1mvc

Crystal structure of the human RXR alpha ligand binding domain bound to the synthetic agonist compound BMS 649 and a coactivator peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 56.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RXR retinoid X receptor

Homo sapiens

UniProt P19793

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 223–462 片段:ligand binding domain(residues 223-462) Nuclear receptor coactivator 2 × 2 (Q15596) BM6 4-[2-(5,5,8,8-TETRAMETHYL-5,6,7,8-TETRAHYDRO-NAPHTHALEN-2-YL)-[1,3]DIOXOLAN-2-YL]-BENZOIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;295 K;PEG 4000, NaCl, Glycerol, BisTris, Pipes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K 分辨率 1.90 Å R-free 0.228

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 107 个其他 PDB 条目、138 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RXRA_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–240; UniProt 223–462

Nuclear receptor coactivator 2

物种未注明

UniProt Q15596

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 686–698 片段:NR box RXR retinoid X receptor × 2 (P19793) BM6 4-[2-(5,5,8,8-TETRAMETHYL-5,6,7,8-TETRAHYDRO-NAPHTHALEN-2-YL)-[1,3]DIOXOLAN-2-YL]-BENZOIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;295 K;PEG 4000, NaCl, Glycerol, BisTris, Pipes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K 分辨率 1.90 Å R-free 0.228

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 283 个其他 PDB 条目、334 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NCOA2_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–13; UniProt 686–698

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1mvc

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1mvc
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1mvc
沉积日期 deposition_date2002-09-24
结构标题 titleCrystal structure of the human RXR alpha ligand binding domain bound to the synthetic agonist compound BMS 649 and a coactivator peptide
关键词 keywordsNuclear Receptor, Retinoic Acid, Agonist recognition, Transcription Factor, Transcription; TRANSCRIPTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.43
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.14
零角强度 I(0) i010790400.00
分子量 molecular_weight25545.0 kDa
排除体积 excluded_volume32526 ų
包络体积 envelope_volume36468 ų
水化壳体积 shell_volume17680 ų
包络直径 envelope_diameter56.5
壳层 Rg shell_rg23.36
包络 Rg envelope_rg17.35
形状 Rg shape_rg17.15
总 Rg total_rg18.12
总原子数 total_atoms1798
残基数 n_residues223
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax56.5
Rg (实空间) rg_real18.32
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.31
I(0) (实空间) i0_real1.0790e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2880e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.34
I(0) (倒空间) i0_reciprocal10790000.0000
解质量估计 total_estimate0.8211
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary23.2
偏度 Skewness skewness0.141
峰度 Kurtosis kurtosis-0.456
角度范围 angular_range— – 0.4300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2366000.0000
实空间数据点数 n_real_points74
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.897; Stabil: 0.996; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1mvca_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.123 — Nuclear receptor ligand-binding domain
超家族 Superfamily superfamilya.123.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
家族 Family familya.123.1.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1mvcA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Retinoid X Receptor

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)