SAXSdb — 1nn8

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

poliovirus receptor

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 420	coat protein VP1 × 60 （P03300） coat protein VP2 × 60 （P03300） coat protein VP3 × 60 （P03300） coat protein VP4 × 60 （P03300） MYRISTIC ACID × 60	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	coat protein VP1 × 1 （P03300） coat protein VP2 × 1 （P03300） coat protein VP3 × 1 （P03300） coat protein VP4 × 1 （P03300） MYRISTIC ACID × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 35	coat protein VP1 × 5 （P03300） coat protein VP2 × 5 （P03300） coat protein VP3 × 5 （P03300） coat protein VP4 × 5 （P03300） MYRISTIC ACID × 5	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 42	coat protein VP1 × 6 （P03300） coat protein VP2 × 6 （P03300） coat protein VP3 × 6 （P03300） coat protein VP4 × 6 （P03300） MYRISTIC ACID × 6	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	coat protein VP1 × 1 （P03300） coat protein VP2 × 1 （P03300） coat protein VP3 × 1 （P03300） coat protein VP4 × 1 （P03300） MYRISTIC ACID × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PVR_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 1–302； UniProt 28–329 作者链 S； PDB构建体 1–302； UniProt 28–329 作者链 T； PDB构建体 1–302； UniProt 28–329

coat protein VP1

Human poliovirus 1 Mahoney

UniProt P03300

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 420	poliovirus receptor × 180 （P15151） MYRISTIC ACID × 60	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	poliovirus receptor × 3 （P15151） MYRISTIC ACID × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 35	poliovirus receptor × 15 （P15151） MYRISTIC ACID × 5	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 42	poliovirus receptor × 18 （P15151） MYRISTIC ACID × 6	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	poliovirus receptor × 3 （P15151） MYRISTIC ACID × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLH_POL1M
Isoform	—
PDB实体	2, 3, 4, 5
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 1–302； UniProt 579–880 作者链 2； PDB构建体 1–272； UniProt 69–340 作者链 3； PDB构建体 1–235； UniProt 341–575 作者链 4； PDB构建体 1–68； UniProt 1–68

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1nn8
沉积日期 deposition_date	2003-01-13
结构标题 title	CryoEM structure of poliovirus receptor bound to poliovirus
关键词 keywords	icosahedral virus, picornavirus, Virus-Receptor COMPLEX; Virus/Receptor
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1nn8__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1nn8__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1nn8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	163.00 Å
总 Rg	163.00 Å
原子数	60
残基数	0
排除体积	14120000 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1nn8__assembly_1__model_1`	420-MERIC （420）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1nn8__assembly_2__model_1`	heptameric （7）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`1nn8__assembly_3__model_1`	35-meric （35）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`1nn8__assembly_4__model_1`	42-meric （42）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`1nn8__assembly_5__model_1`	heptameric （7）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	poliovirus receptor
分子量 formula_weight	32928.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R,S,T
原子数 atom_count	1757

DVVVQAPTQVPGFLGDSVTLPCYLQVPNMEVTHVSQLTWARHGESGSMAVFHQTQGPSYSESKRLEFVAARLGAELRNASLRMFGLRVEDEGNYTCLFVTFPQGSRSVDIWLRVLAKPQNTAEVQKVQLTGEPVPMARCVSTGGRPPAQITWHSDLGGMPNTSQVPGFLSGTVTVTSLWILVPSSQVDGKNVTCKVEHESFEKPQLLTVNLTVYYPPEVSISGYDNNWYLGQNEATLTCDARSNPEPTGYNWSTTMGPLPPFAVAQGAQLLIRPVDKPINTTLICNVTNALGARQAELTVQV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	coat protein VP1
分子量 formula_weight	33334.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1

GLGQMGSSSTDNTVRETVGAATSRDALPNTEASGPTHSKEIPALTAVETGATNPLVPSDTVQTRHVVQHRSRSESSIESFFARGACVTIMTVDNPASTTNKDKLFAVWKITYKDTVQLRRKLEFFTYSRFDMELTFVVTANFTETNNGHALNQVYQIMYVPPGAPVPEKWDDYTWQTSSNPSIFYTYGTAPARISVPYVGISNAYSHFYDGFSKVPLKDQSAALGDSLYGAASLNDFGILAVRVVNDHNPTKVTSKIRVYLKPKHIRVWCPRPPRAVAYYGPGVDYKDGTLTPLSTKDLTTY

来源 Source

来源生物 organism	Human poliovirus 1 Mahoney
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12081
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	coat protein VP2
分子量 formula_weight	30075.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2

SPNIEACGYSDRVLQLTLGNSTITTQEAANSVVAYGRWPEYLRDSEANPVDQPTEPDVAACRFYTLDTVSWTKESRGWWWKLPDALRDMGLFGQNMYYHYLGRSGYTVHVQCNASKFHQGALGVFAVPEMCLAGDSNTTTMHTSYQNANPGEKGGTFTGTFTPDNNQTSPARRFCPVDYLLGNGTLLGNAFVFPHQIINLRTNNCATLVLPYVNSLSIDSMVKHNNWGIAILPLAPLNFASESSPEIPITLTIAPMCCEFNGLRNITLPRLQ

来源 Source

来源生物 organism	Human poliovirus 1 Mahoney
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12081
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	coat protein VP3
分子量 formula_weight	26235.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3

GLPVMNTPGSNQYLTADNFQSPCALPEFDVTPPIDIPGEVKNMMELAEIDTMIPFDLSATKKNTMEMYRVRLSDKPHTDDPILCLSLSPASDPRLSHTMLGEILNYYTHWAGSLKFTFLFCGSMMATGKLLVSYAPPGADPPKKRKEAMLGTHVIWDIGLQSSCTMVVPWISNTTYRQTIDDSFTEGGYISVFYQTRIVVPLSTPREMDILGFVSACNDFSVRLLRDTTHIEQKA

来源 Source

来源生物 organism	Human poliovirus 1 Mahoney
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12081
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	coat protein VP4
分子量 formula_weight	7393.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4

GAQVSSQKVGAHENSNRAYGGSTINYTTINYYRDSASNAASKQDFSQDPSKFTEPIKDVLIKTAPMLN

来源 Source

来源生物 organism	Human poliovirus 1 Mahoney
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12081
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MYRISTIC ACID
分子量 formula_weight	228.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_id	d1nn81_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1nn82_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1nn83_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1nn84_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1nn8r_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1nn8s_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1nn8t_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	15.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	polar fourier transform (PFT)
颗粒数 num_particles	2022

CryoEM structure of poliovirus receptor bound to poliovirus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

poliovirus receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

coat protein VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1nn8__assembly_1__model_1

1nn8__assembly_1__model_1 | I(q)

1nn8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

7. 引用文献 (1)

CryoEM structure of poliovirus receptor bound to poliovirus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

poliovirus receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

coat protein VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1nn8__assembly_1__model_1

1nn8__assembly_1__model_1 | I(q)

1nn8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

7. 引用文献 (1)