1ms7

X-ray structure of the GluR2 ligand-binding core (S1S2J) in complex with (S)-Des-Me-AMPA at 1.97 A resolution, Crystallization in the presence of zinc acetate

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 113.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor subunit 2

Rattus norvegicus

UniProt P19491

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 413–527 链 A; UniProt 653–796 链 C; UniProt 413–527 链 C; UniProt 653–796 片段:GluR2-flop ligand-binding core (S1S2J) ZN ZINC ION × 2 SHI (S)-2-AMINO-3-(3-HYDROXY-ISOXAZOL-4-YL)PROPIONIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;279 K;17% PEG 8000, 0.05M zinc acetate, 0.1M cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K 分辨率 1.97 Å R-free 0.213
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 413–527 链 B; UniProt 653–796 片段:GluR2-flop ligand-binding core (S1S2J) ZN ZINC ION × 8 SHI (S)-2-AMINO-3-(3-HYDROXY-ISOXAZOL-4-YL)PROPIONIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;279 K;17% PEG 8000, 0.05M zinc acetate, 0.1M cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K 分辨率 1.97 Å R-free 0.213
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 413–527 链 A; UniProt 653–796 链 B; UniProt 413–527 链 B; UniProt 653–796 链 C; UniProt 413–527 链 C; UniProt 653–796 片段:GluR2-flop ligand-binding core (S1S2J) ZN ZINC ION × 6 SHI (S)-2-AMINO-3-(3-HYDROXY-ISOXAZOL-4-YL)PROPIONIC ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;279 K;17% PEG 8000, 0.05M zinc acetate, 0.1M cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K 分辨率 1.97 Å R-free 0.213

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 333 个其他 PDB 条目、480 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GRIA2_RAT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–117; UniProt 413–527 作者链 A; PDB构建体 120–263; UniProt 653–796 作者链 B; PDB构建体 3–117; UniProt 413–527 作者链 B; PDB构建体 120–263; UniProt 653–796 作者链 C; PDB构建体 3–117; UniProt 413–527 作者链 C; PDB构建体 120–263; UniProt 653–796

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1ms7

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1ms7
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1ms7
沉积日期 deposition_date2002-09-19
结构标题 titleX-ray structure of the GluR2 ligand-binding core (S1S2J) in complex with (S)-Des-Me-AMPA at 1.97 A resolution, Crystallization in the presence of zinc acetate
关键词 keywordsIonotropic glutamate receptor GluR2, ligand-binding core, agonist complex, Membrane protein; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.95
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.79
零角强度 I(0) i0115599000.00
分子量 molecular_weight87211.0 kDa
排除体积 excluded_volume109740 ų
包络体积 envelope_volume143420 ų
水化壳体积 shell_volume37789 ų
包络直径 envelope_diameter116.4
壳层 Rg shell_rg38.36
包络 Rg envelope_rg33.37
形状 Rg shape_rg33.78
总 Rg total_rg34.17
总原子数 total_atoms6093
残基数 n_residues774
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax113.8
Rg (实空间) rg_real34.17
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.75
I(0) (实空间) i0_real1.1560e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7500e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal34.04
I(0) (倒空间) i0_reciprocal115600000.0000
解质量估计 total_estimate0.8391
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary36.3
偏度 Skewness skewness0.504
峰度 Kurtosis kurtosis-0.430
角度范围 angular_range— – 0.2350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha24930000.0000
实空间数据点数 n_real_points48
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.744; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.821; Smooth: 0.853

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd1ms7a_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamilyc.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family familyc.94.1.1 — Phosphate binding protein-like
结构域编号 domain_idd1ms7b_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamilyc.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family familyc.94.1.1 — Phosphate binding protein-like
结构域编号 domain_idd1ms7c_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamilyc.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family familyc.94.1.1 — Phosphate binding protein-like

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id1ms7A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id1ms7A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id1ms7B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id1ms7B02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id1ms7C01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id1ms7C02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II

8. 引用文献 (5)

9. 文件与曲线 (10)