1nn8

CryoEM structure of poliovirus receptor bound to poliovirus

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 166.2 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

poliovirus receptor

Homo sapiens

UniProt P15151

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 420 PDB 声明:420-MERIC(420) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 28–329 链 S; UniProt 28–329 链 T; UniProt 28–329 未记录 coat protein VP1 × 60 (P03300) coat protein VP2 × 60 (P03300) coat protein VP3 × 60 (P03300) coat protein VP4 × 60 (P03300) MYR MYRISTIC ACID × 60 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 15.00 Å
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 28–329 链 S; UniProt 28–329 链 T; UniProt 28–329 未记录 coat protein VP1 × 1 (P03300) coat protein VP2 × 1 (P03300) coat protein VP3 × 1 (P03300) coat protein VP4 × 1 (P03300) MYR MYRISTIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 15.00 Å
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 35 PDB 声明:35-meric(35) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 28–329 链 S; UniProt 28–329 链 T; UniProt 28–329 未记录 coat protein VP1 × 5 (P03300) coat protein VP2 × 5 (P03300) coat protein VP3 × 5 (P03300) coat protein VP4 × 5 (P03300) MYR MYRISTIC ACID × 5 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 15.00 Å
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 42 PDB 声明:42-meric(42) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 28–329 链 S; UniProt 28–329 链 T; UniProt 28–329 未记录 coat protein VP1 × 6 (P03300) coat protein VP2 × 6 (P03300) coat protein VP3 × 6 (P03300) coat protein VP4 × 6 (P03300) MYR MYRISTIC ACID × 6 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 15.00 Å
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 28–329 链 S; UniProt 28–329 链 T; UniProt 28–329 未记录 coat protein VP1 × 1 (P03300) coat protein VP2 × 1 (P03300) coat protein VP3 × 1 (P03300) coat protein VP4 × 1 (P03300) MYR MYRISTIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 15.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 12 个其他 PDB 条目、37 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PVR_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 1–302; UniProt 28–329 作者链 S; PDB构建体 1–302; UniProt 28–329 作者链 T; PDB构建体 1–302; UniProt 28–329

coat protein VP1

Human poliovirus 1 Mahoney

UniProt P03300

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 420 PDB 声明:420-MERIC(420) 与蛋白拷贝数一致 链 1; UniProt 579–880 链 2; UniProt 69–340 链 3; UniProt 341–575 链 4; UniProt 1–68 未记录 poliovirus receptor × 180 (P15151) MYR MYRISTIC ACID × 60 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 15.00 Å
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 1; UniProt 579–880 链 2; UniProt 69–340 链 3; UniProt 341–575 链 4; UniProt 1–68 未记录 poliovirus receptor × 3 (P15151) MYR MYRISTIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 15.00 Å
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 35 PDB 声明:35-meric(35) 与蛋白拷贝数一致 链 1; UniProt 579–880 链 2; UniProt 69–340 链 3; UniProt 341–575 链 4; UniProt 1–68 未记录 poliovirus receptor × 15 (P15151) MYR MYRISTIC ACID × 5 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 15.00 Å
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 42 PDB 声明:42-meric(42) 与蛋白拷贝数一致 链 1; UniProt 579–880 链 2; UniProt 69–340 链 3; UniProt 341–575 链 4; UniProt 1–68 未记录 poliovirus receptor × 18 (P15151) MYR MYRISTIC ACID × 6 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 15.00 Å
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 1; UniProt 579–880 链 2; UniProt 69–340 链 3; UniProt 341–575 链 4; UniProt 1–68 未记录 poliovirus receptor × 3 (P15151) MYR MYRISTIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 15.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 80 个其他 PDB 条目、246 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POLH_POL1M
Isoform
PDB实体 2, 3, 4, 5
链与序列区间 作者链 1; PDB构建体 1–302; UniProt 579–880 作者链 2; PDB构建体 1–272; UniProt 69–340 作者链 3; PDB构建体 1–235; UniProt 341–575 作者链 4; PDB构建体 1–68; UniProt 1–68

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1nn8

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1nn8
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1nn8
沉积日期 deposition_date2003-01-13
结构标题 titleCryoEM structure of poliovirus receptor bound to poliovirus
关键词 keywordsicosahedral virus, picornavirus, Virus-Receptor COMPLEX; Virus/Receptor
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier48.91
回转半径 Rg (电子) rg_electron50.36
零角强度 I(0) i0536545000.00
分子量 molecular_weight192820.0 kDa
排除体积 excluded_volume235340 ų
包络体积 envelope_volume178070 ų
水化壳体积 shell_volume34063 ų
包络直径 envelope_diameter177.1
壳层 Rg shell_rg44.00
包络 Rg envelope_rg50.12
形状 Rg shape_rg50.53
总 Rg total_rg50.21
总原子数 total_atoms1
残基数 n_residues
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax166.2
Rg (实空间) rg_real50.25
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.01
I(0) (实空间) i0_real5.3650e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0100e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal48.92
I(0) (倒空间) i0_reciprocal535600000.0000
解质量估计 total_estimate0.7238
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary36.4
偏度 Skewness skewness0.660
峰度 Kurtosis kurtosis-0.352
角度范围 angular_range— – 0.1600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4414000.0000
实空间数据点数 n_real_points33
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.652; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.393; Smooth: 0.057

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_idd1nn81_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamilyi.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family familyi.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes
结构域编号 domain_idd1nn82_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamilyi.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family familyi.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes
结构域编号 domain_idd1nn83_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamilyi.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family familyi.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes
结构域编号 domain_idd1nn84_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamilyi.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family familyi.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes
结构域编号 domain_idd1nn8r_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamilyi.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family familyi.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes
结构域编号 domain_idd1nn8s_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamilyi.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family familyi.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes
结构域编号 domain_idd1nn8t_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamilyi.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family familyi.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)