1n8e

Fragment Double-D from Human Fibrin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 153.4 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fibrin alpha/alpha-E chain

物种未注明

UniProt P02671

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 130–218 链 D; UniProt 130–218 片段:double-D alpha chain Fibrin beta chain × 2 (P02675) Fibrin gamma chain × 2 (P02679) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;295 K;PEG-3350, 50 mM Tris, 7.5 mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K 分辨率 4.50 Å R-free 0.416

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 36 个其他 PDB 条目、69 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FIBA_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–89; UniProt 130–218 作者链 D; PDB构建体 1–89; UniProt 130–218

Fibrin beta chain

物种未注明

UniProt P02675

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 164–491 链 E; UniProt 164–491 片段:double-D beta chain Fibrin alpha/alpha-E chain × 2 (P02671) Fibrin gamma chain × 2 (P02679) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;295 K;PEG-3350, 50 mM Tris, 7.5 mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K 分辨率 4.50 Å R-free 0.416

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 30 个其他 PDB 条目、57 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FIBB_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–328; UniProt 164–491 作者链 E; PDB构建体 1–328; UniProt 164–491

Fibrin gamma chain

物种未注明

UniProt P02679

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 114–437 链 F; UniProt 114–437 片段:double-D gamma chain Fibrin alpha/alpha-E chain × 2 (P02671) Fibrin beta chain × 2 (P02675) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;295 K;PEG-3350, 50 mM Tris, 7.5 mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K 分辨率 4.50 Å R-free 0.416

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 36 个其他 PDB 条目、57 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FIBG_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–324; UniProt 114–437 作者链 F; PDB构建体 1–324; UniProt 114–437

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1n8e

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1n8e
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1n8e
沉积日期 deposition_date2002-11-20
结构标题 titleFragment Double-D from Human Fibrin
关键词 keywordsCross-linked fibrin, D:D interfaces; crystal packing, BLOOD CLOTTING; BLOOD CLOTTING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier56.88
回转半径 Rg (电子) rg_electron58.65
零角强度 I(0) i0369280000.00
分子量 molecular_weight154670.0 kDa
排除体积 excluded_volume186280 ų
包络体积 envelope_volume181200 ų
水化壳体积 shell_volume32485 ų
包络直径 envelope_diameter231.1
壳层 Rg shell_rg44.08
包络 Rg envelope_rg56.45
形状 Rg shape_rg58.22
总 Rg total_rg58.28
总原子数 total_atoms
残基数 n_residues
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax153.4
Rg (实空间) rg_real52.47
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.68
I(0) (实空间) i0_real3.5210e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.7350e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal55.89
I(0) (倒空间) i0_reciprocal368100000.0000
解质量估计 total_estimate0.6320
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary32.9
偏度 Skewness skewness0.386
峰度 Kurtosis kurtosis-0.807
角度范围 angular_range— – 0.1400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.7271
最高正则化参数 α highest_alpha6639000.0000
实空间数据点数 n_real_points29
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.002; Oscil: 0.891; Stabil: 0.982; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.625; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_idd1n8ea_
类 Class classh — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold foldh.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamilyh.1.8 — Fibrinogen coiled-coil and central regions
家族 Family familyh.1.8.1 — Fibrinogen coiled-coil and central regions
结构域编号 domain_idd1n8eb1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.171 — Fibrinogen C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilyd.171.1 — Fibrinogen C-terminal domain-like
家族 Family familyd.171.1.1 — Fibrinogen C-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd1n8eb2
类 Class classh — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold foldh.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamilyh.1.8 — Fibrinogen coiled-coil and central regions
家族 Family familyh.1.8.1 — Fibrinogen coiled-coil and central regions
结构域编号 domain_idd1n8ec1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.171 — Fibrinogen C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilyd.171.1 — Fibrinogen C-terminal domain-like
家族 Family familyd.171.1.1 — Fibrinogen C-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd1n8ec2
类 Class classh — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold foldh.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamilyh.1.8 — Fibrinogen coiled-coil and central regions
家族 Family familyh.1.8.1 — Fibrinogen coiled-coil and central regions
结构域编号 domain_idd1n8ed_
类 Class classh — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold foldh.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamilyh.1.8 — Fibrinogen coiled-coil and central regions
家族 Family familyh.1.8.1 — Fibrinogen coiled-coil and central regions
结构域编号 domain_idd1n8ee1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.171 — Fibrinogen C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilyd.171.1 — Fibrinogen C-terminal domain-like
家族 Family familyd.171.1.1 — Fibrinogen C-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd1n8ee2
类 Class classh — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold foldh.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamilyh.1.8 — Fibrinogen coiled-coil and central regions
家族 Family familyh.1.8.1 — Fibrinogen coiled-coil and central regions
结构域编号 domain_idd1n8ef1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.171 — Fibrinogen C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilyd.171.1 — Fibrinogen C-terminal domain-like
家族 Family familyd.171.1.1 — Fibrinogen C-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd1n8ef2
类 Class classh — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold foldh.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamilyh.1.8 — Fibrinogen coiled-coil and central regions
家族 Family familyh.1.8.1 — Fibrinogen coiled-coil and central regions

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)