1ld4

Placement of the Structural Proteins in Sindbis Virus

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Coat protein C

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 960	GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4 × 480 （P03069） UNKNOWN ATOM OR ION × 1920	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4 × 8 （P03069） UNKNOWN ATOM OR ION × 32	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 80	GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4 × 40 （P03069） UNKNOWN ATOM OR ION × 160	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 96	GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4 × 48 （P03069） UNKNOWN ATOM OR ION × 192	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4 × 8 （P03069） UNKNOWN ATOM OR ION × 32	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLS_SINDV
Isoform	—
PDB实体	1, 3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–264； UniProt 1–264 作者链 B； PDB构建体 1–264； UniProt 1–264 作者链 C； PDB构建体 1–264； UniProt 1–264 作者链 D； PDB构建体 1–264； UniProt 1–264 作者链 M； PDB构建体 1–439； UniProt 807–1245 作者链 N； PDB构建体 1–439； UniProt 807–1245 作者链 O； PDB构建体 1–439； UniProt 807–1245 作者链 P； PDB构建体 1–439； UniProt 807–1245

GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4

物种未注明

UniProt P03069

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 960	Coat protein C × 240 （P03316） Spike glycoprotein E1 × 240 （P03316） UNKNOWN ATOM OR ION × 1920	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Coat protein C × 4 （P03316） Spike glycoprotein E1 × 4 （P03316） UNKNOWN ATOM OR ION × 32	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 80	Coat protein C × 20 （P03316） Spike glycoprotein E1 × 20 （P03316） UNKNOWN ATOM OR ION × 160	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 96	Coat protein C × 24 （P03316） Spike glycoprotein E1 × 24 （P03316） UNKNOWN ATOM OR ION × 192	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Coat protein C × 4 （P03316） Spike glycoprotein E1 × 4 （P03316） UNKNOWN ATOM OR ION × 32	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GCN4_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–57； UniProt 225–281 作者链 F； PDB构建体 1–53； UniProt 225–281 作者链 G； PDB构建体 1–57； UniProt 225–281 作者链 H； PDB构建体 1–53； UniProt 225–281 作者链 I； PDB构建体 1–57； UniProt 225–281 作者链 J； PDB构建体 1–53； UniProt 225–281 作者链 K； PDB构建体 1–57； UniProt 225–281 作者链 L； PDB构建体 1–53； UniProt 225–281

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ld4
沉积日期 deposition_date	2002-04-08
结构标题 title	Placement of the Structural Proteins in Sindbis Virus
关键词 keywords	;sindbis virus, alphavirus structure, glycoprotein organization, nucleocapsid structure, transmembrane coiled coils, Icosahedral virus, Virus ;; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1ld4__assembly_1__model_1`	960-MERIC （960）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
2	1	`1ld4__assembly_2__model_1`	hexadecameric （16）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`1ld4__assembly_3__model_1`	80-meric （80）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`1ld4__assembly_4__model_1`	96-meric （96）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`1ld4__assembly_5__model_1`	hexadecameric （16）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Coat protein C
分子量 formula_weight	29410.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.-
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	15680

MNRGFFNMLGRRPFPAPTAMWRPRRRRQAAPMPARNGLASQIQQLTTAVSALVIGQATRPQPPRPRPPPRQKKQAPKQPPKPKKPKTQEKKKKQPAKPKPGKRQRMALKLEADRLFDVKNEDGDVIGHALAMEGKVMKPLHVKGTIDHPVLSKLKFTKSSAYDMEFAQLPVNMRSEAFTYTSEHPEGFYNWHHGAVQYSGGRFTIPRGVGGRGDSGRPIMDNSGRVVAIVLGGADEGTRTALSVVTWNSKGKTIKTTPEGTEEW

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4
分子量 formula_weight	6718.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H,I,J,K,L

SDPAALKRARNTEAARRSRARKLQRMKQLEDKVEELLSKNYHLENEVARLKKLVGER

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Spike glycoprotein E1
分子量 formula_weight	47416.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N,O,P

YEHATTVPNVPQIPYKALVERAGYAPLNLEITVMSSEVLPSTNQEYITCKFTTVVPSPKIKCCGSLECQPAAHADYTCKVFGGVYPFMWGGAQCFCDSENSQMSEAYVELSADCASDHAQAIKVHTAAMKVGLRIVYGNTTSFLDVYVNGVTPGTSKDLKVIAGPISASFTPFDHKVVIHRGLVYNYDFPEYGAMKPGAFGDIQATSLTSKDLIASTDIRLLKPSAKNVHVPYTQASSGFEMWKNNSGRPLQETAPFGCKIAVNPLRAVDCSYGNIPISIDIPNAAFIRTSDAPLVSTVKCEVSECTYSADFGGMATLQYVSDREGQCPVHSHSSTATLQESTVHVLEKGAVTVHFSTASPQANFIVSLCGKKTTCNAECKPPADHIVSTPHKNDQEFQAAISKTSWSWLFALFGGASSLLIIGLMIFACSMMLTSTRR

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	UNKNOWN ATOM OR ION
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	32

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

结构域编号 domain_id	d1ld4a_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1ld4b_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1ld4c_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1ld4d_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1ld4e_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1ld4f_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1ld4g_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1ld4h_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1ld4i_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1ld4j_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1ld4k_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1ld4l_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1ld4m_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1ld4n_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1ld4o_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1ld4p_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	11.400 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	11.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	;FOURIER-BESSEL method Reference: Baker, T. S., N. H. Olson, and S. D. Fuller (1999). Adding the third dimension to virus life cycles: Three-dimensional reconstruction of icosahedral viruses from cryo-electron micrographs. Micro. & Mol. Bio. Rev. 63:862-922. ;
颗粒数 num_particles	—

Placement of the Structural Proteins in Sindbis Virus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Coat protein C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

7. 引用文献 (1)

Placement of the Structural Proteins in Sindbis Virus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Coat protein C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

7. 引用文献 (1)