1jvm

KCSA POTASSIUM CHANNEL WITH TBA (TETRABUTYLAMMONIUM) AND RUBIDIUM

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 67.5 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Voltage-gated potassium channel

Streptomyces lividans

UniProt P0A334

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–125 链 B; UniProt 1–125 链 C; UniProt 1–125 链 D; UniProt 1–125 片段:Residues 1-125 突变:P2A,L90C RB RUBIDIUM ION × 3 TBA TETRABUTYLAMMONIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293 K;PEG400,calcium chloride, Hepes, potassium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 2.80 Å R-free 0.302
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–125 链 B; UniProt 1–125 链 C; UniProt 1–125 链 D; UniProt 1–125 片段:Residues 1-125 突变:P2A,L90C RB RUBIDIUM ION × 6 TBA TETRABUTYLAMMONIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293 K;PEG400,calcium chloride, Hepes, potassium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 2.80 Å R-free 0.302

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 86 个其他 PDB 条目、95 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KCSA_STRLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–125; UniProt 1–125 作者链 B; PDB构建体 1–125; UniProt 1–125 作者链 C; PDB构建体 1–125; UniProt 1–125 作者链 D; PDB构建体 1–125; UniProt 1–125

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1jvm

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1jvm
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1jvm
沉积日期 deposition_date2001-08-30
结构标题 titleKCSA POTASSIUM CHANNEL WITH TBA (TETRABUTYLAMMONIUM) AND RUBIDIUM
关键词 keywordsMEMBRANE PROTEIN, POTASSIUM CHANNEL, METAL TRANSPORT; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.68
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.52
零角强度 I(0) i023084600.00
分子量 molecular_weight40195.0 kDa
排除体积 excluded_volume51732 ų
包络体积 envelope_volume58172 ų
水化壳体积 shell_volume23233 ų
包络直径 envelope_diameter68.6
壳层 Rg shell_rg27.72
包络 Rg envelope_rg21.01
形状 Rg shape_rg20.58
总 Rg total_rg21.34
总原子数 total_atoms2834
残基数 n_residues394
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax67.5
Rg (实空间) rg_real21.59
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.35
I(0) (实空间) i0_real2.3080e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.8140e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.61
I(0) (倒空间) i0_reciprocal23080000.0000
解质量估计 total_estimate0.9081
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.2
偏度 Skewness skewness0.210
峰度 Kurtosis kurtosis-0.439
角度范围 angular_range— – 0.3650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5454000.0000
实空间数据点数 n_real_points68
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.936; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.992

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1jvma_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.14 — Gated ion channels
超家族 Superfamily superfamilyf.14.1 — Voltage-gated ion channels
家族 Family familyf.14.1.1 — Voltage-gated potassium channels
结构域编号 domain_idd1jvmb_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.14 — Gated ion channels
超家族 Superfamily superfamilyf.14.1 — Voltage-gated ion channels
家族 Family familyf.14.1.1 — Voltage-gated potassium channels
结构域编号 domain_idd1jvmc_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.14 — Gated ion channels
超家族 Superfamily superfamilyf.14.1 — Voltage-gated ion channels
家族 Family familyf.14.1.1 — Voltage-gated potassium channels
结构域编号 domain_idd1jvmd_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.14 — Gated ion channels
超家族 Superfamily superfamilyf.14.1 — Voltage-gated ion channels
家族 Family familyf.14.1.1 — Voltage-gated potassium channels

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1jvmA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70
结构域编号 domain_id1jvmB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70
结构域编号 domain_id1jvmC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70
结构域编号 domain_id1jvmD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)