1g3n

STRUCTURE OF A P18(INK4C)-CDK6-K-CYCLIN TERNARY COMPLEX

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6 INHIBITOR × 1 （P42773） V-CYCLIN × 1 （O40946）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6 INHIBITOR × 1 （P42773） V-CYCLIN × 1 （O40946）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	V-CYCLIN × 2 （O40946）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6 INHIBITOR × 2 （P42773）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CDK6_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–326； UniProt 1–326 作者链 E； PDB构建体 1–326； UniProt 1–326

CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6 INHIBITOR

Homo sapiens

UniProt P42773

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6 × 1 （Q00534） V-CYCLIN × 1 （O40946）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6 × 1 （Q00534） V-CYCLIN × 1 （O40946）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6 × 2 （Q00534）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CDN2C_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–168； UniProt 1–168 作者链 F； PDB构建体 1–168； UniProt 1–168

V-CYCLIN

Human herpesvirus 8

UniProt O40946

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6 × 1 （Q00534） CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6 INHIBITOR × 1 （P42773）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6 × 1 （Q00534） CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6 INHIBITOR × 1 （P42773）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6 × 2 （Q00534）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O40946_HHV8
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–257； UniProt 1–257 作者链 G； PDB构建体 1–257； UniProt 1–257

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1g3n
沉积日期 deposition_date	2000-10-24
结构标题 title	STRUCTURE OF A P18(INK4C)-CDK6-K-CYCLIN TERNARY COMPLEX
关键词 keywords	Cyclin-dependent kinase, INK4 inhibitor, Viral cyclin, cell cycle, signaling protein; cell cycle, signaling protein
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1g3n__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1g3n__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1g3n__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.59 Å
Rg（电子密度）	28.56 Å
总 Rg	29.30 Å
原子数	5322
残基数	681
排除体积	95184 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1g3n__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1g3n__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1g3n__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1g3n__assembly_4__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6
分子量 formula_weight	36987.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.37
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	10644

MEKDGLCRADQQYECVAEIGEGAYGKVFKARDLKNGGRFVALKRVRVQTGEEGMPLSTIREVAVLRHLETFEHPNVVRLFDVCTVSRTDRETKLTLVFEHVDQDLTTYLDKVPEPGVPTETIKDMMFQLLRGLDFLHSHRVVHRDLKPQNILVTSSGQIKLADFGLARIYSFQMALTSVVVTLWYRAPEVLLQSSYATPVDLWSVGCIFAEMFRRKPLFRGSSDVDQLGKILDVIGLPGEEDWPRDVALPRQAFHSKSAQPIEKFVTDIDELGKDLLLKCLTFNPAKRISAYSALSHPYFQDLERCKENLDSHLPPSQNTSELNTA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	unidentified baculovirus

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6 INHIBITOR
分子量 formula_weight	18149.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

MAEPWGNELASAAARGDLEQLTSLLQNNVNVNAQNGFGRTALQVMKLGNPEIARRLLLRGANPDLKDRTGFAVIHDAARAGFLDTLQTLLEFQADVNIEDNEGNLPLHLAAKEGHLRVVEFLVKHTASNVGHRNHKGDTACDLARLYGRNEVVSLMQANGAGGATNLQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	V-CYCLIN
分子量 formula_weight	28094.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

MATANNPPSGLLDPTLCEDRIFYNILEIEPRFLTSDSVFGTFQQSLTSHMRKLLGTWMFSVCQEYNLEPNVVALALNLLDRLLLIKQVSKEHFQKTGSACLLVASKLRSLTPISTSSLCYAAADSFSRQELIDQEKELLEKLAWRTEAVLATDVTSFLLLKLVGGSQHLDFWHHEVNTLITKALVDPLTGSLPASIISAAGCALLVPANVIPQDTHSGGVVPQLASILGCDVSVLQAAVEQILTSVSDFDLRILDSY

来源 Source

来源生物 organism	Human herpesvirus 8
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	37296
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1g3na_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit

结构域编号 domain_id	d1g3nb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.211 — beta-hairpin-alpha-hairpin repeat
超家族 Superfamily superfamily	d.211.1 — Ankyrin repeat
家族 Family family	d.211.1.1 — Ankyrin repeat

结构域编号 domain_id	d1g3nc1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.74 — Cyclin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.74.1 — Cyclin-like
家族 Family family	a.74.1.1 — Cyclin

结构域编号 domain_id	d1g3nc2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.74 — Cyclin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.74.1 — Cyclin-like
家族 Family family	a.74.1.1 — Cyclin

结构域编号 domain_id	d1g3ne_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit

结构域编号 domain_id	d1g3nf_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.211 — beta-hairpin-alpha-hairpin repeat
超家族 Superfamily superfamily	d.211.1 — Ankyrin repeat
家族 Family family	d.211.1.1 — Ankyrin repeat

结构域编号 domain_id	d1g3ng1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.74 — Cyclin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.74.1 — Cyclin-like
家族 Family family	a.74.1.1 — Cyclin

结构域编号 domain_id	d1g3ng2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.74 — Cyclin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.74.1 — Cyclin-like
家族 Family family	a.74.1.1 — Cyclin

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	1g3nA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	1g3nA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	1g3nB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ankyrin repeat-containing domain

结构域编号 domain_id	1g3nC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclin-like

结构域编号 domain_id	1g3nC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclin-like

结构域编号 domain_id	1g3nE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	1g3nE02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	1g3nF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ankyrin repeat-containing domain

结构域编号 domain_id	1g3nG01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclin-like

结构域编号 domain_id	1g3nG02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclin-like

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晶胞边长 a length_a	77.780 Å
晶胞边长 b length_b	146.950 Å
晶胞边长 c length_c	164.820 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	15.000 Å
R 因子 r_factor	0.2280
R_work r_work	0.2240
R_free r_free	0.2620

STRUCTURE OF A P18(INK4C)-CDK6-K-CYCLIN TERNARY COMPLEX

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6 INHIBITOR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

V-CYCLIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1g3n__assembly_1__model_1

1g3n__assembly_1__model_1 | I(q)

1g3n__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)

STRUCTURE OF A P18(INK4C)-CDK6-K-CYCLIN TERNARY COMPLEX

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6 INHIBITOR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

V-CYCLIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1g3n__assembly_1__model_1

1g3n__assembly_1__model_1 | I(q)

1g3n__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)