SAXSdb — 1llm

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1llm
沉积日期 deposition_date	2002-04-29
结构标题 title	Crystal Structure of a Zif23-GCN4 Chimera Bound to DNA
关键词 keywords	Dimerization, DNA recognition, leucine zipper, structure-based design, zinc fingers, TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.69 Å
零角强度 I(0) i0	21056200.00
分子量 molecular_weight	28722.0 kDa
排除体积 excluded_volume	33232 Å³
包络体积 envelope_volume	41545 Å³
水化壳体积 shell_volume	16905 Å³
包络直径 envelope_diameter	89.3 Å
壳层 Rg shell_rg	26.92 Å
包络 Rg envelope_rg	24.65 Å
形状 Rg shape_rg	23.70 Å
总 Rg total_rg	24.02 Å
总原子数 total_atoms	1967
残基数 n_residues	198
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	87.7 Å
Rg (实空间) rg_real	22.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.85 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1060e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3350e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.54 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	21050000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6981
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.885
峰度 Kurtosis kurtosis	0.508
角度范围 angular_range	— – 0.3600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1941000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.302; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.202; Smooth: 0.962

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(TPCPCPCPAPCPGPCPGPTPGPGP*G)-3'
分子量 formula_weight	3968.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2323

TCCCACGCGTGGG

Entity 2 polymer

描述 description	chimera of Zif23-GCN4
分子量 formula_weight	10553.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MKPFQCRICMRNFSRSDHLTTHIRTHTGEKPFACDICGRKFARSDERKRHRDIQHILPILEDKVEELLSKNYHLENEVARLKKLVGER

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;house mouse, baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	312

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d1llmc1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.37 — beta-beta-alpha zinc fingers
超家族 Superfamily superfamily	g.37.1 — beta-beta-alpha zinc fingers
家族 Family family	g.37.1.1 — Classic zinc finger, C2H2

结构域编号 domain_id	d1llmc2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.37 — beta-beta-alpha zinc fingers
超家族 Superfamily superfamily	g.37.1 — beta-beta-alpha zinc fingers
家族 Family family	g.37.1.1 — Classic zinc finger, C2H2

结构域编号 domain_id	d1llmc3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1llmd1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.37 — beta-beta-alpha zinc fingers
超家族 Superfamily superfamily	g.37.1 — beta-beta-alpha zinc fingers
家族 Family family	g.37.1.1 — Classic zinc finger, C2H2

结构域编号 domain_id	d1llmd2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.37 — beta-beta-alpha zinc fingers
超家族 Superfamily superfamily	g.37.1 — beta-beta-alpha zinc fingers
家族 Family family	g.37.1.1 — Classic zinc finger, C2H2

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1llmC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Classic Zinc Finger

结构域编号 domain_id	1llmC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Classic Zinc Finger

结构域编号 domain_id	1llmD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Classic Zinc Finger

结构域编号 domain_id	1llmD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Classic Zinc Finger

▶

7. 引用文献 (2)

▶

晶胞边长 a length_a	87.398 Å
晶胞边长 b length_b	87.398 Å
晶胞边长 c length_c	118.693 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.500 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2160
R_free r_free	0.2340

fit	/app/data/saxs_computation/ll/1llm/1llm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ll/1llm/1llm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ll/1llm/1llm.dat

Crystal Structure of a Zif23-GCN4 Chimera Bound to DNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)