SAXSdb — 1k6o

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ETS-domain protein ELK-4

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 3 DNA 2 PDB 声明：pentameric（5）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–93	片段：1-93	5'-D(CPAPCPAPGPGPAPTPGPTPCPCPAPTPAPTPTPAPGPGPAPCPA)-3' × 1 5'-D(TPGPTPCPCPTPAPAPTPAPTPGPGPAPCPAPTPCPCPTPGPTPG)-3' × 1 Serum response factor × 2 （P11831）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；PEG 2000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.19 Å R-free 0.276

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1K6O	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BC7 SERUM RESPONSE FACTOR ACCESSORY PROTEIN 1A (SAP-1)/DNA COMPLEX 提交 1998-05-05	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 C 1–93（93 aa）片段：ETS DOMAIN, RESIDUES 1-93	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；pH 5.8	分辨率 2.01 Å R-free 0.286
1BC8 STRUCTURES OF SAP-1 BOUND TO DNA SEQUENCES FROM THE E74 AND C-FOS PROMOTERS PROVIDE INSIGHTS INTO HOW ETS PROTEINS DISCRIMINATE BETWEEN RELATED DNA TARGETS 提交 1998-05-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 C 1–93（93 aa）片段：ETS DOMAIN, RESIDUES 1-93	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；50 MM NA CACODYLATE (PH 6.0), 5.0% PEG8000, 20 MM ZINC ACETATE	分辨率 1.93 Å R-free 0.277
1HBX Ternary Complex of SAP-1 and SRF with specific SRE DNA 提交 2001-04-20	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 G 2–156（155 aa）片段：RESIDUES 2-156	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；PEG 1500, NH4NO3, BIS-TRIS BUFFER, DTT, pH 6.50	分辨率 3.15 Å R-free 0.285
1HBX Ternary Complex of SAP-1 and SRF with specific SRE DNA 提交 2001-04-20	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 H 2–156（155 aa）片段：RESIDUES 2-156	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；PEG 1500, NH4NO3, BIS-TRIS BUFFER, DTT, pH 6.50	分辨率 3.15 Å R-free 0.285

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ELK4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–93； UniProt 1–93

Serum response factor

Homo sapiens

UniProt P11831

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 3 DNA 2 PDB 声明：pentameric（5）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 133–235 链 C； UniProt 133–235	片段：133-235	5'-D(CPAPCPAPGPGPAPTPGPTPCPCPAPTPAPTPTPAPGPGPAPCPA)-3' × 1 5'-D(TPGPTPCPCPTPAPAPTPAPTPGPGPAPCPAPTPCPCPTPGPTPG)-3' × 1 ETS-domain protein ELK-4 × 1 （P28324）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；PEG 2000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.19 Å R-free 0.276

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1K6O	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1HBX Ternary Complex of SAP-1 and SRF with specific SRE DNA 提交 2001-04-20	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 132–223（92 aa）片段：CORE RESIDUES 132-223 链 B 132–223（92 aa）片段：CORE RESIDUES 132-223	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；PEG 1500, NH4NO3, BIS-TRIS BUFFER, DTT, pH 6.50	分辨率 3.15 Å R-free 0.285
1HBX Ternary Complex of SAP-1 and SRF with specific SRE DNA 提交 2001-04-20	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 D 132–223（92 aa）片段：CORE RESIDUES 132-223 链 E 132–223（92 aa）片段：CORE RESIDUES 132-223	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；PEG 1500, NH4NO3, BIS-TRIS BUFFER, DTT, pH 6.50	分辨率 3.15 Å R-free 0.285
1SRS SERUM RESPONSE FACTOR (SRF) CORE COMPLEXED WITH SPECIFIC SRE DNA 提交 1995-07-28	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 87–178（92 aa）链 B 87–178（92 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.00K	分辨率 3.20 Å

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SRF_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–103； UniProt 133–235 作者链 C； PDB构建体 1–103； UniProt 133–235

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1k6o
沉积日期 deposition_date	2001-10-16
结构标题 title	Crystal Structure of a Ternary SAP-1/SRF/c-fos SRE DNA Complex
关键词 keywords	;PROTEIN-DNA COMPLEX, TRANSCRIPTION FACTOR, COMBINATORIAL GENE REGULATION, ETS PROTEINS, MADS-BOX PROTEINS, TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX ;; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.55 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.32 Å
零角强度 I(0) i0	42879100.00
分子量 molecular_weight	42863.0 kDa
排除体积 excluded_volume	50316 Å³
包络体积 envelope_volume	63995 Å³
水化壳体积 shell_volume	22938 Å³
包络直径 envelope_diameter	82.2 Å
壳层 Rg shell_rg	30.39 Å
包络 Rg envelope_rg	24.37 Å
形状 Rg shape_rg	24.32 Å
总 Rg total_rg	24.93 Å
总原子数 total_atoms	2957
残基数 n_residues	304
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	79.8 Å
Rg (实空间) rg_real	24.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.2880e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.1960e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.62 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	42880000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8894
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.409
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.368
角度范围 angular_range	— – 0.3250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5764000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.906; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.920; Smooth: 0.920

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(CPAPCPAPGPGPAPTPGPTPCPCPAPTPAPTPTPAPGPGPAPCP*A)-3'
分子量 formula_weight	7073.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D
原子数 atom_count	2957

CACAGGATGTCCATATTAGGACA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(TPGPTPCPCPTPAPAPTPAPTPGPGPAPCPAPTPCPCPTPGPTP*G)-3'
分子量 formula_weight	7046.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

TGTCCTAATATGGACATCCTGTG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	ETS-domain protein ELK-4
分子量 formula_weight	11219.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MDSAITLWQFLLQLLQKPQNKHMICWTSNDGQFKLLQAEEVARLWGIRKNKPNMNYDKLSRALRYYYVKNIIKKVNGQKFVYKFVSYPEILNM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Serum response factor
分子量 formula_weight	11553.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C

GAKPGKKTRGRVKIKMEFIDNKLRRYTTFSKRKTGIMKKAYELSTLTGTQVLLLVASETGHVYTFATRKLQPMITSETGKALIQTCLNSPDSPPRSDPTTDQR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1k6oa_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.21 — ets domain

结构域编号 domain_id	d1k6ob_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.88 — SRF-like
超家族 Superfamily superfamily	d.88.1 — SRF-like
家族 Family family	d.88.1.1 — SRF-like

结构域编号 domain_id	d1k6oc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.88 — SRF-like
超家族 Superfamily superfamily	d.88.1 — SRF-like
家族 Family family	d.88.1.1 — SRF-like

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1k6oA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	1k6oB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1810 — SRF-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transcription factor, MADS-box

结构域编号 domain_id	1k6oC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1810 — SRF-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transcription factor, MADS-box

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	161.784 Å
晶胞边长 b length_b	161.784 Å
晶胞边长 c length_c	41.224 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 63
空间群编号 int_tables_number	173
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.190 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2700
R_work r_work	0.2204
R_free r_free	0.2757

fit	/app/data/saxs_computation/k6/1k6o/1k6o.fit
pddf	/app/data/pr_computation/k6/1k6o/1k6o.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/k6/1k6o/1k6o.dat

Crystal Structure of a Ternary SAP-1/SRF/c-fos SRE DNA Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ETS-domain protein ELK-4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Serum response factor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)