SAXSdb — 1xyr

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1xyr
沉积日期 deposition_date	2004-11-10
结构标题 title	Poliovirus 135S cell entry intermediate
关键词 keywords	BETA BARREL, VIRAL CAPSID, CELL ENTRY INTERMEDIATE, Icosahedral virus, Virus; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.70 Å
零角强度 I(0) i0	99447100.00
分子量 molecular_weight	80477.0 kDa
排除体积 excluded_volume	98191 Å³
包络体积 envelope_volume	83883 Å³
水化壳体积 shell_volume	26867 Å³
包络直径 envelope_diameter	99.7 Å
壳层 Rg shell_rg	32.65 Å
包络 Rg envelope_rg	27.65 Å
形状 Rg shape_rg	28.81 Å
总 Rg total_rg	28.99 Å
总原子数 total_atoms	—
残基数 n_residues	—
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	92.3 Å
Rg (实空间) rg_real	29.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.9450e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4240e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.32 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	99450000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8940
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.381
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.262
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	16980000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.921; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.858

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Genome polyprotein, Coat protein VP1
分子量 formula_weight	26135.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1
原子数 atom_count	724

SRSESSIESFFARGACVTIMTVDNPASTTNKDKLFAVWKITYKDTVQLRRKLEFFTYSRFDMELTFVVTANFTETNNGHALNQVYQIMYVPPGAPVPEKWDDYTWQTSSNPSIFYTYGTAPARISVPYVGISNAYSHFYDGFSKVPLKDQSAALGDSLYGAASLNDFGILAVRVVNDHNPTKVTSKIRVYLKPKHIRVWCPRPPRAVAYYGPGVDYKDGTLTPLSTKDLTTY

Entity 2 polymer

描述 description	Genome polyprotein, Coat protein VP2
分子量 formula_weight	26244.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2

AANSVVAYGRWPEYLRDSEANPVDQPTEPDVAACRFYTLDTVSWTKESRGWWWKLPDALRDMGLFGQNMYYHYLGRSGYTVHVQCNASKFHQGALGVFAVPEMCLAGDSNTTTMHTSYQNANPGEKGGTFTGTFTPDNNQTSPARRFCPVDYLLGNGTLLGNAFVFPHQIINLRTNNCATLVLPYVNSLSIDSMVKHNNWGIAILPLAPLNFASESSPEIPITLTIAPMCCEFNGLR

Entity 3 polymer

描述 description	Genome polyprotein, Coat protein VP3
分子量 formula_weight	20488.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3

DTMIPFDLSATKKNTMEMYRVRLSDKPHTDDPILCLSLSPASDPRLSHTMLGEILNYYTHWAGSLKFTFLFCGSMMATGKLLVSYAPPGADPPKKRKEAMLGTHVIWDIGLQSSCTMVVPWISNTTYRQTIDDSFTEGGYISVFYQTRIVVPLSTPREMDILGFVSACNDFSVRLLRDTTHI

Entity 4 polymer

描述 description	Genome polyprotein, Coat protein VP3
分子量 formula_weight	1214.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	5

GLPVMNTPGSNQ

Entity 5 polymer

描述 description	Genome polyprotein, Coat protein VP3
分子量 formula_weight	3947.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	6

LTADNFQSPCALPEFDVTPPIDIPGEVKNMMELAEI

Entity 6 polymer

描述 description	Genome polyprotein, Coat protein VP2
分子量 formula_weight	1488.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	7

VLQLTLGNSTITTQ

Entity 7 polymer

描述 description	Genome polyprotein, Coat protein VP1
分子量 formula_weight	1030.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	8

PALTAVETGAT

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1xyr11
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	11.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	icosahedrally symmetric model-based orientation search (PFT and EM3DR)
颗粒数 num_particles	3641

fit	/app/data/saxs_computation/xy/1xyr/1xyr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xy/1xyr/1xyr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xy/1xyr/1xyr.dat

Poliovirus 135S cell entry intermediate

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)