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1kat

Solution Structure of a Phage-Derived Peptide Antagonist in Complex with Vascular Endothelial Growth Factor

Method: SOLUTION NMR Dmax: 74.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vascular Endothelial Growth Factor

Homo sapiens

UniProt P15692

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 V； UniProt 37–135 链 W； UniProt 37–135 片段：Receptor Binding Domain Phage-Derived Peptide Antagonist × 2 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；308 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM sodium chloride, 20 sodium phosphate；压力 1 NMR测量条件：pH 7；318 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM sodium chloride, 20 sodium phosphate；压力 1 NMR测量条件：pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM sodium chloride, 20 sodium phosphate；压力 1 NMR样品组成：0.6mM U-13C/15N labeled v107 + 0.45 mM unlabeled VEGF Dimer; 50mM sodium chloride, 20mM phosphate buffer, 0.002% sodium azide | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：0.6mM U-13C/15N labeled v107 + 0.45 mM unlabeled VEGF Dimer; 50mM sodium chloride, 20mM phosphate buffer, 0.002% sodium azide | 100% D2O NMR样品组成：1.0mM U-13C/15N labeled VEGF dimer + 2.25 mM unlabeled v107; 50mM sodium chloride, 20mM phosphate buffer, 0.002% sodium azide | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：1.0mM U-13C/15N labeled VEGF dimer + 2.25 mM unlabeled v107; 50mM sodium chloride, 20mM phosphate buffer, 0.002% sodium azide | 100% D2O NMR样品组成：0.6mM U-13C/15N labeled v107 + 0.45 mM unlabeled VEGF Dimer; 50mM sodium chloride, 20mM phosphate buffer, 0.002% sodium azide, 15mg/ml pf1 phage | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：1.0mM U-13C/15N labeled VEGF Dimer + 2.25 mM unlabeled v107; 50mM sodium chloride, 20mM phosphate buffer, 0.002% sodium azide, 15mg/ml pf1 phage | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1KAT Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BJ1 VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR IN COMPLEX WITH A NEUTRALIZING ANTIBODY 提交 1998-06-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 V 214–315（102 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN
链 W 214–315（102 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0
分辨率 2.40 Å R-free 0.266
1CZ8 VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR IN COMPLEX WITH AN AFFINITY MATURED ANTIBODY 提交 1999-09-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 V 40–133（94 aa） 片段：RECEPTOR BINDING FRAGMENT
链 W 40–133（94 aa） 片段：RECEPTOR BINDING FRAGMENT
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；PEG 4000, ISOPROPANOL, AMMONIUM SULFATE, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.40 Å R-free 0.267
1FLT VEGF IN COMPLEX WITH DOMAIN 2 OF THE FLT-1 RECEPTOR 提交 1997-11-20 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 V 38–135（98 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 8 - 109
链 W 38–135（98 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 8 - 109
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.261
1FLT VEGF IN COMPLEX WITH DOMAIN 2 OF THE FLT-1 RECEPTOR 提交 1997-11-20 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 V 38–135（98 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 8 - 109
链 W 38–135（98 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 8 - 109
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.261
1KMX Heparin-binding Domain from Vascular Endothelial Growth Factor 提交 2001-12-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 137–191（55 aa） 片段：heparin-binding domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）25 mM sodium acetate; 50 mM sodium chloride；压力 ambient
NMR测量条件 pH 5.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）25 mM sodium acetate; 50 mM sodium chloride；压力 ambient
NMR测量条件 pH 5.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）25 mM sodium acetate; 50 mM sodium chloride；压力 ambient
NMR测量条件 pH 5.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）25 mM sodium acetate; 50 mM sodium chloride；压力 ambient
NMR样品组成 2.0 mM VEGF heparin-binding domain; 25 mM sodium acetate; 50 mM sodium chloride, 0.02% sodium azide | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 2.0 mM VEGF heparin-binding domain U-15N; 25 mM sodium acetate; 50 mM sodium chloride, 0.02% sodium azide | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 2.0 mM VEGF heparin-binding domain U-15N; 25 mM sodium acetate; 50 mM sodium chloride, 0.02% sodium azide | 99.9% D2O
NMR样品组成 0.6 mM VEGF heparin-binding domain U-15N; 25 mM sodium acetate; 50 mM sodium chloride; 0.02% sodium azide | 4:1:0.2 ditridecanoyl-phosphatidylcholine/dihexanoyl-phosphatidylcholine/cetyltrimethylammonium bromide, 5% w/v total lipid in 90% H2O, 10% D2O
分辨率未提供
1MJV DISULFIDE DEFICIENT MUTANT OF VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR A (C51A and C60A) 提交 2002-08-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 40–134（95 aa） 片段：Residues 40-134, Sequence Database
链 B 40–134（95 aa） 片段：Residues 40-134, Sequence Database
突变：C51A,C60A 突变：C51A,C60A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；Na-Citrate, isopropanol, PEG4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.10 Å R-free 0.248
1MKG DISULFIDE DEFICIENT MUTANT OF VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR A (C57A and C102A) 提交 2002-08-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 40–134（95 aa） 片段：Residues 40-134, sequence database
链 B 40–134（95 aa） 片段：Residues 40-134, sequence database
突变：C57A,C102A 突变：C57A,C102A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；Na-formate 2.0 M, Na-acetate 0.1 M, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.288
1MKG DISULFIDE DEFICIENT MUTANT OF VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR A (C57A and C102A) 提交 2002-08-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 40–134（95 aa） 片段：Residues 40-134, sequence database
链 D 40–134（95 aa） 片段：Residues 40-134, sequence database
突变：C57A,C102A 突变：C57A,C102A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；Na-formate 2.0 M, Na-acetate 0.1 M, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.288
1MKG DISULFIDE DEFICIENT MUTANT OF VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR A (C57A and C102A) 提交 2002-08-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 40–134（95 aa） 片段：Residues 40-134, sequence database
链 B 40–134（95 aa） 片段：Residues 40-134, sequence database
链 C 40–134（95 aa） 片段：Residues 40-134, sequence database
链 D 40–134（95 aa） 片段：Residues 40-134, sequence database
突变：C57A,C102A 突变：C57A,C102A 突变：C57A,C102A 突变：C57A,C102A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；Na-formate 2.0 M, Na-acetate 0.1 M, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.288
1MKK Disulfide deficient mutant of vascular endothelial growth factor A (C61A and C104A) 提交 2002-08-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 40–134（95 aa） 片段：Residues 40-134, sequence database
链 B 40–134（95 aa） 片段：Residues 40-134, sequence database
突变：C61A,C104A 突变：C61A,C104A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；isopropanol, PEG4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.32 Å R-free 0.195
1QTY VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR IN COMPLEX WITH DOMAIN 2 OF THE FLT-1 RECEPTOR 提交 1999-06-29 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 V 34–135（102 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN
链 W 34–135（102 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 4000, AMMONIUMSULFATE, TRIS , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.70 Å R-free 0.284
1QTY VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR IN COMPLEX WITH DOMAIN 2 OF THE FLT-1 RECEPTOR 提交 1999-06-29 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 R 34–135（102 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN
链 S 34–135（102 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 4000, AMMONIUMSULFATE, TRIS , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.70 Å R-free 0.284
1QTY VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR IN COMPLEX WITH DOMAIN 2 OF THE FLT-1 RECEPTOR 提交 1999-06-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 R 34–135（102 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN
链 S 34–135（102 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN
链 V 34–135（102 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN
链 W 34–135（102 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 4000, AMMONIUMSULFATE, TRIS , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.70 Å R-free 0.284
1TZH Crystal Structure of the Fab YADS1 Complexed with h-VEGF 提交 2004-07-09 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 V 34–135（102 aa）
链 W 34–135（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；PEG 3350, ammonium sulfate, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.60 Å R-free 0.271
1TZI Crystal Structure of the Fab YADS2 Complexed with h-VEGF 提交 2004-07-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 V 34–135（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；292 K；LITHIUM CHLORIDE, PEG 6000, MES, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.80 Å R-free 0.254
1VGH HEPARIN-BINDING DOMAIN FROM VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR, NMR, 20 STRUCTURES 提交 1997-12-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 161–215（55 aa） 片段：HEPARIN-BINDING DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.5；300 K
分辨率未提供
1VPF STRUCTURE OF HUMAN VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR 提交 1997-04-08 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 34–135（102 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 8 - 109
链 B 34–135（102 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 8 - 109
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.6
分辨率 2.50 Å R-free 0.297
1VPF STRUCTURE OF HUMAN VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR 提交 1997-04-08 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 34–135（102 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 8 - 109
链 D 34–135（102 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 8 - 109
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.6
分辨率 2.50 Å R-free 0.297
1VPP COMPLEX BETWEEN VEGF AND A RECEPTOR BLOCKING PEPTIDE 提交 1998-10-09 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 V 34–135（102 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN
链 W 34–135（102 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5
分辨率 1.90 Å R-free 0.270
2QR0 Structure of VEGF complexed to a Fab containing TYR and SER in the CDRs 提交 2007-07-27 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 39–135（97 aa）
链 D 39–135（97 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.50 Å R-free 0.312
2QR0 Structure of VEGF complexed to a Fab containing TYR and SER in the CDRs 提交 2007-07-27 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 I 39–135（97 aa）
链 J 39–135（97 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.50 Å R-free 0.312
2QR0 Structure of VEGF complexed to a Fab containing TYR and SER in the CDRs 提交 2007-07-27 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 O 39–135（97 aa）
链 P 39–135（97 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.50 Å R-free 0.312
2QR0 Structure of VEGF complexed to a Fab containing TYR and SER in the CDRs 提交 2007-07-27 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 U 39–135（97 aa）
链 V 39–135（97 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.50 Å R-free 0.312
2VGH HEPARIN-BINDING DOMAIN FROM VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1997-12-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 137–215（79 aa） 片段：HEPARIN-BINDING DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.5；300 K
分辨率未提供
2VPF VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR REFINED TO 1.93 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1997-07-29 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 34–135（102 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 8 - 109
链 D 34–135（102 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 8 - 109
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；HANGING DROP, CRYSTALLIZED FROM 14 % PEG3350, 10% ISOPROPANOL, 0.2 M AMMONIUM ACETATE PH 5.6, vapor diffusion - hanging drop
分辨率 1.93 Å R-free 0.272
2VPF VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR REFINED TO 1.93 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1997-07-29 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 34–135（102 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 8 - 109
链 B 34–135（102 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 8 - 109
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；HANGING DROP, CRYSTALLIZED FROM 14 % PEG3350, 10% ISOPROPANOL, 0.2 M AMMONIUM ACETATE PH 5.6, vapor diffusion - hanging drop
分辨率 1.93 Å R-free 0.272
2VPF VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR REFINED TO 1.93 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1997-07-29 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 34–135（102 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 8 - 109
链 F 34–135（102 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 8 - 109
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；HANGING DROP, CRYSTALLIZED FROM 14 % PEG3350, 10% ISOPROPANOL, 0.2 M AMMONIUM ACETATE PH 5.6, vapor diffusion - hanging drop
分辨率 1.93 Å R-free 0.272
2VPF VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR REFINED TO 1.93 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1997-07-29 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 34–135（102 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 8 - 109
链 H 34–135（102 aa） 片段：RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 8 - 109
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；HANGING DROP, CRYSTALLIZED FROM 14 % PEG3350, 10% ISOPROPANOL, 0.2 M AMMONIUM ACETATE PH 5.6, vapor diffusion - hanging drop
分辨率 1.93 Å R-free 0.272
3BDY Dual specific bH1 Fab in complex with VEGF 提交 2007-11-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 V 34–135（102 aa） 片段：sequence database residues 27-135
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；292 K；For crystallization of the Fab/VEGF (8-109) complex, equal volumes of protein complex solution (10.6 mg/ml protein, 300 mM NaCl, 25 mM Tris-HCl pH 7.5) and crystallization buffer containing 0.15 D, L Malic Acid pH 7.0, 20% PEG3350 were mixed and equilibrated at 19 C. Prior to data collection the crystals were cryo-protected by transfer between drops containing 5%, 10% and 15% Glycerol in artificial mother liquor, followed by flash freeze in liquid nitrogen, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
分辨率 2.60 Å R-free 0.252
3P9W Crystal structure of an engineered human autonomous VH Domain in complex with VEGF 提交 2010-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 35–138（104 aa） 片段：unp residues 7-110
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；10 %(w/v) PEG 4000, 20 %(w/v) Isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.41 Å R-free 0.233
3P9W Crystal structure of an engineered human autonomous VH Domain in complex with VEGF 提交 2010-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 35–138（104 aa） 片段：unp residues 7-110
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；10 %(w/v) PEG 4000, 20 %(w/v) Isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.41 Å R-free 0.233
3P9W Crystal structure of an engineered human autonomous VH Domain in complex with VEGF 提交 2010-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 35–138（104 aa） 片段：unp residues 7-110
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；10 %(w/v) PEG 4000, 20 %(w/v) Isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.41 Å R-free 0.233
3P9W Crystal structure of an engineered human autonomous VH Domain in complex with VEGF 提交 2010-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 35–138（104 aa） 片段：unp residues 7-110
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；10 %(w/v) PEG 4000, 20 %(w/v) Isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.41 Å R-free 0.233
3QTK The crystal structure of chemically synthesized VEGF-A 提交 2011-02-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 34–135（102 aa） 片段：UNP residues 34-135
链 D 34–135（102 aa） 片段：UNP residues 34-135
未记录 ACT ACETATE ION × 2 TFA trifluoroacetic acid × 4 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；292 K；45% v/v MPD, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 1.85 Å R-free 0.223
3QTK The crystal structure of chemically synthesized VEGF-A 提交 2011-02-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 34–135（102 aa） 片段：UNP residues 34-135
链 C 34–135（102 aa） 片段：UNP residues 34-135
未记录 ACT ACETATE ION × 3 TFA trifluoroacetic acid × 1 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；292 K；45% v/v MPD, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 1.85 Å R-free 0.223
3QTK The crystal structure of chemically synthesized VEGF-A 提交 2011-02-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 34–135（102 aa） 片段：UNP residues 34-135
链 F 34–135（102 aa） 片段：UNP residues 34-135
未记录 ACT ACETATE ION × 3 TFA trifluoroacetic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；292 K；45% v/v MPD, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 1.85 Å R-free 0.223
3S1B The Development of Peptide-based Tools for the Analysis of Angiogenesis 提交 2011-05-14 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 V 38–133（96 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；289 K；0.1 M NaOAc, 0.02 M CaCl2, MPD 30.0% v/v, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 289K
分辨率 2.90 Å R-free 0.251
3S1K The Development of Peptide-based Tools for the Analysis of Angiogenesis 提交 2011-05-15 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 V 34–135（102 aa）
链 W 34–135（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.2 M KI, 0.1 M MES, PEG 4000 25.0% v/v, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 289K
分辨率 2.55 Å R-free 0.271
3V2A VEGFR-2/VEGF-A COMPLEX STRUCTURE 提交 2011-12-12 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 27–140（114 aa） 片段：UNP residues 27-140
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M NaCl, 1.6 M ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.20 Å R-free 0.300
4DEQ Structure of the Neuropilin-1/VEGF-A complex 提交 2012-01-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 183–232（50 aa） 片段：Neuropilin b1 domain/VEGF-A Heparin Binding Domain
链 B 183–232（50 aa） 片段：Neuropilin b1 domain/VEGF-A Heparin Binding Domain
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；1.5M Na/K phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.65 Å R-free 0.267
4DEQ Structure of the Neuropilin-1/VEGF-A complex 提交 2012-01-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 183–232（50 aa） 片段：Neuropilin b1 domain/VEGF-A Heparin Binding Domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；1.5M Na/K phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.65 Å R-free 0.267
4DEQ Structure of the Neuropilin-1/VEGF-A complex 提交 2012-01-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 183–232（50 aa） 片段：Neuropilin b1 domain/VEGF-A Heparin Binding Domain
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；1.5M Na/K phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.65 Å R-free 0.267
4GLN Crystal Structure of Chemically Synthesized Heterochiral {D-Protein Antagonist plus VEGF-A} Protein Complex in space group P21/n 提交 2012-08-14 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 34–135（102 aa）
链 F 34–135（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；292 K；Proteins were dissolved in 0.01 M HEPES, 50 mM NaCl at pH 8.4 and crystallized against reservoir containing 0.1 M MgCl2, 0.1 M HEPES, 12.5% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 1.60 Å R-free 0.264
4GLS Crystal Structure of Chemically Synthesized Heterochiral {D-Protein Antagonist plus VEGF-A} Protein Complex in space group P21 提交 2012-08-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 E 34–135（102 aa）
链 F 34–135（102 aa）
未记录 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；292 K；Proteins were dissolved in 0.01 M HEPES, 50 mM NaCl at pH 8.4 and crystallized against reservoir containing 0.1 M MgCl2, 0.1 M HEPES, 12.5% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 1.60 Å R-free 0.231
4KZN crystal structure of human VEGF-A receptor binding domain 提交 2013-05-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 39–135（97 aa） 片段：receptor binding domain, UNP residues 39-135
未记录 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；Li2SO4, PEG200, Tris buffer, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 1.71 Å R-free 0.218
4QAF Crystal structure of an engineered lipocalin (Anticalin) in complex with VEGF(8-109) 提交 2014-05-04 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 34–135（102 aa） 片段：UNP residues 34-135
链 D 34–135（102 aa） 片段：UNP residues 34-135
未记录 OMA 10-{(1R,2R)-2-[(2E)-hex-2-en-1-yl]cyclopropyl}decanoic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 3 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.5；293 K；1 M sodium chloride, 0.2 M lithium sulfate, 7.5% w/v dextran sulfate, pH 3.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.80 Å R-free 0.242
4WPB Vascular endothelial growth factor in complex with alpha/beta-VEGF-1 提交 2014-10-17 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 214–315（102 aa）
链 B 214–315（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1 M magnesium formate dihydrate, 15% (w/v) PEG3350, 30% (v/v) glycerol
分辨率 3.11 Å R-free 0.298
4ZFF Dual-acting Fab 5A12 in complex with VEGF 提交 2015-04-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 217–315（99 aa） 片段：UNP residues 217-315
链 D 217–315（99 aa） 片段：UNP residues 217-315
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；292 K；0.1 M Tris pH 8.0, 2.0 M ammonium sulfate, 0.3 M NDSB-195
分辨率 2.75 Å R-free 0.238
5DN2 Human NRP2 b1 domain in complex with the peptide corresponding to the C-terminus of VEGF-A 提交 2015-09-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 205–232（28 aa） 片段：VEGF-A165-HBD, UNP residues 205-232
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；289 K；10% PEG20000, 0.1M Bicine, 2% v/v dioxane
分辨率 1.95 Å R-free 0.234
5DN2 Human NRP2 b1 domain in complex with the peptide corresponding to the C-terminus of VEGF-A 提交 2015-09-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 205–232（28 aa） 片段：VEGF-A165-HBD, UNP residues 205-232
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；289 K；10% PEG20000, 0.1M Bicine, 2% v/v dioxane
分辨率 1.95 Å R-free 0.234
5DN2 Human NRP2 b1 domain in complex with the peptide corresponding to the C-terminus of VEGF-A 提交 2015-09-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 205–232（28 aa） 片段：VEGF-A165-HBD, UNP residues 205-232
未记录 DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；289 K；10% PEG20000, 0.1M Bicine, 2% v/v dioxane
分辨率 1.95 Å R-free 0.234
5FV1 Crystal structure of hVEGF in complex with VK domain antibody 提交 2016-02-02 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 V 27–136（110 aa） 片段：VEGF RESIDUES 27-136
链 W 27–136（110 aa） 片段：VEGF RESIDUES 27-136
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；277 K；20% PEG3350, 0.1M BIS TRIS PROPANE PH 8.5, 0.2M NA CITRATE 4C
分辨率 2.70 Å R-free 0.261
5FV2 Crystal structure of hVEGF in complex with VH domain antibody 提交 2016-02-02 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 V 27–136（110 aa） 片段：VEGF UNP RESIDUES 27-136
链 W 27–136（110 aa） 片段：VEGF UNP RESIDUES 27-136
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；293 K；0.1M TRIS PH 8.5, 7%PEG6000, 0.2M MGCL2 20C
分辨率 3.45 Å R-free 0.263
5FV2 Crystal structure of hVEGF in complex with VH domain antibody 提交 2016-02-02 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 X 27–136（110 aa） 片段：VEGF UNP RESIDUES 27-136
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；293 K；0.1M TRIS PH 8.5, 7%PEG6000, 0.2M MGCL2 20C
分辨率 3.45 Å R-free 0.263
5HHC Crystal Structure of Chemically Synthesized Heterochiral {RFX037 plus VEGF-A} Protein Complex in space group P21/n 提交 2016-01-10 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 214–315（102 aa）
链 B 214–315（102 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；Proteins were dissolved in 0.01 M HEPES at pH 7.0 and crystallized against reservoir containing 0.1 M MgCl2, 0.1 M HEPES (pH 7.0), 11% (v/v) PEG3350
分辨率 2.10 Å R-free 0.307
5HHD Crystal Structure of Chemically Synthesized Heterochiral {RFX037 plus VEGF-A} Protein Complex in space group P21 提交 2016-01-10 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 214–315（102 aa）
链 B 214–315（102 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；Proteins were dissolved in 0.01 M HEPES at pH 7.0 and crystallized against reservoir containing 0.1 M MgCl2, 0.1 M HEPES (pH 7.0), 11% (v/v) PEG3350
分辨率 2.10 Å R-free 0.282
5O4E Crystal structure of VEGF in complex with heterodimeric Fcab JanusCT6 提交 2017-05-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 39–134（96 aa）
链 F 39–134（96 aa）
突变：E13M 突变：E13M MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 10 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 1 CAC CACODYLATE ION × 2 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；0.1 M Sodium cacodylate, 40% (v/v) MPD, 5% (w/v) PEG 8000
分辨率 2.15 Å R-free 0.236
5T89 Crystal structure of VEGF-A in complex with VEGFR-1 domains D1-6 提交 2016-09-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 V 27–147（121 aa）
链 W 27–147（121 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 19 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；10-14% PEG3000 200 mM calcium chloride 100 mM MES pH 6.5
分辨率 4.00 Å R-free 0.315
6BFT Structure of Bevacizumab Fab mutant in complex with VEGF 提交 2017-10-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 216–315（100 aa） 片段：UNP residues 214-315
链 G 216–315（100 aa） 片段：UNP residues 214-315
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；100 mM MES, 6.0, 225 mM ammonium sulfate, 13% PEG4000, 10% isopropanol
分辨率 2.55 Å R-free 0.220
6D3O Crystal Structure of Vascular Endothelial Growth Factor (VEGF8-109) with HH4, an alpha/beta-Peptide with Irregular Secondary Structure 提交 2018-04-16 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 34–135（102 aa） 片段：residues 34-135
链 B 34–135（102 aa） 片段：residues 34-135
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1 M ammonium acetate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 17% w/v PEG 10000
分辨率 3.10 Å R-free 0.279
6T9D Crystal structure of a bispecific DutaFab in complex with human VEGF121 提交 2019-10-28 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 CCC 27–147（121 aa）
链 DDD 27–147（121 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；VEGFA-121 from Peprotech, catalogue number 100-20A, was mixed at a 1:1 molar ratio to VEGF monomer. The complex was concentrated to 11 mg/ml. Crystallization involved hanging drop vapour diffusion against 0.1 M MES pH 6.5 and 1.6 M magnesium sulphate. Crystals grew in about 120 days and were frozen in liquid nitrogen with 20 % glycerol as cryoprotectant.
分辨率 2.90 Å R-free 0.280
6V7K Crystal Structure of Vascular Endothelial Growth Factor (VEGF8-109) with one copy of HH4, an alpha/beta-Peptide with Irregular Secondary Structure 提交 2019-12-08 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 34–135（102 aa）
链 B 34–135（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1 M ammonium acetate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 17% w/v PEG 10000
分辨率 2.50 Å R-free 0.278
6Z13 VEGF-A 13:107 crystallized with 3C bicyclic peptide 提交 2020-05-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 V 39–133（95 aa）
链 W 39–133（95 aa）
未记录 NH2 AMINO GROUP × 1 ACY ACETIC ACID × 5 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；(VEGF)2:2 peptide_3C complex purified on SEC and concentrated at 9.8mg/ml in Tris/HCl 10mM pH 8.5. Mix of 1ul of complex with 1 ul of reservoir : NaOAc/HCl 100mM pH 4.6 / MPD 36% (v/v) / CaCl2 20mM
分辨率 1.80 Å R-free 0.247
6Z3F VEGF-A 13:107 crystallized with 2C bicyclic peptide 提交 2020-05-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 V 39–133（95 aa）
链 W 39–133（95 aa）
未记录 NH2 AMINO GROUP × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 ACY ACETIC ACID × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；(VEGF)2:2 PEPTIDE_3C COMPLEX PURIFIED ON SEC AND CONCENTRATED AT 17MG/ML IN TRIS/HCL 10MM PH 8.5. MIX 1UL OF COMPLEX WITH 1 UL OF RESERVOIR : NAOAC/HCL 100MM PH 4.5 / MPD 35% (V/V) / (NH4)2PO4 150MM
分辨率 2.10 Å R-free 0.265
6ZBR VEGF-A 13:107 crystallized with 4C bicyclic peptide 提交 2020-06-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 V 39–133（95 aa）
链 W 39–133（95 aa）
未记录 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 5 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；(VEGF)2:2 PEPTIDE_4C COMPLEX PURIFIED ON SEC AND CONCENTRATED AT 17MG/ML IN TRIS/HCL 10MM PH 8.5. MIX 1UL OF COMPLEX WITH 1 UL OF RESERVOIR : NAOAC/HCL 100MM PH 4.5 / MPD 35% (V/V) / (NH4)2PO4 150MM
分辨率 1.60 Å R-free 0.241
6ZCD VEGF-A 13:107 crystallized with 1C bicyclic peptide 提交 2020-06-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 V 39–133（95 aa）
链 W 39–133（95 aa）
未记录 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 5 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；(VEGF)2:2 PEPTIDE_1C COMPLEX PURIFIED ON SEC AND CONCENTRATED AT 13.5MG/ML IN TRIS/HCL 10MM PH 8.5. MIX 1UL OF COMPLEX WITH 1 UL OF RESERVOIR : NAOAC/HCL 100MM PH 4.5 / MPD 35% (V/V) / (NH4)2PO4 150MM
分辨率 1.80 Å R-free 0.242
6ZFL High resolution structure of VEGF-A 12:107 crystallized in tetragonal form 提交 2020-06-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 V 219–313（95 aa）
链 W 219–313（95 aa）
未记录 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；(VEGF)2:2 PEPTIDE_2C COMPLEX PURIFIED ON SEC AND CONCENTRATED AT 17MG/ML IN TRIS/HCL 10MM PH 8.5. (SEE ID 6Z3F) mix 1UL OF COMPLEX WITH 1 UL OF RESERVOIR : TRIS/HCL 100MM PH 8.5 / MPD 42% (V/V) / (NH4)2PO4 200MM
分辨率 1.60 Å R-free 0.186
7LL8 D-Protein RFX-V1 Bound to the VEGFR1 Domain 2 Site on VEGF-A 提交 2021-02-03 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 214–315（102 aa）
链 B 214–315（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.2 K；calcium chloride, Tris, PEG4000
分辨率 2.31 Å R-free 0.314
7LL9 D-Protein RFX-V2 Bound to the VEGFR1 Domain 3 Site on VEGF-A 提交 2021-02-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 214–315（102 aa）
链 B 214–315（102 aa）
链 E 214–315（102 aa）
链 F 214–315（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.2 K；magnesium chloride, Bis-Tris, PEG3350
分辨率 2.90 Å R-free 0.315
8UWZ The structure of Raamsizumab in complex with VEGF121 提交 2023-11-08 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 27–147（121 aa）
链 F 27–147（121 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.1；298 K；0.2 M Sodium Phosphate mono basic, 30% PEG600
分辨率 3.50 Å R-free 0.298
9JU1 Helix-loop-helix peptide (VS42-LR3) in complex with VEGF-A 提交 2024-10-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 214–315（102 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 COUNTER-DIFFUSION；pH 8；277 K；0.1M Tris-HCl pH 8.0, 0.2M NaCl, 2.5M Ammonium Sulfate, 0.04% NaN3
分辨率 1.45 Å R-free 0.245
9KKU Helix-loop-helix peptide (M49) in complex with VEGF-A 提交 2024-11-14 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 214–315（102 aa）
链 B 214–315（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 COUNTER-DIFFUSION；pH 5.6；293 K；0.2M NH4-AcOH pH 5.6, 14% PEG 3350, 20% 2-Propanol, 0.2M CaCl2,, 0.4M NaCl, 0.04% NaN3
分辨率 1.46 Å R-free 0.250

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查看构建体与数据证据
UniProt名称 VEGFA_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 V； PDB构建体 1–99； UniProt 37–135 作者链 W； PDB构建体 1–99； UniProt 37–135

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1kat

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1kat
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1kat
沉积日期 deposition_date2001-11-02
结构标题 titleSolution Structure of a Phage-Derived Peptide Antagonist in Complex with Vascular Endothelial Growth Factor
关键词 keywordsProtein-peptide complex, homodimer, cystine knot, CELL CYCLE, HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX; CELL CYCLE, HORMONE/GROWTH FACTOR
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.86 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.73 Å
零角强度 I(0) i06955720000.00
分子量 molecular_weight670510.0 kDa
排除体积 excluded_volume820420 ų
包络体积 envelope_volume70684 ų
水化壳体积 shell_volume24569 ų
包络直径 envelope_diameter85.2 Å
壳层 Rg shell_rg31.07 Å
包络 Rg envelope_rg24.40 Å
形状 Rg shape_rg21.80 Å
总 Rg total_rg21.60 Å
总原子数 total_atoms90144
残基数 n_residues5664
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax74.9 Å
Rg (实空间) rg_real21.96 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.54 Å
I(0) (实空间) i0_real6.9560e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.0050e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.95 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal6956000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8700
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary22.4 Å
偏度 Skewness skewness0.437
峰度 Kurtosis kurtosis-0.276
角度范围 angular_range— – 0.3650 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1371000.0000
实空间数据点数 n_real_points68
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.834; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.852; Smooth: 0.951
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1katv_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamilyg.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family familyg.17.1.1 — Platelet-derived growth factor-like
结构域编号 domain_idd1katw_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamilyg.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family familyg.17.1.1 — Platelet-derived growth factor-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1katV00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cystine-knot cytokines
结构域编号 domain_id1katW00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cystine-knot cytokines
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)