SAXSdb — 1h9d

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CORE-BINDING FACTOR ALPHA SUBUNIT1

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 2	CORE-BINDING FACTOR CBF-BETA × 1 （Q13951） ;DNA (5'-(GPTPTPGPCPGPGPTPTPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-(CPAPAPCPCPGPCPAPAPC)-3') ; × 1 water × 3	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 2	CORE-BINDING FACTOR CBF-BETA × 1 （Q13951） ;DNA (5'-(GPTPTPGPCPGPGPTPTPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-(CPAPAPCPCPGPCPAPAPC)-3') ; × 1 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AML1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–134； UniProt 50–183 作者链 C； PDB构建体 1–134； UniProt 50–183

CORE-BINDING FACTOR CBF-BETA

HOMO SAPIENS

UniProt Q13951

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 2	CORE-BINDING FACTOR ALPHA SUBUNIT1 × 1 （Q01196） ;DNA (5'-(GPTPTPGPCPGPGPTPTPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-(CPAPAPCPCPGPCPAPAPC)-3') ; × 1 water × 3	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 2	CORE-BINDING FACTOR ALPHA SUBUNIT1 × 1 （Q01196） ;DNA (5'-(GPTPTPGPCPGPGPTPTPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-(CPAPAPCPCPGPCPAPAPC)-3') ; × 1 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PEBB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–134； UniProt 2–135 作者链 D； PDB构建体 1–134； UniProt 2–135

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1h9d
沉积日期 deposition_date	2001-03-07
结构标题 title	Aml1/cbf-beta/dna complex
关键词 keywords	TRANSCRIPTION FACTOR; TRANSCRIPTION FACTOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1h9d__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1h9d__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1h9d__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.80 Å
Rg（电子密度）	21.24 Å
总 Rg	22.11 Å
原子数	2395
残基数	270
排除体积	41002 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1h9d__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1h9d__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CORE-BINDING FACTOR ALPHA SUBUNIT1
分子量 formula_weight	14909.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	4867

SMVEVLADHPGELVRTDSPNFLCSVLPTHWRCNKTLPIAFKVVALGDVPDGTLVTVMAGNDENYSAELRNATAAMKNQVARFNDLRFVGRSGRGKSFTLTITVFTNPPQVATYHRAIKITVDGPREPRRHRQKL

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	CORE-BINDING FACTOR CBF-BETA
分子量 formula_weight	15815.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

PRVVPDQRSKFENEEFFRKLSRECEIKYTGFRDRPHEERQARFQNACRDGRSEIAFVATGTNLSLQFFPASWQGEQRQTPSREYVDLEREAGKVYLKAPMILNGVCVIWKGWIDLQRLDGMGCLEFDEERAQQE

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-(GPTPTPGPCPGPGPTPTPG)-3') ;
分子量 formula_weight	3107.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E,G

GTTGCGGTTG

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-(CPAPAPCPCPGPCPAPAPC)-3') ;
分子量 formula_weight	2983.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F,H

CAACCGCAAC

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	56

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1h9da_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamily	b.2.5 — p53-like transcription factors
家族 Family family	b.2.5.6 — RUNT domain

结构域编号 domain_id	d1h9db_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.54 — Core binding factor beta, CBF
超家族 Superfamily superfamily	b.54.1 — Core binding factor beta, CBF
家族 Family family	b.54.1.1 — Core binding factor beta, CBF

结构域编号 domain_id	d1h9dc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamily	b.2.5 — p53-like transcription factors
家族 Family family	b.2.5.6 — RUNT domain

结构域编号 domain_id	d1h9dd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.54 — Core binding factor beta, CBF
超家族 Superfamily superfamily	b.54.1 — Core binding factor beta, CBF
家族 Family family	b.54.1.1 — Core binding factor beta, CBF

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1h9dA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 —

结构域编号 domain_id	1h9dB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	250 — Polyomavirus Enhancer Binding Protein 2; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Core binding factor, beta subunit

结构域编号 domain_id	1h9dC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 —

结构域编号 domain_id	1h9dD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	250 — Polyomavirus Enhancer Binding Protein 2; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Core binding factor, beta subunit

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晶胞边长 a length_a	115.033 Å
晶胞边长 b length_b	115.033 Å
晶胞边长 c length_c	133.925 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	48.020 Å
R 因子 r_factor	0.2370
R_work r_work	0.2370
R_free r_free	0.2710

Aml1/cbf-beta/dna complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CORE-BINDING FACTOR ALPHA SUBUNIT1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

CORE-BINDING FACTOR CBF-BETA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1h9d__assembly_1__model_1

1h9d__assembly_1__model_1 | I(q)

1h9d__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Aml1/cbf-beta/dna complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CORE-BINDING FACTOR ALPHA SUBUNIT1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CORE-BINDING FACTOR CBF-BETA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1h9d__assembly_1__model_1

1h9d__assembly_1__model_1 | I(q)

1h9d__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)