STRUCTURE OF THE OCTAMERIC FLAVOENZYME VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE IN COMPLEX WITH 2-NITRO-P-CRESOL 提交 1997-04-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–560（560 aa）链 B 1–560（560 aa）	未记录	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 8 NCR 2-NITRO-P-CRESOL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；FROM 6% PEG4000, 100 MM ACETATE BUFFER PH 4.6	分辨率 3.10 Å R-free 0.240
1AHV STRUCTURE OF THE OCTAMERIC FLAVOENZYME VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE IN COMPLEX WITH 2-NITRO-P-CRESOL 提交 1997-04-10	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–560（560 aa）链 B 1–560（560 aa）	未记录	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 NCR 2-NITRO-P-CRESOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；FROM 6% PEG4000, 100 MM ACETATE BUFFER PH 4.6	分辨率 3.10 Å R-free 0.240
1AHZ STRUCTURE OF THE OCTAMERIC FLAVOENZYME VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE IN COMPLEX WITH 4-(1-HEPTENYL)PHENOL 提交 1997-04-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–560（560 aa）链 B 1–560（560 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 8 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 8 EPT HEPTANYL-P-PHENOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；FROM 6% PEG4000, 100 MM ACETATE BUFFER PH 4.6	分辨率 3.30 Å R-free 0.260
1AHZ STRUCTURE OF THE OCTAMERIC FLAVOENZYME VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE IN COMPLEX WITH 4-(1-HEPTENYL)PHENOL 提交 1997-04-10	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–560（560 aa）链 B 1–560（560 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 EPT HEPTANYL-P-PHENOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；FROM 6% PEG4000, 100 MM ACETATE BUFFER PH 4.6	分辨率 3.30 Å R-free 0.260
1E0Y Structure of the D170S/T457E double mutant of vanillyl-alcohol oxidase 提交 2000-04-11	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–560（560 aa）链 B 1–560（560 aa）	突变：YES 突变：YES	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 FCR ALPHA,ALPHA,ALPHA-TRIFLUORO-P-CRESOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；pH 4.60	分辨率 2.75 Å R-free 0.287
1E8F STRUCTURE OF THE H61T MUTANT OF THE FLAVOENZYME VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE IN THE APO FORM 提交 2000-09-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–560（560 aa）链 B 1–560（560 aa）	突变：YES 突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；FROM 100 MM ACETATE BUFFER PH 4.6, 6% PEG4000	分辨率 2.90 Å R-free 0.312
1E8G STRUCTURE OF THE H61T DOUBLE MUTANT OF VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE IN COMPLEX WITH FLUORO-CRESOL 提交 2000-09-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–560（560 aa）链 B 1–560（560 aa）	突变：YES 突变：YES	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 8 FCR ALPHA,ALPHA,ALPHA-TRIFLUORO-P-CRESOL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；pH 4.60	分辨率 2.10 Å R-free 0.258
1E8H STRUCTURE OF THE H61T MUTANT OF THE FLAVOENZYME VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE IN THE APO FORM COMPLEXED BY ADP 提交 2000-09-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–560（560 aa）链 B 1–560（560 aa）	突变：YES 突变：YES	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；FROM 6% PEG4000, 100 MM ACETATE BUFFER PH 4.6	分辨率 2.60 Å R-free 0.303
1QLT STRUCTURE OF THE H422A MUTANT OF THE FLAVOENZYME VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE 提交 1999-09-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–560（560 aa）链 B 1–560（560 aa）	突变：YES 突变：YES	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 8 ACT ACETATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；FROM 6% PEG4000, 100 MM ACETATE BUFFER PH 4.6	分辨率 2.20 Å R-free 0.264
1QLU STRUCTURE OF THE H422A MUTANT VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE IN COMPLEX WITH ISOEUGENOL 提交 1999-09-16	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–560（560 aa）链 B 1–560（560 aa）	突变：YES 突变：YES	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 8 EUG 2-methoxy-4-[(1E)-prop-1-en-1-yl]phenol × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；FROM 6% PEG4000, 100 MM ACETATE BUFFER PH 4.6	分辨率 2.40 Å R-free 0.273
1VAO STRUCTURE OF THE OCTAMERIC FLAVOENZYME VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE 提交 1997-04-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–560（560 aa）链 B 1–560（560 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 8 CL CHLORIDE ION × 8 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；FROM 6% PEG4000, 100 MM ACETATE BUFFER PH 4.6	分辨率 2.50 Å R-free 0.290
1W1J STRUCTURE OF THE OCTAMERIC FLAVOENZYME VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE: The505Ser Mutant 提交 2004-06-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–560（560 aa）链 B 1–560（560 aa）	突变：YES 突变：YES	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 EUG 2-methoxy-4-[(1E)-prop-1-en-1-yl]phenol × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；FROM 6% PEG4000, 100 MM ACETATE BUFFER PH 4.6	分辨率 2.70 Å R-free 0.292
1W1K STRUCTURE OF THE OCTAMERIC FLAVOENZYME VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE: Ile238Thr Mutant 提交 2004-06-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–560（560 aa）链 B 1–560（560 aa）	突变：YES 突变：YES	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 EUG 2-methoxy-4-[(1E)-prop-1-en-1-yl]phenol × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；FROM 6% PEG4000, 100 MM ACETATE BUFFER PH 4.6	分辨率 2.55 Å R-free 0.272
1W1L STRUCTURE OF THE OCTAMERIC FLAVOENZYME VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE: Phe454Tyr Mutant 提交 2004-06-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–560（560 aa）链 B 1–560（560 aa）	突变：YES 突变：YES	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 EUG 2-methoxy-4-[(1E)-prop-1-en-1-yl]phenol × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；FROM 6% PEG4000, 100 MM ACETATE BUFFER PH 4.6	分辨率 2.70 Å R-free 0.293
1W1M STRUCTURE OF THE OCTAMERIC FLAVOENZYME VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE: Glu502Gly Mutant 提交 2004-06-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–560（560 aa）链 B 1–560（560 aa）	突变：YES 突变：YES	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 EUG 2-methoxy-4-[(1E)-prop-1-en-1-yl]phenol × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；FROM 6% PEG4000, 100 MM ACETATE BUFFER PH 4.6	分辨率 3.00 Å R-free 0.307
2VAO STRUCTURE OF THE OCTAMERIC FLAVOENZYME VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE IN COMPLEX WITH ISOEUGENOL 提交 1997-04-10	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–560（560 aa）链 B 1–560（560 aa）	未记录	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 8 EUG 2-methoxy-4-[(1E)-prop-1-en-1-yl]phenol × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；FROM 6% PEG4000, 100 MM ACETATE BUFFER PH 4.6	分辨率 2.80 Å R-free 0.290
5MXJ Structure of the Y108F mutant of vanillyl alcohol oxidase 提交 2017-01-23	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–560（560 aa）链 B 1–560（560 aa）	未记录	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 8 GOL GLYCEROL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；PEG4000, sodium acetate	分辨率 2.80 Å R-free 0.259
5MXU Structure of the Y503F mutant of vanillyl alcohol oxidase 提交 2017-01-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–560（560 aa）链 B 1–560（560 aa）	未记录	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 8 GOL GLYCEROL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG4000, sodium acetate	分辨率 2.80 Å R-free 0.249

共 17 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VAOX_PENSI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–560； UniProt 1–560 作者链 B； PDB构建体 1–560； UniProt 1–560

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1dzn
沉积日期 deposition_date	2000-03-05
结构标题 title	Asp170Ser mutant of vanillyl-alcohol oxidase
关键词 keywords	FLAVIN-DEPENDENT OXIDASE ENZYME, FLAVIN-DEPENDENT OXIDASE; FLAVIN-DEPENDENT OXIDASE ENZYME
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.11 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.30 Å
零角强度 I(0) i0	233467000.00
分子量 molecular_weight	124210.0 kDa
排除体积 excluded_volume	155980 Å³
包络体积 envelope_volume	177030 Å³
水化壳体积 shell_volume	47896 Å³
包络直径 envelope_diameter	99.8 Å
壳层 Rg shell_rg	38.60 Å
包络 Rg envelope_rg	29.52 Å
形状 Rg shape_rg	29.30 Å
总 Rg total_rg	30.06 Å
总原子数 total_atoms	8759
残基数 n_residues	1100
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	92.5 Å
Rg (实空间) rg_real	29.97 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.44 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3350e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3400e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.03 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	233500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8979
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	36.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.214
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.411
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	114300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.926; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.907

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE
分子量 formula_weight	62920.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.1.3.38
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	8821

MSKTQAFRPLTLPPKLSLSDFNEFIQDIIRIVGSENVEVISSKDQIVDGSYMKPTHTHDPHHVMDQDYFLASAIVAPRNVADVQSIVGLANKFSFPLWPISIGRNSGYGGAAPRVSGSVVLDMGKNMNRVLEVNVEGAYCVVEPGVTYHDLHNYLEANNLRDKLWLDVPSLGGGSVLGNAVERGVGYTPYGDHWMMHSGMEVVLANGELLRTGMGALPDPKRPETMGLKPEDQPWSKIAHLFPYGFGPYIDGLFSQSNMGIVTKIGIWLMPNPGGYQSYLITLPKDGDLKQAVDIIRPLRLGMALQNVPTIRHILLDAAVLGDKRSYSSRTEPLSDEELDKIAKQLNLGRWNFYGALYGPEPIRRVLWETIKDAFSAIPGVKFYFPEDTPENSVLRVRDKTMQGIPTYDELKWIDWLPNGAHLFFSPIAKVSGEDAMMQYAVTKKRCQEAGLDFIGTFTVGMREMHHIVCIVFNKKDLIQKRKVQWLMRTLIDDCAANGWGEYRTHLAFMDQIMETYNWNNSSFLRFNEVLKNAVDPNGIIAPGKSGVWPSQYSHVTWKL

来源 Source

来源生物 organism	PENICILLIUM SIMPLICISSIMUM
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	69488
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-methoxy-4-[(1E)-prop-1-en-1-yl]phenol
分子量 formula_weight	164.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	62

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1dzna1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.32 — FAD-linked oxidases, C-terminal domain
家族 Family family	d.58.32.1 — Vanillyl-alcohol oxidase-like

结构域编号 domain_id	d1dzna2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.145 — FAD-binding/transporter-associated domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.145.1 — FAD-binding/transporter-associated domain-like
家族 Family family	d.145.1.1 — FAD-linked oxidases, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1dznb1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.32 — FAD-linked oxidases, C-terminal domain
家族 Family family	d.58.32.1 — Vanillyl-alcohol oxidase-like

结构域编号 domain_id	d1dznb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.145 — FAD-binding/transporter-associated domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.145.1 — FAD-binding/transporter-associated domain-like
家族 Family family	d.145.1.1 — FAD-linked oxidases, N-terminal domain

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1dznA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	43 — Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase, domain 2

结构域编号 domain_id	1dznA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	465 — Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1dznA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	462 — Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — FAD-linked oxidases, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	1dznA04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	45 — Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 4

结构域编号 domain_id	1dznB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	43 — Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase, domain 2

结构域编号 domain_id	1dznB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	465 — Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1dznB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	462 — Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — FAD-linked oxidases, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	1dznB04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	45 — Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 4

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	131.330 Å
晶胞边长 b length_b	131.330 Å
晶胞边长 c length_c	134.660 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 4
空间群编号 int_tables_number	79
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2269
R_work r_work	0.2269
R_free r_free	0.2913

fit	/app/data/saxs_computation/dz/1dzn/1dzn.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dz/1dzn/1dzn.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dz/1dzn/1dzn.dat

Asp170Ser mutant of vanillyl-alcohol oxidase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction