SAXSdb — 1maj

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

IGG2A-KAPPA 26-10 FV (LIGHT CHAIN)

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–113	未记录	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1MAJ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BFV MONOCLONAL ANTIBODY FRAGMENT FV4155 FROM E. COLI 提交 1997-05-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 1–113（113 aa）片段：MONOCLONAL ANTIBODY FV FRAGMENT	未记录	ZN ZINC ION × 3 STG ESTRIOL 3-(B-D-GLUCURONIDE) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 18% (W/V) PEG 8000, 200MM ZN ACETATE AND 100MM NA CACODYLATE, PH 7.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.271
1BFV MONOCLONAL ANTIBODY FRAGMENT FV4155 FROM E. COLI 提交 1997-05-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 L 1–113（113 aa）片段：MONOCLONAL ANTIBODY FV FRAGMENT	未记录	ZN ZINC ION × 6 STG ESTRIOL 3-(B-D-GLUCURONIDE) × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 18% (W/V) PEG 8000, 200MM ZN ACETATE AND 100MM NA CACODYLATE, PH 7.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.271
1BFV MONOCLONAL ANTIBODY FRAGMENT FV4155 FROM E. COLI 提交 1997-05-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 L 1–113（113 aa）片段：MONOCLONAL ANTIBODY FV FRAGMENT	未记录	ZN ZINC ION × 6 STG ESTRIOL 3-(B-D-GLUCURONIDE) × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 18% (W/V) PEG 8000, 200MM ZN ACETATE AND 100MM NA CACODYLATE, PH 7.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.271
1BFV MONOCLONAL ANTIBODY FRAGMENT FV4155 FROM E. COLI 提交 1997-05-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 1–113（113 aa）片段：MONOCLONAL ANTIBODY FV FRAGMENT	未记录	ZN ZINC ION × 3 STG ESTRIOL 3-(B-D-GLUCURONIDE) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 18% (W/V) PEG 8000, 200MM ZN ACETATE AND 100MM NA CACODYLATE, PH 7.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.271
1CFV MONOCLONAL ANTIBODY FRAGMENT FV4155 FROM E. COLI 提交 1997-04-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 1–113（113 aa）片段：FV FRAGMENT	未记录	ZN ZINC ION × 3 E3G ESTRONE BETA-D-GLUCURONIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 18% (W/V) PEG 8000, 200MM ZN ACETATE AND 100MM NA CACODYLATE, PH 7.0	分辨率 2.10 Å R-free 0.247
1MAK SOLUTION STRUCTURE OF AN ISOLATED ANTIBODY VL DOMAIN 提交 1993-09-16	当前字段一致	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–113（113 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1SVZ Crystal structure of the single-chain Fv fragment 1696 in complex with the epitope peptide corresponding to N-terminus of HIV-2 protease 提交 2004-03-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 4–112（109 aa）片段：scFv1696 链 B 4–112（109 aa）片段：scFv1696	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；292 K；protein concentration 14mg/ml, 0.05M tri-sodium citrate, 0.1M sodium phosphate, 27% PEG 3400, 0.2M ammonium sulfate, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.89 Å R-free 0.239
2BFV MONOCLONAL ANTIBODY FRAGMENT FV4155 FROM E. COLI 提交 1997-05-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 1–113（113 aa）片段：MONOCLONAL ANTIBODY FV FRAGMENT	未记录	STG ESTRIOL 3-(B-D-GLUCURONIDE) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 15% (W/V) PEG 4000, 100MM NA ACETATE AND 50MM TRIS HCL PH 8.5	分辨率 2.50 Å
2DLF HIGH RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF THE FV FRAGMENT FROM AN ANTI-DANSYL SWITCH VARIANT ANTIBODY IGG2A(S) CRYSTALLIZED AT PH 6.75 提交 1998-12-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 1–113（113 aa）片段：FV FRAGMENT (VL DOMAIN) SYNONYM: ANTI-DANSYL FV FRAGMENT	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.75；CRYSTALLIZATION CONDITIONS: TEMPERATURE AT 20C. PRECIPITANT SOLUTION CONTAINED 1 AMMONIUM SULFATE AND 0.025 M SODIUM CACODYLATE (PH 6.75). 5 MG/ML OF FV FRAGMENT., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.55 Å R-free 0.233

共 6 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KV2G_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1maj
沉积日期 deposition_date	1993-09-16
结构标题 title	SOLUTION STRUCTURE OF AN ISOLATED ANTIBODY VL DOMAIN
关键词 keywords	IMMUNOGLOBULIN; IMMUNOGLOBULIN
实验方法 method	SOLUTION NMR

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.77 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.32 Å
零角强度 I(0) i0	503229000.00
分子量 molecular_weight	184140.0 kDa
排除体积 excluded_volume	230070 Å³
包络体积 envelope_volume	119730 Å³
水化壳体积 shell_volume	37298 Å³
包络直径 envelope_diameter	82.0 Å
壳层 Rg shell_rg	34.48 Å
包络 Rg envelope_rg	25.78 Å
形状 Rg shape_rg	21.28 Å
总 Rg total_rg	22.09 Å
总原子数 total_atoms	25709
残基数 n_residues	1695
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	77.8 Å
Rg (实空间) rg_real	21.79 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.59 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.0320e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.5960e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	503200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5868
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	76.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.428
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.133
角度范围 angular_range	— – 0.3650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	34500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.708; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.207; Positv: 1.000; Valcen: 0.881; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1maja_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1majA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

▶

8. 引用文献 (6)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

描述 description	IGG2A-KAPPA 26-10 FV (LIGHT CHAIN)
分子量 formula_weight	12285.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	25709

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090

SOLUTION STRUCTURE OF AN ISOLATED ANTIBODY VL DOMAIN

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

IGG2A-KAPPA 26-10 FV (LIGHT CHAIN)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (6)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

fit	/app/data/saxs_computation/ma/1maj/1maj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ma/1maj/1maj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ma/1maj/1maj.dat