SAXSdb — 1lte

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CORAL TREE LECTIN

Erythrina corallodendron

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合同源多聚体蛋白 × 2 其他聚合物 4 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 27–265	未记录	;Xylitol-(1-2)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)][alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1LTE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AX0 ERYTHRINA CORALLODENDRON LECTIN IN COMPLEX WITH N-ACTYLGALACTOSAMINE 提交 1997-10-24	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–265（239 aa）	未记录	A2G 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.	分辨率 1.90 Å R-free 0.200
1AX1 ERYTHRINA CORALLODENDRON LECTIN IN COMPLEX WITH LACTOSE 提交 1997-10-24	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–265（239 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.	分辨率 1.95 Å R-free 0.200
1AX2 ERYTHRINA CORALLODENDRON LECTIN IN COMPLEX WITH N-ACETYLLACTOSAMINE 提交 1997-10-24	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–265（239 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.	分辨率 1.95 Å R-free 0.177
1AXY ERYTHRINA CORALLODENDRON LECTIN 提交 1997-10-24	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–265（239 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.	分辨率 1.95 Å R-free 0.200
1AXZ ERYTHRINA CORALLODENDRON LECTIN IN COMPLEX WITH D-GALACTOSE 提交 1997-10-24	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–265（239 aa）	未记录	GLA alpha-D-galactopyranose × 2 GAL beta-D-galactopyranose × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.	分辨率 1.95 Å R-free 0.206
1FYU Crystal structure of erythrina corallodendron lectin in hexagonal crystal form 提交 2000-10-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–281（255 aa）链 B 27–281（255 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；PEG 8000, sodium chloride, Hepes buffer, sodium azides, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.202
1SFY Crystal structure of recombinant Erythrina corallodandron Lectin 提交 2004-02-21	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–265（239 aa）片段：residues 1-239	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；300 K；25% Ammonium Sulphate 100mM MES, 0.025% Sodium Azide, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 2.55 Å R-free 0.208
1SFY Crystal structure of recombinant Erythrina corallodandron Lectin 提交 2004-02-21	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 27–265（239 aa）片段：residues 1-239	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；300 K；25% Ammonium Sulphate 100mM MES, 0.025% Sodium Azide, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 2.55 Å R-free 0.208
1SFY Crystal structure of recombinant Erythrina corallodandron Lectin 提交 2004-02-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 27–265（239 aa）片段：residues 1-239 链 D 27–265（239 aa）片段：residues 1-239	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；300 K；25% Ammonium Sulphate 100mM MES, 0.025% Sodium Azide, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 2.55 Å R-free 0.208
1SFY Crystal structure of recombinant Erythrina corallodandron Lectin 提交 2004-02-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 27–265（239 aa）片段：residues 1-239 链 F 27–265（239 aa）片段：residues 1-239	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；300 K；25% Ammonium Sulphate 100mM MES, 0.025% Sodium Azide, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 2.55 Å R-free 0.208
3N35 Erythrina corallodendron lectin mutant (Y106G) with N-Acetylgalactosamine 提交 2010-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–268（242 aa）片段：mECorL	突变：Y106G	MN MANGANESE (II) ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 A2G 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；20% PEG 3350, 0.25M diammonium hydrogen citrate , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.00 Å R-free 0.189
3N36 Erythrina corallodendron lectin mutant (Y106G) in complex with Galactose 提交 2010-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–268（242 aa）片段：mECorL	突变：Y106G	MN MANGANESE (II) ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 GLA alpha-D-galactopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；20% PEG 3350, 0.25M diammonium hydrogen citrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.30 Å R-free 0.208
3N3H Erythrina corallodendron lectin mutant (Y106G) in complex with citrate 提交 2010-05-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–268（242 aa）片段：mECorL	突变：Y106G	MN MANGANESE (II) ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；20% PEG 3350, 0.25M diammonium hydrogen citrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.00 Å R-free 0.202

共 10 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LEC_ERYCO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–239； UniProt 27–265

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1lte
沉积日期 deposition_date	1991-06-25
结构标题 title	STRUCTURE OF A LEGUME LECTIN WITH AN ORDERED N-LINKED CARBOHYDRATE IN COMPLEX WITH LACTOSE
关键词 keywords	LECTIN; LECTIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.04 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.78 Å
零角强度 I(0) i0	13522300.00
分子量 molecular_weight	27842.0 kDa
排除体积 excluded_volume	34892 Å³
包络体积 envelope_volume	39529 Å³
水化壳体积 shell_volume	18549 Å³
包络直径 envelope_diameter	65.1 Å
壳层 Rg shell_rg	24.25 Å
包络 Rg envelope_rg	18.21 Å
形状 Rg shape_rg	17.72 Å
总 Rg total_rg	18.94 Å
总原子数 total_atoms	1962
残基数 n_residues	239
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	62.9 Å
Rg (实空间) rg_real	18.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3520e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7170e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.97 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	13520000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7992
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	24.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.263
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.203
角度范围 angular_range	— – 0.4200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2898000.0000
实空间数据点数 n_real_points	73
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.796; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CORAL TREE LECTIN
分子量 formula_weight	26251.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2062

VETISFSFSEFEPGNDNLTLQGASLITQSGVLQLTKINQNGMPAWDSTGRTLYAKPVHIWDMTTGTVASFETRFSFSIEQPYTRPLPADGLVFFMGPTKSKPAQGYGYLGIFNQSKQDNSYQTLGVEFDTFSNPWDPPQVPHIGIDVNSIRSIKTQPFQLDNGQVANVVIKYDASSKLLHAVLVYPSSGAIYTIAEIVDVKQVLPEWVDVGLSGATGAQRDAAETHDVYSWSFQASLPE

来源 Source

来源生物 organism	Erythrina corallodendron
通用名 common_name	coral tree
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3843

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	;Xylitol-(1-2)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)][alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1191.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	100

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1ltea_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.1 — Legume lectins

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1lteA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	84.400 Å
晶胞边长 b length_b	73.050 Å
晶胞边长 c length_c	71.400 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	113.42 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	0.1900
R_work r_work	0.1900
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/lt/1lte/1lte.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lt/1lte/1lte.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lt/1lte/1lte.dat

STRUCTURE OF A LEGUME LECTIN WITH AN ORDERED N-LINKED CARBOHYDRATE IN COMPLEX WITH LACTOSE