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1jqs

Fitting of L11 protein and elongation factor G (domain G' and V) in the cryo-em map of E. coli 70S ribosome bound with EF-G and GMPPCP, a nonhydrolysable GTP analog

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 89.3 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

50S Ribosomal protein L11

物种未注明

UniProt P29395

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–139 未记录 Elongation Factor G × 1 （P13551） Elongation Factor G × 1 （P13551） ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 18.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1JQS Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1EG0 FITTING OF COMPONENTS WITH KNOWN STRUCTURE INTO AN 11.5 A CRYO-EM MAP OF THE E.COLI 70S RIBOSOME 提交 2000-02-11 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：pentadecameric
链 K 1–140（140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM Hepes, 6 mM Mg(CH3COO)2 150 mM NH4Cl, 4 mM
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 11.50 Å
1JQM Fitting of L11 protein and elongation factor G (EF-G) in the cryo-em map of e. coli 70S ribosome bound with EF-G, GDP and fusidic acid 提交 2001-08-07 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–139（139 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
分辨率 18.00 Å
1JQT Fitting of L11 protein in the low resolution cryo-EM map of E.coli 70S ribosome 提交 2001-08-07 聚集状态不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–139（139 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 18.00 Å
1MMS Crystal structure of the ribosomal PROTEIN L11-RNA complex 提交 1999-04-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 1–140（140 aa）
未记录 CD CADMIUM ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 10 MMC METHYL MERCURY ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；25% GLYCEROL, 15% PEG 4000, 50 MM TRIS PH 7.5, 50 MM MGCL2, 20 MM CDCL2, 0.2 M KCL, 1 MM DITHIOTHREITOL, 4 DEGREES C, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.57 Å R-free 0.254
1MMS Crystal structure of the ribosomal PROTEIN L11-RNA complex 提交 1999-04-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 B 1–140（140 aa）
未记录 CD CADMIUM ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 9 MMC METHYL MERCURY ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；25% GLYCEROL, 15% PEG 4000, 50 MM TRIS PH 7.5, 50 MM MGCL2, 20 MM CDCL2, 0.2 M KCL, 1 MM DITHIOTHREITOL, 4 DEGREES C, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.57 Å R-free 0.254
1MVR Decoding Center & Peptidyl transferase center from the X-ray structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome, aligned to the low resolution Cryo-EM map of E.coli 70S Ribosome 提交 2002-09-26 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：octameric
链 L 1–140（140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 polymix buffer；pH 7.5；polymix buffer
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Rapid-freezing in liquid ethane
分辨率 12.80 Å
1OLN Model for thiostrepton antibiotic binding to L11 substrate from 50S ribosomal RNA 提交 2003-08-08 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 A 2–141（140 aa）
未记录 未记录非水小分子 实验方法未声明
NMR测量条件 pH 6.2；303 K；离子强度（mmCIF原始值）100 MM NACL, 5 MM MGCL2；压力 1
分辨率未提供
1PN7 Coordinates of S12, L11 proteins and P-tRNA, from the 70S X-ray structure aligned to the 70S Cryo-EM map of E.coli ribosome 提交 2003-06-12 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 L 7–139（133 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Rapid-freezing in liquid ethane
分辨率 10.80 Å
1PN8 Coordinates of S12, L11 proteins and E-site tRNA from 70S crystal structure separately fitted into the Cryo-EM map of E.coli 70S.EF-G.GDPNP complex. The atomic coordinates originally from the E-site tRNA were fitted in the position of the hybrid P/E-site tRNA. 提交 2003-06-12 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 L 7–139（133 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Rapid-freezing in liquid ethane
分辨率 10.80 Å
1R2W Coordinates of L11 with 58nts of 23S rRNA fitted into the cryo-EM map of the 70S ribosome 提交 2003-09-30 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 1–140（140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 Polymix buffer；pH 7.5；Polymix buffer
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Rapid freezing in liquid ethane
分辨率 9.00 Å
1R2X Coordinates of L11 with 58nts of 23S rRNA fitted into the cryo-EM map of EF-Tu ternary complex (GDP.Kirromycin) bound 70S ribosome 提交 2003-09-30 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 1–140（140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 Polymix buffer；pH 7.5；Polymix buffer
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Rapid freezing in liquid ethane
分辨率 9.00 Å
2BCW Coordinates of the N-terminal domain of ribosomal protein L11,C-terminal domain of ribosomal protein L7/L12 and a portion of the G' domain of elongation factor G, as fitted into cryo-em map of an Escherichia coli 70S*EF-G*GDP*fusidic acid complex 提交 2005-10-19 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 7–71（65 aa） 片段：N-terminal domain
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 20mM HEPES-KOH (pH 7.5), 6mM MgCl2, and 150 mM NH4Cl, 2mM spermidine, 0.4 mM spermine；pH 7.5；20mM HEPES-KOH (pH 7.5), 6mM MgCl2, and 150 mM NH4Cl, 2mM spermidine, 0.4 mM spermine
cryo-EM玻璃化条件 RAPID-FREEZING IN LIQUID ETHANE
分辨率 11.20 Å
2JQ7 Model for thiostrepton binding to the ribosomal L11-RNA 提交 2007-05-30 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 A 1–141（141 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.1；298 K；离子强度（mmCIF原始值）220；压力 1
NMR样品组成 0.3 MM [U-13C, U-15N U-2H] RIBOSOMAL PROTEIN L11, 0.3 MM RIBOSOMAL RNA, 0.3 MM THIOSTREPTON ANTIBIOTIC, 20 MM POTASSIUM PHOSPHATE, 200 MM POTASSIUM CHLORIDE, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
2K3F Ribosomal protein L11 from Thermotoga maritima 提交 2008-05-06 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–141（141 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.1；298 K；离子强度（mmCIF原始值）70；压力 ambient
NMR样品组成 1.2 mM [U-100% 15N] L11, 20 mM potassium phosphate, 50 mM potassium chloride, 10 % [U-100% 2H] D2O, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
487D SEVEN RIBOSOMAL PROTEINS FITTED TO A CRYO-ELECTRON MICROSCOPIC MAP OF THE LARGE 50S SUBUNIT AT 7.5 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 2000-02-23 构建体不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 L 8–140（133 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 7.50 Å
4V42 Crystal structure of the ribosome at 5.5 A resolution. 提交 2001-03-30 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：49-meric
链 BL 1–141（141 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 5.50 Å

共 15 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RL11_THEMA
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–139； UniProt 1–139

Elongation Factor G

物种未注明

UniProt P13551

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 220–251 链 C； UniProt 606–673 片段：;part of domain G' ; 片段：domain V 50S Ribosomal protein L11 × 1 （P29395） ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 18.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1JQS Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1EFG THE CRYSTAL STRUCTURE OF ELONGATION FACTOR G COMPLEXED WITH GDP, AT 2.7 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1994-10-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–691（691 aa）
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.8；277 K；pH 7.8, temperature 277K
分辨率 2.70 Å R-free 0.396
1FNM STRUCTURE OF THERMUS THERMOPHILUS EF-G H573A 提交 2000-08-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–691（691 aa）
突变：H573A MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；293 K；PEG 8000 (Fluka), guanosine 5'-diphophate, magnesium chloride , pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
分辨率 2.80 Å R-free 0.295
1JQM Fitting of L11 protein and elongation factor G (EF-G) in the cryo-em map of e. coli 70S ribosome bound with EF-G, GDP and fusidic acid 提交 2001-08-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–691（691 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
分辨率 18.00 Å
1KTV Crystal Structure of Elongation Factor G Dimer Without Nucleotide 提交 2002-01-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–691（691 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；293 K；PEG 8000, HEPES, Tris, Dithiothreitol, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.80 Å R-free 0.374
1KTV Crystal Structure of Elongation Factor G Dimer Without Nucleotide 提交 2002-01-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–691（691 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；293 K；PEG 8000, HEPES, Tris, Dithiothreitol, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.80 Å R-free 0.374
1PN6 Domain-wise fitting of the crystal structure of T.thermophilus EF-G into the low resolution map of the release complex.Puromycin.EFG.GDPNP of E.coli 70S ribosome. 提交 2003-06-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–691（691 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Rapid-freezing in liquid ethane
分辨率 10.80 Å
2BCW Coordinates of the N-terminal domain of ribosomal protein L11,C-terminal domain of ribosomal protein L7/L12 and a portion of the G' domain of elongation factor G, as fitted into cryo-em map of an Escherichia coli 70S*EF-G*GDP*fusidic acid complex 提交 2005-10-19 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 200–257（58 aa） 片段：;A portion of G' domain' ;
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 20mM HEPES-KOH (pH 7.5), 6mM MgCl2, and 150 mM NH4Cl, 2mM spermidine, 0.4 mM spermine；pH 7.5；20mM HEPES-KOH (pH 7.5), 6mM MgCl2, and 150 mM NH4Cl, 2mM spermidine, 0.4 mM spermine
cryo-EM玻璃化条件 RAPID-FREEZING IN LIQUID ETHANE
分辨率 11.20 Å
2BM0 Ribosomal elongation factor G (EF-G) Fusidic acid resistant mutant T84A 提交 2005-03-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–691（691 aa）
突变：YES GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.3；17% PEG 8000 100 MM HEPES 46 MM TRIS-HCL PH 7.3
分辨率 2.40 Å R-free 0.274
2BM1 Ribosomal elongation factor G (EF-G) Fusidic acid resistant mutant G16V 提交 2005-03-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–691（691 aa）
突变：YES GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.3；17 % PEG8000 100 MM HEPES 46 MM TRIS-HCL PH 7.3 10 MM MAGNESIUM CHLORIDE
分辨率 2.60 Å R-free 0.297
2BV3 Crystal structure of a mutant elongation factor G trapped with a GTP analogue 提交 2005-06-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–691（691 aa）
突变：YES GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.3；17 % PEG8000, 10 MM MGCL2, 100 MM GDPNP, 46 MM TRIS, 100 MM HEPES, pH 7.30
分辨率 2.50 Å R-free 0.270
2EFG TRANSLATIONAL ELONGATION FACTOR G COMPLEXED WITH GDP 提交 1998-09-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–691（691 aa）
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；18% W/V PEG8000, 20MM TRIS-HCL, 20MM AMMONIUM ACETATE, 2MM DTT, 1MM SODIUM AZIDE, 1MM GDP, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.60 Å R-free 0.279
2J7K Crystal structure of the T84A mutant EF-G:GDPCP complex 提交 2006-10-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–691（691 aa）
突变：YES GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.3；17 % PEG8000 100 MM HEPES 46 MM TRIS 10 MM MGCL2 10 MM GDPCP, pH 7.3
分辨率 2.90 Å R-free 0.288
2OM7 Structural Basis for Interaction of the Ribosome with the Switch Regions of GTP-bound Elongation Factors 提交 2007-01-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetradecameric
链 L 1–691（691 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 0.3 mM GMPPNP, 10 mM Hepes-KOH (pH 7.8), 10 mM Mg acetate, 60 mM NH4Cl, and 6 mM B-mercaptoethanol；pH 7.8；0.3 mM GMPPNP, 10 mM Hepes-KOH (pH 7.8), 10 mM Mg acetate, 60 mM NH4Cl, and 6 mM B-mercaptoethanol
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.30 Å
3IZP Conformation of EF-G during translocation 提交 2010-11-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 E 1–688（688 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；5 mM potassium phosphate, 5 mM magnesium acetate, 5 mM ammonium chloride, 95 mM potassium chloride, 0.5 mM calcium chloride, 8 mM putrescine, 1 mM spermidine, and 1 mM dithioerythritol
cryo-EM玻璃化条件 two-face blotting for 1 second；90 K；冷冻剂 ETHANE
分辨率未提供
4M1K Crystal structure of elongation factor G (EFG) 提交 2013-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–691（691 aa）
突变：Q500L MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；5mM Tris-HCl (pH 7.6), 10mM MgCl2, 5mM GDP, 20-23% PEG8000, 0.1M Tris-Cl PH7.5-7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 2.95 Å R-free 0.292
4MYT Crystal structure of elongation factor G (EFG) 提交 2013-09-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–691（691 aa）
突变：E579A MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；5 mM Tris-HCl (pH 7.6), 10mM MgCl2, 5mM GDP, 20-23% PEG 8000, 0.1M Tris-Cl (PH 7.5-7.6), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 3.50 Å R-free 0.308
4MYU Crystal structure of elongation factor G mutant(EFG) 提交 2013-09-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–691（691 aa）
突变：H573K MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；5mM Tris-HCl (pH 7.6), 10mM MgCl2, 5mM GDP, 20-23% PEG 8000, 0.1M Tris-Cl (PH 7.5-7.6), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 3.00 Å R-free 0.271

共 16 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EFG_THETH
Isoform —
PDB实体 2, 3
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–32； UniProt 220–251 作者链 C； PDB构建体 1–68； UniProt 606–673

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1jqs

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1jqs
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1jqs
沉积日期 deposition_date2001-08-07
结构标题 titleFitting of L11 protein and elongation factor G (domain G' and V) in the cryo-em map of E. coli 70S ribosome bound with EF-G and GMPPCP, a nonhydrolysable GTP analog
关键词 keywordsL11, EF-G, cryo-EM, 70S E.coli ribosome, GTP state, RIBOSOME; RIBOSOME
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.79 Å
零角强度 I(0) i010000500.00
分子量 molecular_weight25500.0 kDa
排除体积 excluded_volume31514 ų
包络体积 envelope_volume27351 ų
水化壳体积 shell_volume10463 ų
包络直径 envelope_diameter91.0 Å
壳层 Rg shell_rg27.84 Å
包络 Rg envelope_rg26.12 Å
形状 Rg shape_rg27.66 Å
总 Rg total_rg27.80 Å
总原子数 total_atoms—
残基数 n_residues—
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax89.3 Å
Rg (实空间) rg_real28.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.68 Å
I(0) (实空间) i0_real1.0000e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3830e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.12 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal10000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8037
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary39.2 Å
偏度 Skewness skewness0.326
峰度 Kurtosis kurtosis-0.486
角度范围 angular_range— – 0.2850 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha400300.0000
实空间数据点数 n_real_points58
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.650; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.646; Smooth: 0.854
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd1jqsa_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamilyi.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family familyi.1.1.1 — Ribosome complexes
结构域编号 domain_idd1jqsb_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamilyi.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family familyi.1.1.1 — Ribosome complexes
结构域编号 domain_idd1jqsc_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamilyi.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family familyi.1.1.1 — Ribosome complexes
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8. 引用文献 (6)

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9. 文件与曲线 (10)