SAXSdb — 1nn8

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1nn8
沉积日期 deposition_date	2003-01-13
结构标题 title	CryoEM structure of poliovirus receptor bound to poliovirus
关键词 keywords	icosahedral virus, picornavirus, Virus-Receptor COMPLEX; Virus/Receptor
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	48.91 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	50.36 Å
零角强度 I(0) i0	536545000.00
分子量 molecular_weight	192820.0 kDa
排除体积 excluded_volume	235340 Å³
包络体积 envelope_volume	178070 Å³
水化壳体积 shell_volume	34063 Å³
包络直径 envelope_diameter	177.1 Å
壳层 Rg shell_rg	44.00 Å
包络 Rg envelope_rg	50.12 Å
形状 Rg shape_rg	50.53 Å
总 Rg total_rg	50.21 Å
总原子数 total_atoms	1
残基数 n_residues	—
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	166.2 Å
Rg (实空间) rg_real	50.25 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.01 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.3650e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0100e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	48.92 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	535600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7238
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	36.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.660
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.352
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4414000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.652; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.393; Smooth: 0.057

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	poliovirus receptor
分子量 formula_weight	32928.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R,S,T
原子数 atom_count	1757

DVVVQAPTQVPGFLGDSVTLPCYLQVPNMEVTHVSQLTWARHGESGSMAVFHQTQGPSYSESKRLEFVAARLGAELRNASLRMFGLRVEDEGNYTCLFVTFPQGSRSVDIWLRVLAKPQNTAEVQKVQLTGEPVPMARCVSTGGRPPAQITWHSDLGGMPNTSQVPGFLSGTVTVTSLWILVPSSQVDGKNVTCKVEHESFEKPQLLTVNLTVYYPPEVSISGYDNNWYLGQNEATLTCDARSNPEPTGYNWSTTMGPLPPFAVAQGAQLLIRPVDKPINTTLICNVTNALGARQAELTVQV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	coat protein VP1
分子量 formula_weight	33334.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1

GLGQMGSSSTDNTVRETVGAATSRDALPNTEASGPTHSKEIPALTAVETGATNPLVPSDTVQTRHVVQHRSRSESSIESFFARGACVTIMTVDNPASTTNKDKLFAVWKITYKDTVQLRRKLEFFTYSRFDMELTFVVTANFTETNNGHALNQVYQIMYVPPGAPVPEKWDDYTWQTSSNPSIFYTYGTAPARISVPYVGISNAYSHFYDGFSKVPLKDQSAALGDSLYGAASLNDFGILAVRVVNDHNPTKVTSKIRVYLKPKHIRVWCPRPPRAVAYYGPGVDYKDGTLTPLSTKDLTTY

来源 Source

来源生物 organism	Human poliovirus 1 Mahoney
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12081
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	coat protein VP2
分子量 formula_weight	30075.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2

SPNIEACGYSDRVLQLTLGNSTITTQEAANSVVAYGRWPEYLRDSEANPVDQPTEPDVAACRFYTLDTVSWTKESRGWWWKLPDALRDMGLFGQNMYYHYLGRSGYTVHVQCNASKFHQGALGVFAVPEMCLAGDSNTTTMHTSYQNANPGEKGGTFTGTFTPDNNQTSPARRFCPVDYLLGNGTLLGNAFVFPHQIINLRTNNCATLVLPYVNSLSIDSMVKHNNWGIAILPLAPLNFASESSPEIPITLTIAPMCCEFNGLRNITLPRLQ

来源 Source

来源生物 organism	Human poliovirus 1 Mahoney
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12081
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	coat protein VP3
分子量 formula_weight	26235.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3

GLPVMNTPGSNQYLTADNFQSPCALPEFDVTPPIDIPGEVKNMMELAEIDTMIPFDLSATKKNTMEMYRVRLSDKPHTDDPILCLSLSPASDPRLSHTMLGEILNYYTHWAGSLKFTFLFCGSMMATGKLLVSYAPPGADPPKKRKEAMLGTHVIWDIGLQSSCTMVVPWISNTTYRQTIDDSFTEGGYISVFYQTRIVVPLSTPREMDILGFVSACNDFSVRLLRDTTHIEQKA

来源 Source

来源生物 organism	Human poliovirus 1 Mahoney
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12081
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 polymer

描述 description	coat protein VP4
分子量 formula_weight	7393.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4

GAQVSSQKVGAHENSNRAYGGSTINYTTINYYRDSASNAASKQDFSQDPSKFTEPIKDVLIKTAPMLN

来源 Source

来源生物 organism	Human poliovirus 1 Mahoney
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12081
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 6 non-polymer

描述 description	MYRISTIC ACID
分子量 formula_weight	228.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_id	d1nn81_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1nn82_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1nn83_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1nn84_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1nn8r_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1nn8s_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1nn8t_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	15.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	polar fourier transform (PFT)
颗粒数 num_particles	2022

fit	/app/data/saxs_computation/nn/1nn8/1nn8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nn/1nn8/1nn8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nn/1nn8/1nn8.dat

CryoEM structure of poliovirus receptor bound to poliovirus

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)