1hbx

Ternary Complex of SAP-1 and SRF with specific SRE DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SERUM RESPONSE FACTOR

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 3 DNA 2	;5'-D(GPAPTPGPGPCPCPTPAPAPTPTPAP GPGPAPCPTPTPCPCPGPGPTPG)-3' ; × 1 ETS-DOMAIN PROTEIN ELK-4 × 1 （P28324） ;5'-D(CPAPCPAPCPCPGPGPAPAPGPTPCP* CPTPAPAPTPTPAPGPGPCPCPAPT)-3' ; × 1	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 3 DNA 2	;5'-D(GPAPTPGPGPCPCPTPAPAPTPTPAP GPGPAPCPTPTPCPCPGPGPTPG)-3' ; × 1 ETS-DOMAIN PROTEIN ELK-4 × 1 （P28324） ;5'-D(CPAPCPAPCPCPGPGPAPAPGPTPCP* CPTPAPAPTPTPAPGPGPCPCPAPT)-3' ; × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SRF_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–92； UniProt 132–223 作者链 B； PDB构建体 1–92； UniProt 132–223 作者链 D； PDB构建体 1–92； UniProt 132–223 作者链 E； PDB构建体 1–92； UniProt 132–223

ETS-DOMAIN PROTEIN ELK-4

HOMO SAPIENS

UniProt P28324

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 3 DNA 2	SERUM RESPONSE FACTOR × 2 （P11831） ;5'-D(GPAPTPGPGPCPCPTPAPAPTPTPAP GPGPAPCPTPTPCPCPGPGPTPG)-3' ; × 1 ;5'-D(CPAPCPAPCPCPGPGPAPAPGPTPCP* CPTPAPAPTPTPAPGPGPCPCPAPT)-3' ; × 1	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 3 DNA 2	SERUM RESPONSE FACTOR × 2 （P11831） ;5'-D(GPAPTPGPGPCPCPTPAPAPTPTPAP GPGPAPCPTPTPCPCPGPGPTPG)-3' ; × 1 ;5'-D(CPAPCPAPCPCPGPGPAPAPGPTPCP* CPTPAPAPTPTPAPGPGPCPCPAPT)-3' ; × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ELK4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 3–157； UniProt 2–156 作者链 H； PDB构建体 3–157； UniProt 2–156

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1hbx
沉积日期 deposition_date	2001-04-20
结构标题 title	Ternary Complex of SAP-1 and SRF with specific SRE DNA
关键词 keywords	GENE REGULATION, TRANSCRIPTION COMPLEX, SERUM RESPONSE FACTOR, TERNARY COMPLEX FACTOR; GENE REGULATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1hbx__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1hbx__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1hbx__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.51 Å
Rg（电子密度）	25.07 Å
总 Rg	25.69 Å
原子数	3331
残基数	336
排除体积	56449 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1hbx__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1hbx__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SERUM RESPONSE FACTOR
分子量 formula_weight	10300.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,D,E
原子数 atom_count	6682

SGAKPGKKTRGRVKIKMEFIDNKLRRYTTFSKRKTGIMKKAYELSTLTGTQVLLLVASETGHVYTFATRKLQPMITSETGKALIQTCLNSPD

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;5'-D(GPAPTPGPGPCPCPTPAPAPTPTPAP GPGPAPCPTPTPCPCPGPGPTP*G)-3' ;
分子量 formula_weight	8034.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,F

GATGGCCTAATTAGGACTTCCGGTGT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	ETS-DOMAIN PROTEIN ELK-4
分子量 formula_weight	17973.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H

GSDSAITLWQFLLQLLQKPQNKHMICWTSNDGQFKLLQAEEVARLWGIRKNKPNMNYDKLSRALRYYYVKNIIKKVNGQKFVYKFVSYPEILNMDPMTVGRIEGDCESLNFSEVSSSSKDVENGGKDKPPQPGAKTSSRNDYIHSGLYSSFTLNSLN

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;5'-D(CPAPCPAPCPCPGPGPAPAPGPTPCP CPTPAPAPTPTPAPGPGPCPCPAPT)-3' ;
分子量 formula_weight	7941.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	W,X

CACACCGGAAGTCCTAATTAGGCCAT

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1hbxa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.88 — SRF-like
超家族 Superfamily superfamily	d.88.1 — SRF-like
家族 Family family	d.88.1.1 — SRF-like

结构域编号 domain_id	d1hbxb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.88 — SRF-like
超家族 Superfamily superfamily	d.88.1 — SRF-like
家族 Family family	d.88.1.1 — SRF-like

结构域编号 domain_id	d1hbxd_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.88 — SRF-like
超家族 Superfamily superfamily	d.88.1 — SRF-like
家族 Family family	d.88.1.1 — SRF-like

结构域编号 domain_id	d1hbxe_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.88 — SRF-like
超家族 Superfamily superfamily	d.88.1 — SRF-like
家族 Family family	d.88.1.1 — SRF-like

结构域编号 domain_id	d1hbxg_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.21 — ets domain

结构域编号 domain_id	d1hbxh_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.21 — ets domain

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1hbxA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1810 — SRF-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transcription factor, MADS-box

结构域编号 domain_id	1hbxB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1810 — SRF-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transcription factor, MADS-box

结构域编号 domain_id	1hbxD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1810 — SRF-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transcription factor, MADS-box

结构域编号 domain_id	1hbxE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1810 — SRF-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transcription factor, MADS-box

结构域编号 domain_id	1hbxG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	1hbxH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

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晶胞边长 a length_a	142.680 Å
晶胞边长 b length_b	144.390 Å
晶胞边长 c length_c	75.930 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.150 Å
最低分辨率 resolution_low	51.000 Å
R 因子 r_factor	0.2520
R_work r_work	0.2520
R_free r_free	0.2850

Ternary Complex of SAP-1 and SRF with specific SRE DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SERUM RESPONSE FACTOR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

ETS-DOMAIN PROTEIN ELK-4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1hbx__assembly_2__model_1

1hbx__assembly_2__model_1 | I(q)

1hbx__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Ternary Complex of SAP-1 and SRF with specific SRE DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SERUM RESPONSE FACTOR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ETS-DOMAIN PROTEIN ELK-4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1hbx__assembly_2__model_1

1hbx__assembly_2__model_1 | I(q)

1hbx__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)