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1f0m

MONOMERIC STRUCTURE OF THE HUMAN EPHB2 SAM (STERILE ALPHA MOTIF) DOMAIN

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 41.6 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

EPHRIN TYPE-B RECEPTOR 2

物种未注明

UniProt P29323

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 889–970 片段：EPHB2 RECEPTOR FRAGMENT, SAM DOMAIN 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；30% peg, 70 mM lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 25K 分辨率 2.20 Å R-free 0.264

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1F0M Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1B4F OLIGOMERIC STRUCTURE OF THE HUMAN EPHB2 RECEPTOR SAM DOMAIN 提交 1998-12-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 402–480（79 aa） 片段：SAM DOMAIN
链 B 402–480（79 aa） 片段：SAM DOMAIN
链 C 402–480（79 aa） 片段：SAM DOMAIN
链 D 402–480（79 aa） 片段：SAM DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0
分辨率 1.95 Å R-free 0.273
1B4F OLIGOMERIC STRUCTURE OF THE HUMAN EPHB2 RECEPTOR SAM DOMAIN 提交 1998-12-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 402–480（79 aa） 片段：SAM DOMAIN
链 F 402–480（79 aa） 片段：SAM DOMAIN
链 G 402–480（79 aa） 片段：SAM DOMAIN
链 H 402–480（79 aa） 片段：SAM DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0
分辨率 1.95 Å R-free 0.273
2QBX EphB2/SNEW Antagonistic Peptide Complex 提交 2007-06-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 20–196（177 aa） 片段：EphB2
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；298 K；100 mM Hepes, pH 7.2, 100 mM ammonium sulfate, and 20% PEG-3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.30 Å R-free 0.270
2QBX EphB2/SNEW Antagonistic Peptide Complex 提交 2007-06-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 20–196（177 aa） 片段：EphB2
未记录 SO4 SULFATE ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；298 K；100 mM Hepes, pH 7.2, 100 mM ammonium sulfate, and 20% PEG-3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.30 Å R-free 0.270
2QBX EphB2/SNEW Antagonistic Peptide Complex 提交 2007-06-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 20–196（177 aa） 片段：EphB2
链 B 20–196（177 aa） 片段：EphB2
未记录 SO4 SULFATE ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；298 K；100 mM Hepes, pH 7.2, 100 mM ammonium sulfate, and 20% PEG-3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.30 Å R-free 0.270
3ZFM Crystal structure of EphB2 提交 2012-12-12 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 604–898（295 aa） 片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 604-898
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.27 Å R-free 0.263

共 3 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EPHB2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–82； UniProt 889–970

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1f0m

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1f0m
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1f0m
沉积日期 deposition_date2000-05-16
结构标题 titleMONOMERIC STRUCTURE OF THE HUMAN EPHB2 SAM (STERILE ALPHA MOTIF) DOMAIN
关键词 keywordsSAM domain, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier12.81 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron11.36 Å
零角强度 I(0) i01468660.00
分子量 molecular_weight8102.0 kDa
排除体积 excluded_volume10127 ų
包络体积 envelope_volume10913 ų
水化壳体积 shell_volume8454 ų
包络直径 envelope_diameter40.4 Å
壳层 Rg shell_rg16.69 Å
包络 Rg envelope_rg11.79 Å
形状 Rg shape_rg11.35 Å
总 Rg total_rg12.75 Å
总原子数 total_atoms566
残基数 n_residues71
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax41.6 Å
Rg (实空间) rg_real12.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.26 Å
I(0) (实空间) i0_real1.4690e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7090e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal12.75 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1469000.0000
解质量估计 total_estimate0.8616
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary16.3 Å
偏度 Skewness skewness0.174
峰度 Kurtosis kurtosis-0.179
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha238100.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.766; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.902
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1f0ma_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.60.1 — SAM/Pointed domain
家族 Family familya.60.1.2 — SAM (sterile alpha motif) domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1f0mA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50 — Transcription Factor, Ets-1
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)