1lvc

Crystal structure of the adenylyl cyclase domain of anthrax edema factor (EF) in complex with calmodulin and 2' deoxy, 3' anthraniloyl ATP

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

calmodulin-sensitive adenylate cyclase

Bacillus anthracis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	calmodulin × 1 （P02593） YTTERBIUM (III) ION × 1 3'ANTHRANILOYL-2'-DEOXY-ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CALCIUM ION × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	calmodulin × 1 （P02593） YTTERBIUM (III) ION × 1 CALCIUM ION × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	calmodulin × 1 （P02593） YTTERBIUM (III) ION × 1 3'ANTHRANILOYL-2'-DEOXY-ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CALCIUM ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CYAA_BACAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–510； UniProt 291–800 作者链 B； PDB构建体 1–510； UniProt 291–800 作者链 C； PDB构建体 1–510； UniProt 291–800

calmodulin

Homo sapiens

UniProt P02593

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	calmodulin-sensitive adenylate cyclase × 1 （P40136） YTTERBIUM (III) ION × 1 3'ANTHRANILOYL-2'-DEOXY-ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CALCIUM ION × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	calmodulin-sensitive adenylate cyclase × 1 （P40136） YTTERBIUM (III) ION × 1 CALCIUM ION × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	calmodulin-sensitive adenylate cyclase × 1 （P40136） YTTERBIUM (III) ION × 1 3'ANTHRANILOYL-2'-DEOXY-ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CALCIUM ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CALM_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149 作者链 E； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149 作者链 F； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1lvc
沉积日期 deposition_date	2002-05-28
结构标题 title	Crystal structure of the adenylyl cyclase domain of anthrax edema factor (EF) in complex with calmodulin and 2' deoxy, 3' anthraniloyl ATP
关键词 keywords	helical domain, protein-protein complex, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1lvc__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1lvc__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1lvc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	30.79 Å
Rg（电子密度）	30.60 Å
总 Rg	31.08 Å
原子数	5119
残基数	628
排除体积	91109 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1lvc__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1lvc__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1lvc__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	calmodulin-sensitive adenylate cyclase
分子量 formula_weight	58810.6 kDa
EC 编号 ec_number	4.6.1.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	15302

DRIDVLKGEKALKASGLVPEHADAFKKIARELNTYILFRPVNKLATNLIKSGVATKGLNVHGKSSDWGPVAGYIPFDQDLSKKHGQQLAVEKGNLENKKSITEHEGEIGKIPLKLDHLRIEELKENGIILKGKKEIDNGKKYYLLESNNQVYEFRISDENNEVQYKTKEGKITVLGEKFNWRNIEVMAKNVEGVLKPLTADYDLFALAPSLTEIKKQIPQKEWDKVVNTPNSLEKQKGVTNLLIKYGIERKPDSTKGTLSNWQKQMLDRLNEAVKYTGYTGGDVVNHGTEQDNEEFPEKDNEIFIINPEGEFILTKNWEMTGRFIEKNITGKDYLYYFNRSYNKIAPGNKAYIEWTDPITKAKINTIPTSAEFIKNLSSIRRSSNVGVYKDSGDKDEFAKKESVKKIAGYLSDYYNSANHIFSQEKKRKISIFRGIQAYNEIENVLKSKQIAPEYKNYFQYLKERITNQVQLLLTHQKSNIEFKLLYKQLNFTENETDNFEVFQKIIDEK

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus anthracis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1392
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	calmodulin
分子量 formula_weight	16852.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

MADQLTEEQIAEFKEAFSLFDKDGDGTITTKELGTVMRSLGQNPTEAELQDMINEVDADGNGTIDFPEFLTMMARKMKDTDSEEEIREAFRVFDKDGNGYISAAELRHVMTNLGEKLTDEEVDEMIREADIDGDGQVNYEEFVQMMTAK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	YTTERBIUM (III) ION
分子量 formula_weight	173.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	3'ANTHRANILOYL-2'-DEOXY-ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	610.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1lvca_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.41 — Adenylylcyclase toxin (the edema factor)
超家族 Superfamily superfamily	e.41.1 — Adenylylcyclase toxin (the edema factor)
家族 Family family	e.41.1.1 — Adenylylcyclase toxin (the edema factor)

结构域编号 domain_id	d1lvcb_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.41 — Adenylylcyclase toxin (the edema factor)
超家族 Superfamily superfamily	e.41.1 — Adenylylcyclase toxin (the edema factor)
家族 Family family	e.41.1.1 — Adenylylcyclase toxin (the edema factor)

结构域编号 domain_id	d1lvcc_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.41 — Adenylylcyclase toxin (the edema factor)
超家族 Superfamily superfamily	e.41.1 — Adenylylcyclase toxin (the edema factor)
家族 Family family	e.41.1.1 — Adenylylcyclase toxin (the edema factor)

结构域编号 domain_id	d1lvcd_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamily	a.39.1 — EF-hand
家族 Family family	a.39.1.5 — Calmodulin-like

结构域编号 domain_id	d1lvce_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamily	a.39.1 — EF-hand
家族 Family family	a.39.1.5 — Calmodulin-like

结构域编号 domain_id	d1lvcf_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamily	a.39.1 — EF-hand
家族 Family family	a.39.1.5 — Calmodulin-like

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	1lvcA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1760 — Adenylylcyclase toxin fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Anthrax toxin, edema factor, central domain

结构域编号 domain_id	1lvcA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	1lvcB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1760 — Adenylylcyclase toxin fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Anthrax toxin, edema factor, central domain

结构域编号 domain_id	1lvcB03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	1lvcC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1760 — Adenylylcyclase toxin fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Anthrax toxin, edema factor, central domain

结构域编号 domain_id	1lvcC03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	1lvcD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	1lvcD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	1lvcE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	1lvcE02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	1lvcF01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	1lvcF02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

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晶胞边长 a length_a	116.924 Å
晶胞边长 b length_b	167.918 Å
晶胞边长 c length_c	341.743 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.600 Å
最低分辨率 resolution_low	29.960 Å
R 因子 r_factor	0.2810
R_work r_work	0.2810
R_free r_free	0.3070

Crystal structure of the adenylyl cyclase domain of anthrax edema factor (EF) in complex with calmodulin and 2' deoxy, 3' anthraniloyl ATP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

calmodulin-sensitive adenylate cyclase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

calmodulin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1lvc__assembly_1__model_1

1lvc__assembly_1__model_1 | I(q)

1lvc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (2)

Crystal structure of the adenylyl cyclase domain of anthrax edema factor (EF) in complex with calmodulin and 2' deoxy, 3' anthraniloyl ATP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

calmodulin-sensitive adenylate cyclase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

calmodulin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1lvc__assembly_1__model_1

1lvc__assembly_1__model_1 | I(q)

1lvc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (2)