1ng7

The Solution Structure of the Soluble Domain of Poliovirus 3A Protein

Method: SOLUTION NMR Dmax: 55.4 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Genome polyprotein [Core protein P3A]

Human poliovirus 1

UniProt P03300

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1456–1514 链 B; UniProt 1456–1514 片段:Poliovirus 3A-N 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 7;25 K;离子强度(mmCIF原始值)20 mM potassium phosphate, 50 mM NaCl;压力 ambient NMR测量条件:pH 7;25 K;离子强度(mmCIF原始值)10 mM tris, 50 mM NaCl;压力 ambient NMR样品组成:1-3 mM 3A-N U-95% 13C;U-99% 15N; 20mM phosphate buffer NA; 100% D2O | 100% D2O NMR样品组成:1-3 mM 3A-N U-99% 15N; 20mM phosphate buffer NA; 95% H2O, 5% D2O | 95% H2O/5% D2O NMR样品组成:1.5 mM 3A-N NA; 1.5 mM 3A-N U-95% 13C;U-99% 15N; 20mM phosphate buffer NA; 100% D2O | 100% D2O NMR样品组成:2 mM 3A-N U-99% 15N; 10 mM tris buffer NA; 95% H2O, 5% D2O | 95% H2O/5% D2O NMR样品组成:1-3 mM 3A-N U-95% 13C;U-99% 15N; 20mM phosphate buffer NA; 95% H2O, 5% D2O | 95% H2O/5% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 80 个其他 PDB 条目、250 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POLH_POL1M
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–60; UniProt 1456–1514 作者链 B; PDB构建体 2–60; UniProt 1456–1514

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1ng7

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1ng7
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1ng7
沉积日期 deposition_date2002-12-16
结构标题 titleThe Solution Structure of the Soluble Domain of Poliovirus 3A Protein
关键词 keywordshelical hairpin, unfolded domain, symmetric dimer, Viral protein; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.29
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.58
零角强度 I(0) i0296680000.00
分子量 molecular_weight138060.0 kDa
排除体积 excluded_volume171760 ų
包络体积 envelope_volume102170 ų
水化壳体积 shell_volume30905 ų
包络直径 envelope_diameter96.3
壳层 Rg shell_rg34.92
包络 Rg envelope_rg27.81
形状 Rg shape_rg20.52
总 Rg total_rg21.65
总原子数 total_atoms19400
残基数 n_residues1200
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax55.4
Rg (实空间) rg_real19.74
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.11
I(0) (实空间) i0_real2.8170e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.7680e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.55
I(0) (倒空间) i0_reciprocal296700000.0000
解质量估计 total_estimate0.6815
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary17.9
偏度 Skewness skewness0.281
峰度 Kurtosis kurtosis-0.703
角度范围 angular_range— – 0.3750 −1
当前正则化参数 α current_alpha2.3320
最高正则化参数 α highest_alpha1832000.0000
实空间数据点数 n_real_points69
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.002; Oscil: 0.992; Stabil: 0.987; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.925; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1ng7a1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.178 — Soluble domain of poliovirus core protein 3a
超家族 Superfamily superfamilya.178.1 — Soluble domain of poliovirus core protein 3a
家族 Family familya.178.1.1 — Soluble domain of poliovirus core protein 3a
结构域编号 domain_idd1ng7a2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd1ng7b1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.178 — Soluble domain of poliovirus core protein 3a
超家族 Superfamily superfamilya.178.1 — Soluble domain of poliovirus core protein 3a
家族 Family familya.178.1.1 — Soluble domain of poliovirus core protein 3a
结构域编号 domain_idd1ng7b2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1ng7A00
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology20 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Poliovirus 3A protein-like
结构域编号 domain_id1ng7B00
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology20 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Poliovirus 3A protein-like

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)